Identification of the role of the nuclear matrix protein C1D in DNA repair and recombination
Nükleer matriks proteini C1D'nin tamir ve rekombinasyondaki rolünün belirlenmesi
- Tez No: 129212
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR YAVUZER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 158
Özet
Nükleer matriks proteini C1D, DNA çift sarmal kırıklarının (DNA-DSBs) tamiri için gerekli olan, DNA-PK'nm aktivatörüdür. CID'nin DNA-PK tarafından fosforlanması ve mRNA ile protein miktarının y-radyasyonu sonucunda artması, in vivo koşullarda CID'nin DNA-DSB'in tamirinde rol alabileceğini göstermektedir. CID'nin ve nükleer matriksin olası biyolojik fonksiyonlarını tanımlamak amacıyla iki yaklaşımda bulunuldu. Birinci strateji, C1D ile etkileşen polipeptidleri maya-ikili hibrid sistemini uygulayarak taramaktı. Bu tarama sonucunda rekombinasyon, DNA tamiri ve transkripsiyonda rol alan proteinleri kodlayan bir grup cDNA klonu açığa çıkarıldı. Bulunan proteinler arasında TRAX (Translinle etkileşen X proteini), daha detaylı olarak incelenmek üzere seçildi. TRAX'm biyojik fonksiyonu bilinmemesine rağmen, içerdiği ikili çekirdek hedefleme dizini sayesinde, aralarında Translin'in de bulunduğu proteinleri, hücre çekirdeğine taşıdığı düşünülmektedir. TRAX cDNAsının proteine kodlanan kısmının tümü, bakteri ve memeli ekspresyon vektörlerine klonlandıktan sonra, TRAX ve C1D arasındaki etkileşimin özgün olup olmadığı hem in vivo hem de in vitro koşullarda doğrulandı. Özellikle, memeli hücrelerinde C1D ve TRAX'm ancak y-radyasyonu sonrasında etkileşimde bulundukları gösterildi. Buna ek olarak, y-radyasyonuna bağlı olarak oluşan TRAX ve C1D arasındaki bu etkileşimin, bu proteinlerin hücre içi lokasy onlarını değiştirmelerine değil, fakat oluşan olası bir post-translasyonel değişimden kaynaklandığı gösterildi. İkinci strateji CID'nin S.cerevisiae homologunu tanımlamaktı. Maya ve memeli CID'si arasındaki yüksek benzerlikten ötürü, Ycld'nin fonksiyonunu tanımlamak amacıyla, S.cerevisiae model organizma olarak kullanıldı. YC1D geni maya genomundan yok edilerek, bunun fenotipik ve fonksiyonel sonuçlan araştırıldı. ycld mutant maya neslinin y-radyasyona karşı hafif bir duyarlılık göstermesi ve DNA-DSB tamirinde kusurlu olması, maya ve insan CID'sinin fonksiyonel olarak da homolog olabileceklerini düşündürmektedir. IV
Özet (Çeviri)
The nuclear matrix protein CI D is an activator of the DNA dependent protein kinase (DNA-PK), which is essential for the repair of DNA double-strand breaks (DNA-DSBs). C1D is phosphorylated very efficiently by DNA-PK, and its mRNA and protein levels are induced upon y-irradiation, suggesting that C1D may play a role in repair of DNA-DSBs in vivo. In an attempt to identify the possible biological functions of C1D and the nuclear matrix, two approaches were employed. One of the strategies was to apply yeast-two hybrid system to screen for polypeptides that interact with C1D. This screening revealed a number of cDNA clones that encode mainly proteins involved in recombination, DNA repair and transcription. Among the identified proteins, TRAX (Translin Associated protein X) was chosen for further analysis. Although, the biological function of TRAX remains unknown, its bipartite nuclear targeting sequences suggest a role for TRAX in the movement of associated proteins including Translin, into nucleus. After cloning the full-length TRAX ORF into bacterial and mammalian expression vectors, the specificity of the interaction between C1D and TRAX was confirmed both in vivo and in vitro conditions. Notably, it was shown that C1D and TRAX interact in mammalian cells only after y- irradiation. In addition, it was demonstrated that the induced interaction of TRAX and CI D is not due to the alterations in their subcellular localizations but possibly through post-translational modifications in response to y-irradiation. The second strategy was identification of the S. cerevisiae C1D homolog. Because of the high homology between yeast and mammalian CI D proteins, S. cerevisiae was used as a model organism to reveal the function of Ycld. YC1D gene was knocked-out in yeast and the phenotypic and functional consequences of disruption of the YC1D gene was analyzed. It was found that yel d mutant strain was slightly sensitive to y-irradiation and was defective in DNA-DSB repair, thus, raising the possibility that yeast C1D and human CI D might be functional homologs. Ill
Benzer Tezler
- Investigation of the role of LAP1B in transcriptional regulation of muscle cells
LAP1B proteinin kas hücrelerinin transkripsiyon regülasyonundaki rolünün araştırılması
GÜLSÜM KAYMAN KÜREKÇİ
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Characterization and promoter identification of metastasis associated protein 1 in human colorectal carcinoma cell lines
Metastasis associated protein 1' in kolorektal kanser hücre hatlarında karakterizasyonu ve promotor belirlenmesi
SEDA TUNÇAY ÇAĞATAY
- Nükleer santrallerin hukuki ve çevresel sorumluluğu
Legal and environmental responsibility of nuclear power plants
BÜŞRA AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
HukukYeditepe ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT HAKKI CAŞIN
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Mikrosatellit instabil karsinomlarda DNA mismatch onarım sistemi gen değişimlerinin araştırılması
Analysis of DNA mismatch repair system gene alterations in mikrosatellit instabil carcinomas
HİLAL ÖZAKINCI
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU ENNELİ