Binding proteins in the small world of residue networks
Aminoasit ağlarının küçük dünyasında bağlanan proteinler
- Tez No: 152846
- Danışmanlar: DOÇ.DR. CANAN BAYSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
ÖZET Bu çalışmada 59 protein kompleksinin hem ayrık hem de bağlı durumdaki ağ özelliklerini inceledik. Ağ şeklinde ifade edilen proteinlerin“küçük dünya”özelliklerinin kompleks oluşumu sonrasında da devam ettiğini gözlemledik. Ayrıca, bağlanmada etkin rol oynayan amino asitlerin diğer yüzey amino asitlerine göre -bağsız durumda bile- daha yüksek ortalama en kısa yol değerlerine sahip olduğunu gördük. Reseptör ve ligand amino asitleri arasındaki en kısa yollarda kullanılan ve reseptör' den ligand'a geçiş noktalarını oluşturan amino asit çiftlerinin kullanılan farklı kontak enerjilerinden bağımsız olarak, çoğunlukla, benzer olduğunu gösterdik. Daha sonra, aynı hesaplamaları gerçek ve bozulmuş kompleks yapıların ağ özellikleri üzerinde gerçekleştirdik. Ortalama kısa yol değerleri yine en belirleyici özellik olarak ortaya çıktı. Ayrıca Miyazawa ve Jeringan'ın kontak enerjilerinin bu gerçek ve bozulmuş yapılar içindeki reseptor-ligand geçiş amino asitlerini daha iyi ayrımsadığmı gözlemledik. vı
Özet (Çeviri)
ABSTRACT We analyze the network properties of a set of 59 pairs of proteins in their bound and unbound forms. We verify that these“residue networks”are in the“small world”class in their separate forms as well as in complex. We also investigate the different network properties of interface residues compared to those of other surface residues of the complexes. The results point that the average shortest paths of interface residues are in general lower than other surface residues even in their unbound forms. Moreover, the residues that are used in the shortest pathways between the receptor and the ligand are analyzed with the theory of betweenness centrality. When specific weights are assigned to the links in the network, the same pairs of residue types emerge as important hubs when complexation occurs. The calculations are further implemented to decoy structures of 15 of the bound complexes, with 10 decoys for each complex. We find the characteristic path length as the most important descriptor for differentiating between decoys and native structures.
Benzer Tezler
- Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer
Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi
ÖZGE TATLI
Doktora
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Non-local effects of antibiotic resistance causing mutations reveal an alternative region for targeting on FtsW/penicillin binding protein 3 complex of H.influenzae
H.influenza'ya ait FtsW/penisilin bağlayan protein 3 kompleksinde meydana gelen antibiyotik direncine neden ve global ölçekte etkiye sahip olan mutasyonların hedeflenebilecek alternatif bölgeler açığa çıkarması
ALMOTASEM BELAH ALHAMWI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği ve Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE ŞENSOY
PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Investigation of the localization pattern and the role of anti apoptotic BAG-1 in healthy and tumor tissues from patients with breast carcinoma
Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik BAG-1 proteininin rolü ve lokalizasyonunun incelenmesi
JALE YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Expression, purification, and characterization of recombinant human IL-2
Rekombinant insan IL-2'nin ekspresyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu
BUSE AKGÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY