A Theoretical approach to the wear and tear mechanism in triosephosphate isomerase
Triozfosfat isomerazdaki yıpranma ve yırtılma mekanizmasına teorik bir yaklaşım
- Tez No: 129451
- Danışmanlar: PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 163
Özet
ÖZET TRIOZFOSFAT ISOMERAZDAKİ YIPRANMA VE YIRTILMA MEKANİZMASINA TEORİK BİR YAKLAŞIM Deamidasyon mekanizması proteinlerin yaşam sürelerini kısaltan ve kendiliğinden oluşan bir tepkimedir. Deamidasyon tepkimeleri proteinlerin korunması esnasında yer alabildiği gibi hücrelerin gelişim ve yaşlanma süreçlerinde de gerçekleşebilir. Memelilerde bulunan triozfosfet isomeraz enzimi de bu süreci yaşayan proteinlerden biridir. Enzim her iki altünitede 15 ve 71 konumlarında bulunan asparajinlerin deamidasyon tepkimelerine maruz kalması sonucunda bozunmaya uğrar. Bilinen, bu deamidasyon mekanizmasının katalitik aktivhenin oluşturduğu konformasyonel değişim ile ilişkili olduğudur. Bu tez kapsamında yapılan çalışmalarda bu ilişkinin içeriği araştırıldı. Öncelikle tepkime mekanizması iki peptid içeren model bir yapı üzerinde çalışıldı. Daha sonra bu ön çalışmadan elde edilen sonuçlar ışığında tüm enzimi ve çevresindeki su moleküllerini içeren bir birime kuvantum mekanik/moleküler mekanik yönteminin uygulandığı bir modelleme yapıldı. Kuvantum mekanik/moleküler mekanik yöntemi enzimin deamidasyon tepkimesine maruz kalan bölümünün kuvantum mekanik ile, kalan kısmı ve su moleküllerini ise moleküler mekanik ile tanımlama imkanını verdi. Gaussian Network Model Analizi ile enzim üzerindeki kritik bölgelerin birbirleri ile ilişkileri, enzimin global değişimleri tanımlandı. Elde edilen tüm veriler ışığında ulaşılan sonuç, sübstratın alt ünitelerden birine bağlanması durumunda oluşan konformasyonel değişimlerin karşı ünitedeki deamidasyon tepkimesinin olasılığını arttırmakta olduğudur.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT A THEORETICAL APPROACH TO THE WEAR AND TEAR MECHANISM IN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE Deamidation is one of the spontaneous degradation reactions limiting the lifetime of proteins. The deamidation reaction in proteins occurs both in vitro (e.g. during isolation and storage of proteins) and in vivo during development and/or aging of cells. Triosephoshate isomerase from mammals undergoes specific deamidation at asparagines 15 and 71 on each subunit of the dimeric protein. It is known that two sites on each subunit deamidate and introduce two pairs of negative charges into the subunit interface. These negative charges initiate subunit dissociation and unfolding and lead to proteolytic degradation. A relationship between the catalytic activity of the enzyme triosephosphate isomerase and its deamidation is known to exist. The work done in this thesis is part of an effort to answer the question in the literature: does the ligand-induced deamidation occur via an intra-subunit or inter-subunit transmission of the conformational change? The deamidation reaction mechanism has been studied on the model dipeptide. Then, this reaction mechanism has been adopted to the whole enzyme by using quantum mechanics/molecular mechanics methodology. The QM/MM methodology enables us to describe the deamidating she by quantum mechanics, whereas the rest of the enzyme and the water molecules that surround the deamidating site are described by molecular mechanics. Gaussian Network Model (GNM) analysis permits us, by a mode decomposition technique, to identify the collective modes leading to global changes and the critical sites controlling these modes. Having the information provided from this thesis, it has been concluded that the conformational changes which stem from the substrate binding on one subunit allow the deamidation reaction on the juxtaposed subunit, thus the ligand-induced deamidation occurs via an inter-subunit transmission of the conformational change.
Benzer Tezler
- Gaz türbin kanatçıklarındaki kısmi düzensizliğin cevap yüzeyi yöntemiyle istatistiksel analizi
Statistical analysis of partial mistuning approach of gas turbine engine bladed disk by using response surface method
ABDUS SAMET KIZILASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Makine MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAHMİ GÜÇLÜ
- Disk kanatçık sistemlerindeki düzensizlik davranışının ANSYS programı ile istatistiksel olarak incelenmesi
Statistical investigation of mistuning behaviour of bladed disc systems with ANSYS program
ONUR AĞDACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Savunma ve Savunma Teknolojileriİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEDAT ZİYA DOĞAN
- Çift katlı ipliklerin mekanik özelliklerinin tek katlı ipliklerle karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Başlık çevirisi yok
AYŞE KARAKOR OKUR
Doktora
Türkçe
1990
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Bulk amorphous steel as a coating material: Hardfacing application
İri hacimli camsı çeliklerin kaplama malzemesi olarak kullanılması: Sert kaplama uygulaması
HAFİZE ÇAKMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Metalurji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT VEDAT AKDENİZ
PROF. DR. AMDULLA O. MEKHRABOV