Structure-function relationships of RNA polymereases based on elastic network model
Elastik ağ yapı modeli esas alınarak RNA polimeraz enzimlerinin yapı-işlev ilişkilendirilmesi
- Tez No: 152450
- Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
ÖZET ELASTİK AĞYAPI MODELİ ESAS ALINARAK RNA POLİMERAZ ENZİMLERİNİN YAPI- İŞLEV İLİŞKİLENDİRİLMELERİ Ribonükleik asit polimerazlar (RNAP), gen yazılımı sırasında deoksiribonükleik asit (DNA) kalıbından ribonükleik asit (RNA) sentezini katalizleyen enzimlerdir. RNAP 'ler 3000 veya daha fazla rezidü içeren büyük kuaterner yapılı proteinler olduğundan, bu büyük moleküllerin doğal hallerindeki dinamiklerini araştırmak için bir kaba ölçekli normal mod analizi olan anizotropik ağyapı modeli (ANM) kullanılır. ANM'den elde edilen teorik sıcaklık faktörleri serbest ve kompleks hallerdeki maya ve bakteri RNAP yapıları için deneysel olarak elde edilmiş değerler ile yakın uyum içerisindedir. Özellikle, bakteri holoenzimi için deneysel değerleri bulunamayan sıcaklık faktörleri ANM ile tahmin edilmiştir. Deneylerden de tahmin edildiği gibi hem bakteri hem de maya RNAP'lerinde kıskacın hareketliliğinden doğan yarıktaki açılma kapanma hareketi biyolojik fonksiyonla ilgili olan yavaş modlarda gözlenmektedir. Ayrıca, az hareketli ve kinetik olarak en hareketli bölgeler enzimin aktif bölgesi etrafında benzer yerlerde bulunmaktadırlar. Maya RNAP' sinin DNA ile oluşturduğu uzama kompleksinde daha az hareketlilik gözlenmesine rağmen yavaş modlarda benzer kıskaç hareketi hala mevcuttur. Bundan farklı olarak, bakteri holoenziminde a alt ünitesi ile geniş etkileşimden dolayı kıskacın hareketi yüksek oranda engellenmiştir. Bununla birlikte, maya RNAP 'sinin en yavaş modundan elde edilen dinamik yapılar kıskaç haraketini aktive eden anahtar hücreleri ile yakın olarak örtüşmektedirler.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF RNA POLYMERASES BASED ON ELASTIC NETWORK MODEL Ribonucleic acid polymerases (RNAP) are the enzymes that catalyze ribonucleic acid (RNA) synthesis from deoxyribonucleic acid (DNA) template during gene transcription. Since RNAPs are large quaternary proteins with 3000 residues or more, the anisotropic network model (ANM), a coarse-grained normal mode analysis, is used to study the dynamics of these supramolecules around the native state. The theoretical temperature factors obtained from ANM are in close conformity with the experimental values for yeast and bacterial RNAP structures in free and complex forms. Specifically, the temperature factors that are unavailable for the bacterial holoenzyme are predicted by ANM. In the slow modes that are related to biological function, both bacterial and yeast RNAPs display an opening/closing motion of the cleft due to mobility of clamp that is also predicted by experiments. Moreover, the hinge and kinetically hot residues are located in similar regions around the active site. Even though lower fluctuations are observed in the elongation complex of yeast RNAP, similar clamp motion still exists in slow modes. In contrast, in the bacterial holoenzyme, the clamp motion is highly immobilized due to extensive interactions with the o subunit. Moreover, the dynamic domains obtained from the slowest mode of yeast RNAP closely match the switch regions activating clamp motion.
Benzer Tezler
- Schizosaccharomyces pombe ve insanda z-dna oluşumlarının biyoinformatik ve deneysel analizleri
Bioinformatic and experimental analyses of z-dna formations in schizosaccharomyces pombe and human
NEŞE AKÇAY
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Alt sekans profil haritaları kullanılarak protein katlanması tanıma
Protein fold recognition using subsequence profile maps
RUŞEN HALEPMOLLASI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖMER SİNAN SARAÇ
- Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)
Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi
AYCHA MOSO
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY
- Self-nanoparticle forming immunostimulatory DNA: Structure-function relationship studies
Kendi kendine nanoparçacık oluşturan bağışıklık uyarıcı DNA: Yapı-fonksiyon ilişkisi çalışmaları
RASHAD MAMMADOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL
- İki katmanlı entegrasyon mimarisiyle hastalığa özel birliktelik ağı çıkarımı
Two tier combinatorial structure to infer disease specific coexpression network
MUSTAFA ÖZGÜR CİNGİZ
Doktora
Türkçe
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU DİRİ