Geri Dön

Identification of crystal face specific sapphire binding peptides by phage display technology

Safir kristal yüzeylerine spesifik peptidlerin phage display yöntemi ile belirlenmesi

  1. Tez No: 151295
  2. Yazar: ASİYE ARZU ÖZMÜŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CANDAN TAMERLER BEHAR, PROF. DR. MEHMET SARIKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

PHAGE DISPLAY TEKNOLOJİSİ İLE KRİSTAL YÜZEY SPESİFİK PEPTİDLERÎN TANIMLANMASI ÖZET Büyük ve küçük proteinlerin, kemik, diş dokuları ve bakteri partikülleri gibi biyolojik sert dokuların, sentez ve oluşumu gibi biyomineralizasyonları boyunca, temel rolleri vardır. Tüm bu olaylar, minerallerin mo/ekü/er olarak tanınması, onların kataliz/sentez ve biyomineralizasyon boyunca geçici olarak alan içine dağılmış bîr grup protein tarafından kendiliğinden düzenlenmesi (self-assembly), yoluyla gerçekleşir. Metal, metal oksit, karbonat, sülfit ve atomik kompozisyon, kristal yapı, nano- ve mikro-yapı ile fiziksel özelliklerde değişiklik gösteren yapılar, biyomineralize dokularin inorganik bileşenlerini olşturur. Bu çalişmada, kristal yüzey spesifik peptidleri seçmek üzere, M13 Phage Display sistemini kullanarak, phage display teknolojisi benimsenmiştir. Seçim için, tek kristal safirin (or-afumina, Aİ203), [110] ve [001] olmak üzere iki fark/t kristal yüzeyi kullanılmıştır, inorganik yüzeye bağlanan peptidlerîn seçimi için adapte ettiğimiz, New England BioLabs tarafından geliştirilmiş olan Ph.D.-C7C kütüphanesi ile, moleküler biyolojik protokol kullanılarak safir spesifik peptidler elde edilmiştir. Seçim süreci boyunca, yüzeye bağlanan herhangibir faj tercihli olarak ortamda tutulmuş, spesifik olmayan fiziksel olarak tutunan fajlar yıkanarak ortamdan uzaklaştırılmıştır. Proses, safire bağlanmasi istenen f>eptidleıi ortaya koyan fajlann zenginleştirilmesi için, 3-4 kez tekrarlanmıştır, norganik yüzeyden bağlanan fajlarin yetersiz bir şekilde elusyonu gibi, seçim protokolünün muhtemel dezavantajlarını gidermek amacıyla, yeni bir protokol uygulanmiştır. Seçilen sekansların karakterizesyonu için, pl ve yük gibi fizikokimyasal özellikleri ile hidrofilite değerlendirilmesi yapılmıştır. Bağlanma özellikleri izlenerek, immünoboyama temelli floresan mikroskopi çalışmaları ile, seçilmiş peptidler güçlü, orta ve zayıf bağlanma özellikli olarak üç gruba ayrılmıştır. Sekansların daha kapsamlı özelliklerinin belirlenmesi, atomik kuvvet mikroskopisi kullanılarak, gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar, seçilen peptidlerîn kristalografik yüzey spesifik doğası ile ilgili bilgiler vermiştir. xı

Özet (Çeviri)

IDENTIFICATION OF CRYSTAL FACE SPECIFIC SAPPHIRE BINDING PEPTIDES BY PHAGE DISPLAY SUMMARY Proteins, large and small, play major roles during biomineralization, i.e., in the synthesis and formation of biological hard tissues such as bone, dental tissues and, bacterial particles. This Is accomplished via molecular recognition of minerals, their catalysis/sythesis and, self-assembly by a collection of proteins that are temporally and spatially distributed during the biomineralization processes. Inorganic components of the biomineralized tissues include metals, metal oxides, carbonates, sulfides and, semiconductors that vary in atomic composition, crystal structure, nano- and micro-structure and, physical properties. In this research, in an attempt to select crystal-surface specific peptides, we adopted phage display technology using M13 Phage Display system. Single crystals of sapphire (a-aiumtna, Af203 ) in two different crystal orientations [110] and [001] were used as the substrates for selection. Sapphire specific peptides were recovered using a molecular biological protocol with Ph.D.-C7C library provided by New England BioLabs, that we adapted for the selection of inorganic-binding peptides. During the stages of selection, any phage that binds to the surface is preferentially retained and, non-specific physisorbed phages are washed out The process is repeated 3-4 rounds to enrich for the phages displaying the desired sapphire-binding peptides. A new protocol was introduced to overcome possible disadvantages of the selection procedure like inefficient eJution of the bound phages from the inorganic surface. Characterization of the selected sequences was performed both by evaluating their physicochemical properties such as pi, charge and hydrophilicity. By following their binding properties, the selected peptides were classified in three groups as strong, moderate and weak binders as aresult of immunolabelling based fluorescence microscopy studies. Further verifications on the properties of the sequences, were performed by use of atomic force microscopy experiments. These studies provided insights into the nature of crystallographic surface specific binding of selected peptides.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    576144

    Çeşitli kalem mürekkeplerinin fiziksel, kimyasal ve biyolojik koşullarda moleküler dönüşümlerinin incelenmesi

    Examination of molecular transformations of various pen inks under physical, chemical and biological conditions

    FATMA ÇAVUŞ YONAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH CENGİZ

  2. Tez No

    332928

    Ultrasonik sprey piroliz (USP) yöntemi ile nano yapılı kurşun oksit üretimi ve karakterizasyonu

    Production and characterization of nano structured lead oxide via ultrasonic spray pyrolysis (USP)

    BURAK AŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEBAHATTİN GÜRMEN

  3. Tez No

    55961

    Biyomagnetik olaylar

    Başlık çevirisi yok

    M.TOGAN ÇANDIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. İNCİ AKKAY

  4. Tez No

    127390

    Doğal oksitli yarıiletkenlerden yapılan schottky diyotların farklı metotlarla incelenmesi ve karakteristik parametrelerinin belirlenmesi

    Investigation of schottky diodes made of native oxided semiconductors by various methods and identification of characteristic parameters

    H. ALİ ÇETİNKARA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Fizik ve Fizik MühendisliğiKırıkkale Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. D. MEHMET ZENGİN

    YRD. DOÇ. DR. ŞERAFETTİN EREL

  5. Tez No

    832568

    Gender and age detection by feature selection using resnet50 based on CNN algorithm

    Başlık çevirisi yok

    RAWA MOUSA HUSSEIN HUSSEIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAltınbaş Üniversitesi

    Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GALİP CANSEVER

Geri Dön