Geri Dön

Effects of rapamycin on the early development of zebrafish (Danio rerio)

Rapamycin'in zebra balığının (Danio rerio) erken gelişim dönemindeki etkileri

  1. Tez No: 155502
  2. Yazar: CEM KUŞÇU
  3. Danışmanlar: DR. ÖZLEN KONU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

ÖZET RAPAMYCIN'IN ZEBRA BALIĞININ (Danio rerio) ERKEN GELİŞİM DÖNEMİNDEKİ ETKİLERİ Cem KUŞÇU Master Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Yöneticisi: Dr. Özlen KONU Temmuz 2004, 77 sayfa Streptomyces hygroscopicus adlı toprak bakterisinden izole edilmiş olan rapamycin, hücre bölünmesi, bağışıklık sistemi ve kanserli hücrelerin gelişimi üzerinde olumsuz etkilere sahip olduğu değişik model organizmalar üzerinde gösterilmiş bir antibiyotiktir. Rapamycinin TOR proteininin aktivitesi üzerindeki özgün etkileri de yapılan bu çalışmalar sonucu belirlenmiştir. TOR proteini, genel olarak, hücre içerisinde amino asitlerden ve büyüme hormanlarından gelen sinyallerin translasyon mekanizmasında öncül rol oynayan proteinlere iletilmesinde görevli bir kinazdır. Zebrabalığı (Danio rerio) özellikle gelişim biyolojisinde yaygm olarak kullanılan bir model organizma olmasına rağmen, rapamycin' in zebrabalığı üzerindeki etkilerine dair bir çalışma literatürde henüz yer almamaktadır. Bu tez çalışmasında öncelikli olarak zebrabalığı TOR (DrTOR) geninin in silico (biyoinformatiksel) gen sekansı bulunmuş ve daha sonra cDNA ve protein seviyesinde diğer memeli TOR sekansları ile homoloji karşılaştırması yapılmıştır. DrTOR geninin embriyonik/larval dönemlerde ve erişkin balığın farklı dokularında ifade edildiği gösterilmiştir. Rapamycin erken gelişim döneminde (2., 3., 4., 5. gün) farklı konsantrasyonlarda verilmiştir. Morfometrik incelemelere dayanarak, 1 uM'dan yüksek konsantrasyonların larvaların boylarında küçülmeye sebep olduğu gösterilmiştir. 20 uM lık dozun ise larvaların boylarında gerçekleşmesi gereken büyümeyi tümüyle durduğu istatiksel yöntemler kullanılarak tespit edilmiştir. 20 uM rapamycin verilen embriyoların pigment hücreleri (melanosit) ve kafadaki kıkırdak dokularının gelişiminde de gerileme görülmüştür. Real-time RT-PCR kullanılarak DrTOR ve mitfA genlerinin mRNA ifade profilleri incelenmiştir. 20 uM rapamycin verilen embryolarda DrTOR mRNA ifadesi 3.5 kat artarken, aynı embriyolarda mitfA ifadesi % 40 azalmıştır. Son olarak, DrTOR'a karşı dizayn edilen bir siRNA embriyolara solüsyon içerisinde verilmiş ve bu siRNA'nin gen ifade engelleme kapasitesi test edilmiştir. iii

Özet (Çeviri)

ABSTRACT EFFECTS OF RAPAMYCIN ON THE EARLY DEVELOPMENT OF ZEBRAFISH (Danio rerio) Cem KUŞÇU M.Sc. in Molecular Biology & Genetics Supervisor: Dr. Özlen KONU JULY 2004, 77 pages Rapamycin, isolated from the soil bacteria Streptomyces hygroscopicus as an antibiotic, previously was shown to have negative effects on the immune system, cancer development, and cell cycle using different model organisms. Specific effects of rapamycin on the TOR protein activity also was determined by these previous studies. In general, TOR is a kinase that play an important role in the transmission of the signals from growth factors and amino acids to proteins involved in translation processes. In spite of the increasing popularity of zebrafish {Danio rerio) as a model organism in the developmental biological studies, no previous study about the effects of rapamycin on zebrafish exists in the literature. In the present thesis, zebrafish TOR (DrTOR) gene structure was first characterized in silico and then compared in terms of its homology with the mammalian TORs at the cDNA and protein levels. Expression of DrTOR was shown at different embryonic/larval stages and in different tissue samples. Furthermore, different doses of rapamycin were given to the embryos during the early developmental time (2, 3, 4, 5 dpf). Based on the morphometric analyses, rapamycin concentrations greater than 1 uM caused a significant reduction in the larval size. Additionally, 20 uM rapamycin significantly and completely abolished any larval growth supposed to take place during this time period. In the 20 uM rapamycin experiment, also a retardation in the pigment cell (melanocyte) and cranial cartilage development was observed. Expression profiles of the mitfA and DrTOR were analyzed by using the real-time RT- PCR. While DrTOR expression was upregulated (3.5 fold) by 20 uM rapamycin, mitfA expression was downregulated (% 40). Finally, a siRNA designed against the TOR gene was tested for its inhibitory activity when given to embryos in a solution. 11

Benzer Tezler

  1. Tez No

    734557

    Modulation of the neuroinflammatory response following genetic and environmental manipulations in the zebrafish (Danio rerio)

    Zebra balığında (Danio rerio) genetik ve çevresel manipülasyonların ardından nöroinflamatuar yanıtın modülasyonu

    BEYZA ÖZEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MICHELLE MARIE ADAMS

  2. Tez No

    405837

    CDK inhibitörlerinin mTOR susturması gerçekleştirilen LNCaP, DU145 ve PC3 prostat kanseri hücrelerinde terapotik etkisinin incelenmesi

    Investigation of therapeutic effects of the CDK inhibitors on mTOR-silenced LNCaP, DU145 and PC3 prostate cancer cells

    ÇAĞRI GÜMÜŞKAPTAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyokimyaİstanbul Kültür Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF DAMLA ARISAN

  3. Tez No

    734738

    Rapamisin uygulamasının yağ grefti sağ kalımı üzerindeki etkileri ve otofaji yolağının rolünün araştırılması

    The effects of rapamycin on fat graft survival and the role of autophagy pathway

    ÇAĞDAŞ DURU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Plastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAMAZAN ERKİN ÜNLÜ

  4. Tez No

    421242

    Understanding the interplay between anti-apoptotic BAG-1 and AKT in mTORC1-mediated autophagy in breast cancer cell lines

    mTORC1 aracılı otofajide anti-apoptotik BAG-1-AKT etkileşiminin meme kanseri hücre hatlarında araştırılması

    ILGIN IŞILTAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  5. Tez No

    452599

    Sıçan testis torsiyonu iskemi/reperfüzyon hasarında, pı3k-akt-mtor yolakları üzerinden cape ve EGCG'nin koruyucu etkilerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the protective effects of CAPE and EGCG ın the rat testicular torsion ischemia / reperfusion injury, through the PI3K-Akt-mTOR pathways

    YAĞMUR SARICA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Histoloji ve EmbriyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VİSSUN SEVİNÇ İNAN

Geri Dön