Applying genetic algorithms to inverse protein folding problem
Genetik algoritmaların ters protein katlanması problemine uygulanması
- Tez No: 139463
- Danışmanlar: PROF. DR. CEM ERSOY, YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET GENETİK ALGORİTMALARIN TERS PROTEİN KATLANMASI PROBLEMİNE UYGULANMASI Proteinlerin üç boyutlu şekillerinin bulunması, biyoinformatik alanında şu an en önemli sorudur. Onunla beraber diğer bir problem ise ters protein katlanması prob lemidir yani, şekli bilinen bir protein için ona uygun dizilerin bulunması. Üç boyutlu şekil sayısının, dizi sayısından daha az olduğu bilgisi temel alınırsa bu problemin çözümü daha kolaydır. Bu problemi çözmek için bir genetik yordam hazırladık. Yor dam uygun yapılar bulmak için serbest enerji seviyesini azaltmaya çalışmakta, bunun için olasılık olarak birbirlerine yakın olan amino asitleri bir araya getirmektedir. Yordamın etkinliği değişik şekillerde test edildi. İlk olarak sonuçlar veri ta banındaki diziler ile karşılaştırılarak benzer olanlar bulundu. Daha sonra ise dizi hede flenen katlanma modeline giydirilerek, şeklin gerçek anlamda hedefle uygun olup ol madığına bakıldı. Bu durum, sadece hedefle giydirme diğer seçeneklere göre daha az enerji seviyesinde olunca olası olan bir durum olduğu için, karşılaştırma şansı ortaya çıktı. Verilen bir sekile yüksek oranlarda uygun sonuçlar elde edebildik.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT APPLYING GENETIC ALGORITHMS TO INVERSE PROTEIN FOLDING PROBLEM Finding the three dimensional structure of protein is currently the most impor tant question in bioinformatics area. Together with it is the inverse folding problem; given the structure of the protein, find the sequences that are compliant with it. Given the fact that there are far less number of structures than sequences, this problem is more plausible to solve. We have implemented a genetic algorithm (GA) to solve this problem. The algorithm tries to minimize the free energy by trying to find highly probable residuals together in probability terms in order to form suitable structure. The efficiency of the algorithm is tested by different ways. First the results are compared to sequences in databases to find similar sequences. Then the sequence is threaded to target fold to find whether it is in fact compatible with the target or not. Since this is possible when the threading gives minimum energy state for the target and other folds are not in close states, a comparison is possible. We can find highly plausible sequences for a given structure.
Benzer Tezler
- Tekstil boyamacılığında atık flottede boyama imkanları üzerine araştırma
Başlık çevirisi yok
MEHMET YAKARTEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KERİM DURAN
- Bölünüme bağlı olmayan varyans çözümlemesi çoklu karşılaştırmalar ve tarımda uygulamaları
Distiribution-free analyis of variance multiple comparisons and applications in agriculture
HAMZA GAMGAM