Geri Dön

Structure-function relationships of RNA polymereases based on elastic network model

Elastik ağ yapı modeli esas alınarak RNA polimeraz enzimlerinin yapı-işlev ilişkilendirilmesi

  1. Tez No: 152450
  2. Yazar: ZELİHA YEŞİM YILDIRIM
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

ÖZET ELASTİK AĞYAPI MODELİ ESAS ALINARAK RNA POLİMERAZ ENZİMLERİNİN YAPI- İŞLEV İLİŞKİLENDİRİLMELERİ Ribonükleik asit polimerazlar (RNAP), gen yazılımı sırasında deoksiribonükleik asit (DNA) kalıbından ribonükleik asit (RNA) sentezini katalizleyen enzimlerdir. RNAP 'ler 3000 veya daha fazla rezidü içeren büyük kuaterner yapılı proteinler olduğundan, bu büyük moleküllerin doğal hallerindeki dinamiklerini araştırmak için bir kaba ölçekli normal mod analizi olan anizotropik ağyapı modeli (ANM) kullanılır. ANM'den elde edilen teorik sıcaklık faktörleri serbest ve kompleks hallerdeki maya ve bakteri RNAP yapıları için deneysel olarak elde edilmiş değerler ile yakın uyum içerisindedir. Özellikle, bakteri holoenzimi için deneysel değerleri bulunamayan sıcaklık faktörleri ANM ile tahmin edilmiştir. Deneylerden de tahmin edildiği gibi hem bakteri hem de maya RNAP'lerinde kıskacın hareketliliğinden doğan yarıktaki açılma kapanma hareketi biyolojik fonksiyonla ilgili olan yavaş modlarda gözlenmektedir. Ayrıca, az hareketli ve kinetik olarak en hareketli bölgeler enzimin aktif bölgesi etrafında benzer yerlerde bulunmaktadırlar. Maya RNAP' sinin DNA ile oluşturduğu uzama kompleksinde daha az hareketlilik gözlenmesine rağmen yavaş modlarda benzer kıskaç hareketi hala mevcuttur. Bundan farklı olarak, bakteri holoenziminde a alt ünitesi ile geniş etkileşimden dolayı kıskacın hareketi yüksek oranda engellenmiştir. Bununla birlikte, maya RNAP 'sinin en yavaş modundan elde edilen dinamik yapılar kıskaç haraketini aktive eden anahtar hücreleri ile yakın olarak örtüşmektedirler.

Özet (Çeviri)

IV ABSTRACT STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF RNA POLYMERASES BASED ON ELASTIC NETWORK MODEL Ribonucleic acid polymerases (RNAP) are the enzymes that catalyze ribonucleic acid (RNA) synthesis from deoxyribonucleic acid (DNA) template during gene transcription. Since RNAPs are large quaternary proteins with 3000 residues or more, the anisotropic network model (ANM), a coarse-grained normal mode analysis, is used to study the dynamics of these supramolecules around the native state. The theoretical temperature factors obtained from ANM are in close conformity with the experimental values for yeast and bacterial RNAP structures in free and complex forms. Specifically, the temperature factors that are unavailable for the bacterial holoenzyme are predicted by ANM. In the slow modes that are related to biological function, both bacterial and yeast RNAPs display an opening/closing motion of the cleft due to mobility of clamp that is also predicted by experiments. Moreover, the hinge and kinetically hot residues are located in similar regions around the active site. Even though lower fluctuations are observed in the elongation complex of yeast RNAP, similar clamp motion still exists in slow modes. In contrast, in the bacterial holoenzyme, the clamp motion is highly immobilized due to extensive interactions with the o subunit. Moreover, the dynamic domains obtained from the slowest mode of yeast RNAP closely match the switch regions activating clamp motion.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    802445

    Schizosaccharomyces pombe ve insanda z-dna oluşumlarının biyoinformatik ve deneysel analizleri

    Bioinformatic and experimental analyses of z-dna formations in schizosaccharomyces pombe and human

    NEŞE AKÇAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERCAN ARICAN

  2. Tez No

    439361

    Alt sekans profil haritaları kullanılarak protein katlanması tanıma

    Protein fold recognition using subsequence profile maps

    RUŞEN HALEPMOLLASI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖMER SİNAN SARAÇ

  3. Tez No

    855217

    Xyloglucan endotransglycosylases/hydrolases (XTH) genefamily in tomato (Solanum lycopersicum)

    Domates (Solanum lycopersıcum)' de xyloglucan endotransglycosylases (XTH) gen ailesi

    AYCHA MOSO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ANDREW JOHN HARVEY

  4. Tez No

    246610

    Self-nanoparticle forming immunostimulatory DNA: Structure-function relationship studies

    Kendi kendine nanoparçacık oluşturan bağışıklık uyarıcı DNA: Yapı-fonksiyon ilişkisi çalışmaları

    RASHAD MAMMADOV

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL

  5. Tez No

    495263

    İki katmanlı entegrasyon mimarisiyle hastalığa özel birliktelik ağı çıkarımı

    Two tier combinatorial structure to infer disease specific coexpression network

    MUSTAFA ÖZGÜR CİNGİZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BANU DİRİ

Geri Dön