Türkiye'deki Erwinia amylovora izolatlarının elde edilmesi ve bu izolatların patolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyonu
Characterization of Erwinia amylovora (Burr. ) Winslow et. Al., isolates from different geographic regions of Turkey by pathological, biochemical tests and molecular techniques
- Tez No: 133017
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN BASIM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
ÖZET TÜRKİYE'DEKİ Erwinia amylovora İZOLATLARININ ELDE EDİLMESİ VE BU İZOLATLARIN, PATOLOJİK, BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU Abdullah ÜNLÜ ^ Danışman: Doç. Dr. Hüseyin BASIM Doktora Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Mayıs 2002, 99 sayfa Bu çalışmayla Türkiye' de ilk defa ateş yanıklığı etmeni Erwinia amylovora' nın moleküler açıdan detaylı olarak tanısı ve karakterizasyonu yapılmıştır. Armut, elma, ayva, muşmula, yeni dünya ve Rosaceae familyasına ait diğer bitki plantasyonlarının yoğun olduğu Türkiye' nin farklı coğrafîk bölgelerinden tespit edilen illerdeki ve çevre ilçelerindeki bitkilerden ateş yanıklığı simptomu taşıyan bitki örneklerinden izolasyonlar yapıldıktan sonra, yan selektif besi ortamları olan MS (Miller ve Scroth 1972) ve NSA (Nütrient Sakkaroz Agar) ortamlarına bakterilerin çizimleri yapılmış, 21 C de 48 saat inkübasyona bırakılarak E. amylovora' ya özel koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeninin tanısı ile ilgili olarak ham armut, tütünde hipersensitif reaksiyon ve sürgün inokulasyonları testlerini içeren patojenisite testleri yapılmıştır. Patojenisite testlerinden ham armut testinde ooze oluşumu, tütün yaprağında hipersensitif reaksiyon oluşumu ve taze armut bitkisi sürgünlerinde patojene özel yanıklık şeklinde hastalık belirtileri saptanmıştır. Patojenin biyokimyasal olarak tanılanmasında; katalaz testi, oksidaz testi, nitrattan nitrit üretimi testi, asetoin oluşumu testi, indol üretimi testi, hidrojen sülfit testi, nişastanın parçalanması testi, sakkarozdan indirgenen maddeler testi, sıcaklığa hassasiyet testi, %5 NaCF ye tolerans testi, pektinaz aktivitesi testi, King' s B besi ortamının kullanımı, KOH testi ve jelatinin hidrolizi testi uygulanmıştır. Elde edilen tüm sonuçlar 'Bergey' s Manual of Systematic Bacteriology' ile paralellik göstermiştir.Armut, elma, ayva, muşmula, yeni dünya ve diğer Rosaceae familyası bitkilerinden elde edilen E. amylovora izolatlarına patolojik ve biyokimyasal testler uygulandıktan sonra tüm izolatların moleküler düzeyde kesin tanılarının yapılması amacıyla PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tekniği kullanılmıştır. Patojenik bakterinin polisakkarit üretiminden sorumlu olan ve kromozomal DNA üzerinde bulunan ams geninin (1.6 kb) çoğaltılması ile E. amylovora izolatlarının kesin tanısı yapılmıştır. Elde edilen ve kesin tanılan tamamlanmış olan E. amylovora izolatlarının plazmid profillerinin belirlenmesi aşamasında tüm izolatların yaklaşık 30 kb' lik bir plazmid DNA içerdikleri saptanmıştır. Kesin tanılan tamamlanmış olan£. amylovora izolatları 10 mer' lik 6 değişik primerle test edilmiştir. Bu primerlerden CUGEA-1 (5'-TCGCCAGCGA-3') primeri, diğer test edilen 5 primere göre, 13 adet RAPD-DNA fragmenti oluşturduğu için E. amylovora izolatlarının karakterizasyonunu ve farklılıklarını ortaya çıkarmada faydalı olmuştur. SDS-PAGE yöntemi ile hücre proteinlerinin elektroforetik karakterizasyonu bakımından önemli fark bulunamamıştır. ANAHTAR KELİMELER: Ateş yanıklığı, E amylovora, PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu, RAPD-PCR ve SDS-PAGE. JÜRİ: Doç. Dr. Hüseyin BASIM (Danışman) Prof. Dr. Oktay YEĞEN Prof. Dr. Tayyar BORA Doç. Dr. Hatice ÖZAKTAN Doç. Dr. Bülent SAMANCI
