The Use of semiempirical molecular orbital methods to solve structure-activity relationships problem
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 136742
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA KUMRU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Yapı-Aktivite İlişkisi, Yarı-ampirik Metodlar, Elektron Topolojik Metot, Jasmonik Asit, Structure- Activity Relationships, Semiempirical methods, Electron Topological Method, Jasmonic Acid
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
IV BAZI YARI-AMPİRİK MOLEKÜLER ORBITAL METODLARIN YAPI-AKTİVİTE İLİŞKİSİ PROBLEMİNİN ÇÖZÜMÜNDE KULLANILMASI Şükrü Murat Cebeci Yüksek Lisans Tezi - Fizik Haziran 2003 Tez yöneticisi: Prof. Dr. Mustafa Kumru OZ Bu tezin amacı, bazı yarı-ampirik Moleküler Orbital (MO) metodlanmn, en etkili Yapı-Aktivite İlişkisi metodlarmdan biri olan Elektron Topolojik Metodunda (ETM) kullanılmasıdır. ETM'de, CNDO, MINDO, MNDO, AMI, PM3 ve PM5 gibi bazı moleküler orbital metodların çıktı dosyaları her moleküle ait Elektron Topolojik Birleşme Matrislerine (ETMC) dönüştürülür. ETM'nin amacı biyolojik olarak belirli bir aktiviteye sahip sınıfta olan fakat inaktif sınıfta olmayan özelliği bulmaktır. Bu amaç için, bütün aktif moleküller inaktif olanlar ile en aktif molekül şablon alınarak kıyaslanır. Benzer şekilde, inaktiviteden sorumlu özelliği en inaktif moleküllerden biri şablon alınarak ortaya çıkarmak mümkündür. Bu zamana kadar, CNDO çıktı dosyaları ETMClerin oluşturulmasında zaten kullanılıyordu. Bu tezde adı WinETMC olan bir bilgisayar programı yazıldı ve bu program sadece CNDO dosyalarını değil MINDO, MNDO, AMI, PM3 ve PM5 dosyalarını da kullanabilmektedir. WinETMC kompakt, görsel ve kullanıcı-dostu bir bilgisayar programıdır ve ETM için gerekli olan moleküler orbital çıktı dosyalarım okuma, veritabanı oluşturma ve ETMCleri oluşturma görevlerini yerine getirir. Daha önce bütün bu görevler için farklı bilgisayar programlan kullamlmaktaydı. Uygulama olarak, WinETMC özellikle botanikte çok önemli bir yere sahip moleküllerden Jasmonik asitler üzerinde denendi. WinETMC kullanılarak dört aktivite ve dört inaktivite özelliği ETMClerin altmatrisleri formunda ortaya çıkarılmıştır. Moleküllerin JIP-23 ve JIP-6 aktiviteleri sırasıyla %97 ve %93 doğrulukla modellenmiştir.
Özet (Çeviri)
Ill THE USE OF SOME SEMIEMPIRICAL MOLECULAR ORBITAL METHODS TO SOLVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIPS PROBLEM Şükrü Murat Cebeci M. S. Thesis - Physics June 2003 Supervisor: Prof. Dr. Mustafa Kumru ABSTRACT The aim of this thesis is to use some semiempirical Molecular Orbital (MO) Methods in Electron Topological Method (ETM), which is being one of the most powerful Structure- Activity Relationships methods. In ETM, output file of some MO methods such as CNDO, MINDO, MNDO, AMI, PM3 and PM5 is formed into Electron Topological Matrices of Conjunction (ETMC) for each molecule in view. The goal of ETM is to reveal the feature found in the biologically active class but absent in the inactive class. For that purpose, all the active compounds in consideration are compared with the inactive ones by taking one of the most active compounds as a template. The same can be done to reveal the feature responsible for inactivity by taking one of the most inactive compounds as a template. Up to now, CNDO output files have already been used to form ETMCs. In this thesis, a computer program, WinETMC, have been written to use not only CNDO output files but also MINDO, MNDO, AMI, PM3 and PM5 files. WinETMC is a compact visual user-friendly program that realizes the required ETM tasks of reading molecular orbital output files, forming databases and forming ETMCs. So far, for each of these tasks a separate computer program has been used. As an application WinETMC is tried on jasmonic acid series, which are very important molecules especially in botany. Four activity and four inactivity features, in the form of submatrices of ETMC, have been revealed for the series under investigation by using WinETMC. JIP-23 and JJJP-6 activity of the molecules are modelled with 97% and 93% accuracy, respectively. Also a quantitative model is developed for activity levels from some physicochemical and structural parameters.
Benzer Tezler
- Investigation of electronic and optical properties of thiophene containing oligomers by density functional theory
Tiyofen içeren oligomerlerin elektronik ve optik özelliklerinin yoğunluk fonksiyoneli teorisi ile incelenmesi
HAKAN CİCİGÜL
- Modeling the synthesis of 14-membered macrolide antibiotics
14-üyeli makrolid antibiyotiklerin sentezlerinin modellenmesi
EMİNE SEVİM DİLEK DURAN
Doktora
İngilizce
2003
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
DOÇ. DR. CANAN BAYSAL
- Molecular modelling of GABA-AT reactivity: From small representative models to the full protein, from molecular mechanics to quantum chemistry, from static to dynamics
GABA-AT reaktivitesinin moleküler modellemesi: Küçük temsili modellerden tüm proteine, moleküler mekanikten kuantum kimyasına, statikten dinamiğe
HATİCE GÖKCAN
Doktora
İngilizce
2016
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
PROF. DR. GERALD MONARD
- Computational design and analysis of nanostructured materials for neuromorphic engineering
Neuromorfik mühendislik için nano yapılı malzemelerin hesaplamalı tasarımı ve analizi
AYKUT TURFANDA
Doktora
İngilizce
2024
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLMİ ÜNLÜ
- Atomlar arası yarı-ampirik çok cisimli etkileşme potansiyellerinin ergimiş tuz sistemlerine uygulanabilirliği
Transferability of semi-empirical many body potentials ro molten salt systems
ÖZGÜN ÖZGEÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Fizik ve Fizik MühendisliğiTrakya ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SERAP DALGIÇ