Geri Dön

Identification of U11/U12 di-snRNP proteins contacting the 5' splice site of a U12-type intron by UV crosslinking studies

U12-tip intronun 5' kırpılma yerinde teması bulunan U11/U12 di-snRNP proteinlerin UV çapraz-bağlama yöntemi kullanılarak tanımlanması

  1. Tez No: 136743
  2. Yazar: AYNUR ÇIKICI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GHAZİ TADMOURİ, DR. CİNDY L. WİLL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: A complex, U11/U12 snRNP, RNAse Tl, 5' splice site, SDS-PAGE, UV crosslinking, U12-type intron, hnRNP, 4-thiouridine
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Fatih Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

U12-TIP INTRONUN 5' KIRPILMA YERİNDE TEMASI BULUNAN U11/U12 di-snRNP PROTEİNLERİN UV ÇAPRAZ- BAĞLAMA YÖNTEMİ KULLANILARAK TANIMLANMASI Aynur ÇIKCI Yüksek Lisans Tezi- Biyoloji Mayıs 2003 Tez Yöneticisi: Yrd. Doc. Dr. Ghazi O. Tadmouri Yardımcı Tez Yöneticisi: Dr. Cindy L. Will ÖZET Pre-mRNA'mn uçlarının birbirine eklenmesi esnasında, 5' kırpılma yerinin tanınması oldukça önemli bir adımdır ve birçok RNA-RNA, RNA-protein ve protein- protein ilişkisi içerir. Bugüne kadar minör spliceosomevca. 5- ss tanıma mekanizması ile ilgili bilinenler oldukça kısıtlıdır. Bu calişmada, U12-tip spliceosome“ un oluşum aşamasında, UV çapraz bağlama yöntemi kullaılarak, U12-tip intronun 5' kırpılma yerinde kontağı plan U11/U12 di-snRNP proteinlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bu nedenle, Moore ve Sharp ligasyon yöntemi kullanılarak 32P ile işaretlenmiş bir nükleotit ve 5' kesim yerine yakın bir yerde 4-thiouridin içeren kısaltılmış U12-tip pre-mRNA dizimi başarıyla oluşturulmuştur. Birleştirme kompleksinin ilk aşaması olan A kompleksi' nin yapımından sonra, reaksiyon UV ışığı altmda tutulmuştur. Böylelikle, birbirine çapraz bağlanan polipeptid ve RNA karışımı, RNAse Tl enzimi ile kesildikten sonra SDS-P AGE metodu ile incelenmiş ve bağlanan proteinlerin yalnız H kompleks proteinlerine benzedikleri görülmüştür. Ortamdaki spesifik olarak bağlanmiş A kompleks proteinlerinin miktarını arttırmak, ve H ve A komplekslerini birbirinden ayırmak için immunopresipitasyon, gliserol gradyent ve jel filtrasyon teknikleri uygulanmış, ve jel filtrasyon tekniği ile daha başarılı bir ayrıştırılma görülmüştür. A kompleksini içeren fraksiyonlarda belirgin miktarlarda H kompleksinin olması, çapraz bağlanmış spesifik A kompleksinin gözlemlenmesine engel olmuştur, immunopresipitasyon yöntemiyle U11/U12 di-snRNP”ye karşı özel antibodiler kullanarak çapraz bağlanan proteinleri tanımlama girişimi bu aşamada başarısız olmuştur. Yinede, ileride bu yöntemi kullanarak yapılacak deneyler, bize U12-tipi spliceosornxm oluşum mekanizması hakkında hem daha fazla bilgi verecek, hemdeVI U12-tip pre-mRNA-protein ilişkisi açısından daha ayrıntılı biyokimyasal bilgiye ulaşmamızı sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler A kompleks, U11/U12 snRNP, RNAse Tl, 5' kırpılma yeri, SDS-PAGE, UV çapraz bağlama, U12-tip intron, hnRNP, 4-thiouridin.