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CHARACTERIZATION OF Ermnia amylovora (Burr.) Winslow et. al., ISOLATES FROM DIFFERENT GEOGRAPHIC REGIONS OF TURKEY BY PATHOLOGICAL, BIOCHEMICAL TESTS AND MOLECULAR TECHNIQUES Abdullah ÜNLÜ Adviser: Assoc. Prof. Dr. Hüseyin BASIM Ph.D. Thesis in Plant Protection May, 2002, 99 Pages In this study, isolates of Erwinia amylovora, a casual agent of fire blight, was identified and characterized in detailed and in molecular respect in Turkey. The bacterial isolations were made from diseased parts of pear, apple, quince, medlar, loquat and other Rosaceae plants obtained from different geographic regions of Turkey. The colonies of E. amylovora were obtained on semi-selective media, MS (Miller and Scroth, 1972) and NSA (Nutrient Saccarose Agar) incubated at 27°C for 48h. In pathological tests, immature pear test, hypersensitive reaction test on tobacco and shoot inoculation test on young pear shoots were performed for the K amylovora isolates. Ooze formation, hypersentitive reaction and shoot blight symptoms were determined for all the bacterial test isolates. In the biochemical identification of the E. amylovora isolates catalase activity test, oxidase activity test, nitrite production test from nitrate, acetoin test, indole production test, hydrogen sulfide test, hydrolysis of starch test, temperature sensitivity test, NaCl (5%) tolerance test, pectinase activity test, using of King's B medium, KOH test and hydrolysis of gelatine test were performed for all of the isolates. The results 111obtained from biochemical tests were supported by“Sergey's Manual of Systematic Bacteriology”. PCR (Poymerase Chain Reaction) technique was used for certain identification of E. amylovora isolates by amplification of chromosomal 1.6-kb arris gene, after pathological and biochemical tests were completed. E. amylovora isolates identified in detailed in this study had 30-kb plasmid. E. amylovora strains were tested with six different 10-mer primers. The primer, CUGEA-1 (5'-TCGCCAGCGA-3') which produce 13 different RAPD-DNA fragments may be useful comparing with five other primers tested to differentiate and to characterize the strains of Erwinia amylovora. There was no significant differences of whole cell proteins by SDS-PAGE system. KEY WORDS: Fire blight, E. amylovora, PCR, RAPD-PCR and SDS-PAGE. COMMITTEE: Assoc. Prof. Dr. Hüseyin BASIM (Adviser) Prof. Dr. Oktay YE?EN Prof. Dr. Tayyar BORA Assoc. Prof. Dr. Hatice ÖZAKTAN Assoc. Prof. Dr. Bülent SAMANCI
Benzer Tezler
- Türkiye'deki işletme gruplarına bağlı işletmeler ile diğer iş örgütlerinin başarımlarının karşılaştırılması
A comparison of performance of business group's affilitions with other business organizations' performance in Turkey
TUFAN KIZILTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
İşletmeMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SERKAN DİRLİK
- Türkiye'deki işletmelerin yenilikçilik yeteneklerini etkileyen faktörlerin analizi
Analysis of factors affecting innovativeness of the firms in Turkey
SADIK MURAT YÜKSEL
Doktora
Türkçe
2015
Bilim ve TeknolojiKara Harp Okulu KomutanlığıTeknoloji Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN U. AKAY
- Self - regulation in Turkish preschoolers: Relations with family context and socio - emotional competence
Türkiye'deki çocukların okul öncesi dönemde öz - düzenleme becerileri: Aile bağlamı ve sosyo - duygusal yetkinlikle ilişkiler
GİZEM GÜNDÜZ
- Türkiye'deki bazı önemli rosa spp. yayılım alanlarında gül gal arıları (Diplolepis spp., Cynipidae, Hymenoptera) ile ilişkili kommünite bileşenlerinin araştırılması
Research on the community components associated with rose gall wasps (Diplolepis spp., Cynipidae, Hymenoptera) in some areas with important rosa spp. distribution in Turkey
ÖZLEM METE
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF ORHAN MERGEN
- Soğuk hava depolarında optimum yalıtım kalınlığının belirlenmesi ve enerji tasarrufundaki rolü
Determination of the optimum insulation thickness in cold storage and its role in energy saving
MUSTAFA YASİN GÖKASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ BOLATTÜRK
