Geri Dön

Modeling the synthesis of 14-membered macrolide antibiotics

14-üyeli makrolid antibiyotiklerin sentezlerinin modellenmesi

  1. Tez No: 139480
  2. Yazar: EMİNE SEVİM DİLEK DURAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE, DOÇ. DR. CANAN BAYSAL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 122

Özet

ÖZET 14-UYELI MAKROLID ANTİBİYOTİKLERİN SENTEZLERİNİN MODELLENMESİ Bu çalışmada yansentetik makrolidlerin sentezi moleküler orbital ve moleküler dinamik yöntemleri ile modellemiştir. Antibiyotik sentezinin organik kimyada önemli bir yeri olduğu için, sentez mekanizmasının aydınlatılması gerekmektedir. Klaritromisin, azitromisin ve diritromisin antibiyotMerinin sentezi için olası mekanizmalar önerilmiştir. Yapılan çalışmada, öncelikle sistemin ilgili kısınma ayrıntılı bir konformasyonel analiz gerçekleştirilmiştir. Düşük enerjili konformerler kuvantum mekaniksel yöntemlerle ayrıntılı biçimde gaz fazında incelenmiştir Daha sonra, ilgili çözücü içindeki ara ürünlerin yöresel çevreleri, molekül dinamik (MD) simülasyonu ile incelendi Bu analiz sayesinde tepkime için gerekli ortamın oluşup oluşmadığı gözlemlendi. Bu durum radyal dağılım fonksiyonları ile tanımlandı ve ilgili kısmı etrafındaki çözücü moleküllerin yoğunluk sayılan hesaplandı. Spesifik çözünen-çözücü ilişkilerini derinlemesine anlamak için MD yörüngeleri ayrıntılı bir biçimde incelendi ve çözünen-çözücü etkileşim geometrileri tanımlandı. Böylece, moleküler modelleme yöntemleri, yanampirik kuantum mekanik ve moleküler dinamik ile birlikte kullanılarak yansentetik makrolid sentezleri üzerindeki güçlü etkisi tespit edilmiş oldu.

Özet (Çeviri)

IV ABSTRACT MODELING THE SYNTHESIS OF 14-MEMBERED MACROLIDE ANTIBIOTICS The synthesis of semisynthetic macrolides involves several chemical reactions, as well as the interaction of many molecules; therefore their synthesis is very complicated. It is often the desire of the organic chemist to be handed prescriptions from the computational chemist. For this reason, a prescription was prepared for modeling the synthesis of semisynthetic macrolides based on the studies on clarithromycin, azithromycin and dirithromycin. According to this prescription, first, a detailed conformational search has to be performed on the system of interest at the classical limit; a further search on the low energy conformers is performed using quantum mechanical tools. Then, alternative chemical reactions are studied in vacuum using quantum mechanical tools. Depending on the system size and the number of alternatives that are sought to be studied, one may use a semiempirical approach as we have done in this study, or a high level of theory. Finally, the local environment of the most important reaction intermediates in the solvent of interest are analyzed by using molecular dynamics (MD) simulations to see if the suitable environment for the reaction is created. This situation is diagnosed by the use of radial distribution functions, which provide the number density of solvent molecules around the regions of interest. To get a deeper understanding of the specific solvent-solute interactions, MD trajectories are analyzed in detail to identify their interaction geometries. This prescription showed that molecular modeling has predictive power on how the synthesis of semisynthetic macroldies will proceed under prescribed environmental conditions, using the well established modeling tools of semiempirical quantum mechanics and molecular dynamics hand- in-hand.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    850128

    Thermal and photochemical ring opening polymerization of benzoxazines

    Benzoksazinlerin ısısal ve fotokimyasal halka açılma polimerizasyonları

    ZEYNEP DELİBALLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BARIŞ KIŞKAN

  2. Tez No

    849765

    Rh (I) katalizörlüğünde gerçekleşen regıodıvergent azit-alkin halka katılma tepkimesinin modellenmesi

    Modelling of Rh (I) catalyzed regidovergent azide-alkyne cycloaddition reaction

    SUDE AYIK ERDEM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

  3. Tez No

    837054

    CO2 yakalayıcı sorbent olarak Li4SiO4 tozlarının yanma sentezi ile üretimi ve SPS ile sinterlenmesi

    Production of Li4SiO4 as CO2 capture sorbent by combustion synthesis and its sintering with SPS

    KAĞAN BENZEŞİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ONURALP YÜCEL

  4. Tez No

    896644

    Yeni bazı pirimidin nükleobaz ve nükleozit analoğu bileşiklerin sentez, yapı aydınlatması ve over kanser hücrelerinde sitotoksik aktiviteleri üzerinde çalışmalar

    Studies on the synthesis, structure elucidation and cytotoxic activities of some new pyrimidine nucleobase and nucleoside analogue compounds in ovarian cancer cells

    HİLAL ZIVALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL TUNÇBİLEK

  5. Tez No

    467190

    Synthesis of some functional conducting polymers, characterization, Mott-Schottky analysis and sensor applications

    Bazı fonksiyonel iletken polimerlerin sentezi, karakterizasyonu, Mott-Schottky analizi ve sensor uygulamaları

    TOLGA KARAZEHİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDÜLKADİR SEZAİ SARAÇ

    PROF. DR. MURAT ATEŞ

Geri Dön