Özet (Çeviri)

m IDENTIFICATION OF U11/U12 di-snRNP PROTEINS CONTACTING THE 5' SPLICE SITE OF A U12-TYPE INTRON BY UV CROSSLINKING STUDIES Aynur ÇIKCI M.S. Thesis-Biology May 2003 Supervisor: Assistant Prof. Ghazi O. Tadmouri Co-Supervisor: Dr. Cindy L. Will ABSTRACT 5' splice site (ss) recognition is a crucial step in pre-mRNA splicing and it involves multiple RNA-RNA, protein-protein and protein-RNA interactions. Currently, little is known about the mechanism of 5' ss recognition in the minor spliceosome. The aim of this study was to identify Ull/U12snRNP proteins contacting the 5' ss of a U12-type intron during the early stages of spliceosome assembly by performing UV crosslinking. For this purpose, a U12-dependent, truncated pre-mRNA substrate containing a single 32P-labelled nucleotide and 4-thiouridine at specific sites near the 5' splice site was successfully constructed using the Moore and Sharp ligation method. After allowing for splicing complex A formation, splicing reactions were UV irradiated and the crosslinked polypeptide-RNA moieties were analyzed directly after RNAse Tl digestion by SDS-PAGE. However, the observed crosslinked proteins appeared to represent solely H complex, hnRNP proteins. To enrich for A complex-specific crosslinks, immunoprecipitation, glycerol gradient centrifugation and gel filtration assays were tested to separate H and A complexes. The most efficient separation was observed using gel filtration. However, fractions containing A complex still contained significant amounts of H complex and thus A complex-specific crosslinks could still not be observed. An initial attempt to identify crosslinks by immunoprecipitation using antibodies specific for U11/U12 proteins was unsuccessful. However, future results using this method should not only improve our understanding of the minor spliceosome assembly process, but they will also provide detailed biochemical information regarding U 1 2-typ e pre-mRN A-protein interactions.IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    924838

    Kandidemi olgularından izole edilen candida'larda antifungal direnç varlığının ve risk faktörlerinin araştırılması

    Investigation of antifungal resistance and risk factors in candida isolated from candidaemia cases

    İPEK KUZUCUOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SENİHA ŞENBAYRAK

  2. Tez No

    487775

    Sarıağız balığı, Argyrosomus regius (Asso, 1801) larvalarının proteaz aktiviteleri üzerine farklı besin maddelerinin inhibisyon değerlerinin in vitro yöntemle belirlenmesi ve türe özgü mikroyem üretimi

    Determination using in vitro assay of inhibition values of different feed ingredients on the protease activities of meagre, Argyrosomus regius (Asso, 1801) larvae and production of species-specific microdiet

    GÜRKAN DİKEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ORHAN DEMİR

    YRD. DOÇ. DR. MEHMET NAZ

  3. Tez No

    458874

    Bazı Salvia türlerinin sekonder metabolitlerinin analizi, genomik karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi

    Analysis, genomic characteristics and biological activities of secondary metabolites of some Salvia species

    SEDA DAMLA HATIPOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Botanikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TURAN ÖZTÜRK

    PROF. DR. GÜLAÇTI TOPÇU

  4. Tez No

    965598

    Aile hekimlerinin öz anlayışlarının defansif tıp uygulamalarına etkisinin incelenmesi

    Examining the effect of family physician's self-compession on their defensive medicine practices

    ERHAN UZUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Aile HekimliğiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HATİCE KÜÇÜKCERAN

    PROF. DR. NAZAN KARAOĞLU

  5. Tez No

    365413

    Protez enfeksiyonunu tanımlamak için spesifik parametrelerin eklemden alınan sıvıda bakılması

    Determination of specific prameters in aspiration material for i̇dentification of prosthetic joint i̇nfection

    BORA YAKUT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Ortopedi ve TravmatolojiHacettepe Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET MAZHAR TOKGÖZOĞLU

Geri Dön