Geri Dön

Pirimidin ve aminopirimidin moleküllerinin serbest halde ve kompleks yapıdaki titreşim frekanslarının hesaplanması

The Calculations of the vibrational frequencies of free and coordinated pyrimidine and aminopyrimidine molecules

  1. Tez No: 130854
  2. Yazar: KUBİLAY BALCI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEVİM AKYÜZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 177

Özet

ÖZET PRİMİDİN VE AMİNOPRİMIDİN MOLEKÜLLERİNİN SERBEST HALDE VE KOMPLEKS YAPIDAKİ TİTREŞİM FREKANSLARININ HESAPLANMASI Bu çalışmanın amacı primidin, 2- ve 4-aminoprimidin moleküllerinin temel titreşim mod ve frekanslarını saptamak ve geçiş metal(II) iyonları ile oluşturdukları kompleks yapıların sonucu olarak, kuvvet alanlarında ve titreşim dalgasayılarındaki değişimleri incelemektir. Moleküllerin geometrik parametreleri, HF, MP2, DFT/B3PW91 ve DFT/B3LYP teori düzeylerindeki çeşitli ab initio metotlar ve 6-31++G(d,p) baz seti kullanılarak gerçekleştirilen geometri optimizasyonu hesaplamaları ile belirlendi. İncelenen moleküllerin harmonik titreşimsel dagasayılan ve şiddetleri karşılaştırılmalı olarak, iki farklı metod ile hesaplandı : 1) Gaussian98 paket programı kullanılarak, DFT/B3LYP teori düzeyinde ab initio metod ve 6-3 1++G(d,p) baz seti ile, 2) LEV (“Light Elucidations of Vibrations”) program paketi kullanılarak, kuvvet sabiti iyileştirme metodu ile. Ab initio hesaplamalarında, primidin, 2- ve 4-aminoprimidin moleküllerinin titreşim modlarının potansiyel enerji dağılımları REDONG programı kullanılarak hesaplandı. Modların yaklaşık tanımlamaları atomik yer değiştirmelerle birlikte PED analizi yapılarak gerçekleştirildi. Serbest moleküllerin optimize edilmiş geometrik parametrelerinin ve titreşimsel dalgasayılarının belirlenmesinden sonra, aynı hesaplamalar koordinasyon durumundaki moleküller için tekrarlandı. Primidin veya aminoprimidin moleküllerinin, Cd(II), Zn(II) ve Ni(II) iyonları ile oluşturdukları tek dişli metal-ligand kompleksleri için, kuvvet sabiti iyileştirme metodu ve ab initio DFT/B3LYP metodu kullanılarak, titreşimsel frekans hesaplamaları yapıldı. Bu hesaplama sonuçlan serbest molekül için saptanan sonuçlarla karşılaştırılarak, primidin ve ammoprimidin moleküüerinin kompleks yapı oluşumlarına bağlı olarak kuvvet alanlarının ve temel titreşim frekanslarının değişimleri tartışıldı. xn

Özet (Çeviri)

SUMMARY THE CALCULATIONS OF THE VIBRATIONAL FREQUENCIES OF FREE AND COORDINATED PYRIMIDINE AND AMEVOPYRTMTOINE MOLECULES The aim of this study is to define the vibrational modes and fundamental frequencies of pyrimidine, 2- and 4-aminopyrimidine molecules, and to investigate the alterations of the force fields and vibrational wavenumbers upon complex formations with transition metal (II) ions. The geometrical parameters of the molecules were defined by geometry optimization calculations, using several ab initio methods at HF, MP2, DFT/B3PW91 and DFT/B3LYP levels of theory with 6-31++G(d,p) basis set. The calculations have been carried out using the Gaussian98 program packed. The harmonic vibrational wavenumbers and intensities of the molecules investigated, were calculated by using two different methods comparatively: 1) The ab initio method at DFT / B3LYP level of theory with 6-3 1++G(d,p) basis set, by using Gaussian98 program packed, 2) force field refinement method, by using the LEV (Light Elucidations of Vibrations) program packed. In the case of ab initio calculations, the potential energy distributions (PED) of the vibrational modes of the pyrimidine, 2- and 4-aminopyrimidine molecules, were calculated by using REDONG program. The approximate description of modes was established based by analysis of PED together with the atomic displacements. After obtaining the optimized geometrical parameters and vibrational wavenumbers of the free molecules, the calculations were repeated for coordinated molecules. The vibrational frequency calculations for monodentate metal-ligand complexes of Cd(D), Zn(H), Ni(II) ions with pyrimidine or ammopyrimidine molecules were done by using the force field refinement method and the ab initio DFT/B3LYP method. These calculation results were compared with the results obtained for the free molecules and so the alterations of the force fields and fundamental frequencies of pyrimidine and animopyrimidine molecules upon complex formations were discussed. xni

Benzer Tezler

  1. Aminoprimidin moleküllerinin dimerik yapılarının ab initio DFT yöntemi ile incelenerek titreşim frekanslarının hesaplanması

    Structural investigation and vibrational frequency calculations of dimeric forms of aminopyrimidine molecules by ab initio DFT methods

    MERVE AKGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Kültür Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİM AKYÜZ

  2. Piridin ve pirimidin grubu içeren antimon (III) komplekslerinin titreşimsel ve elektronik parametrelerinin incelenmesi ve SQM analizi

    Investigation of vibrational and electronic parameters of antimony (III) complexes containing pyridine pyrimidine group and analysis of SQM

    ÖZGE AÇGAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Fizik ve Fizik MühendisliğiHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA ÇATIKKAŞ

  3. Pirimidin türevi içeren yeni tür ftalosiyaninlerin sentezi ve karakterizasyonu

    Synthesis and characterization of new types of phthalocyanines containing pyrimidine derivatives

    BİLGE YAZAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    KimyaSakarya Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERYEM NİLÜFER YARAŞIR

  4. Farmakolojik olarak aktif olabilecek organik moleküller

    Organic molecules that can be pharmacologically active

    FULYA GÜNAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    KimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜHAL TURGUT

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YUK YIN NG

  5. Piridin tipi organometalik kompleksler ile katı yüzeylerin kovalent modifikasyonu ve karakterizasyonu

    Covalent modification of solid surfaces by pyridine type organometallic complexes and their characterization

    ALİ YEŞİLDAĞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Bilim ve TeknolojiAtatürk Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DUYGU EKİNCİ