Geri Dön

Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik ilaç moleküllerinin moleküler dinamik simulasyon analizleri

Molecular dynamic simulation analyses of drug molecules against monoamine oxidase type B

  1. Tez No: 156927
  2. Yazar: MURAT TÜLÜ
  3. Danışmanlar: ÖĞR.GÖR. MUSTAFA TOPRAKÇI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

1. ÖZET İlaç moleküllerini bağlı bulundukları enzim içerisinde simüle edip elde edilen veriler yardımıyla inhibitor ile enzimin bağlanma dinamiğinin analizi ve serbest enerjilerinin hesaplanması, çalışmamızın temelini oluşturmaktadır. Simülasyon boyunca elde edilen veriler moleküler mekanik parametreler kullanılarak hesaplanmıştır. Simülasyon için her bir model ilaç bileşiği hem su içerisinde, hemde protein (enzim) içerisinde olacak şekilde, iki ayrı ortamda, koordinat dosyaları oluşturuldu. Simülasyon boyunca ilaç ve enzim moleküllerinin atomları arasındaki, etkileşim enerjileri olarak da adlandırılan Van Der Waals (VDW) ve elektrostatik enerjiler kaydedildi. Elde edilen enerji verilerinden lineer etkileşim modeli (LIE) kullanılarak, her bir ilacın inhibisyon katsayısı elde edildi. İlaç molekülünün, protein içindeki enerji ile sudaki enerji farkı, ilacın bağlanma serbest enerjisini vermektedir. Bu çalışmada monoamin oksidaz enziminin, parjilin ve selejilin ilaçlan ile olan etkileşiminin enerjetik hesaplamaları yapılmıştır. Elde edilen veriler selejilin molekülünün parjiline göre daha kuvvetli bağlandığını göstermektedir. Selejilin ve parjilinin bağlanma serbest enerjileri deneysel yöntemler ile yapılan çalışmalarla uyuşmaktadır. Simülasyon sırasında moleküler sisteme dışarıdan su molekülleri eklenmiştir. İlaç moleküllerinin atomlarının parsiyel yük hesaplamaları, yarı ampirik (semi-empirical) yöntem, AMMP programının MOM yöntemi (method of moments) kullanılarak yapılmıştır (1 ).

Özet (Çeviri)

2. SUMMARY In this study we aimed to simulate an enzyme-inhibitor complex to gain insight into the dynamics of binding an inhibitor (drug substance) to an enzyme and to calculate the binding free energy of a given inhibitor. Throughout the simulation, we collected data by using molecular mechanics parameters. To carry out the simulation, we prepared coordinate files of each of the model drug compounds separately, in both aqueous and protein (enzyme) mediums. During the simulation, we recorded interaction energies, such as Van der Waals and electrostatic, between drugs and enzyme atoms. Then, using the Linear Interaction Energy (LIE) model, we calculated, from the data of energy obtained, the inhibition constants of each drug molecule. We found that the free energy through the binding of given drug molecules can be calculated from the energy difference of the drug in aqueous and protein environments. In this study, we calculated the interacting energy of pargyline and selegyline drug molecules for a monoamine oxidase (MAO) enzyme. The resulting data showed us that selegyline molecules bind more tightly to an MAO enzyme than pargyline molecules do. The predicted values of binding constants of selegyline and pargyline are consistent with the experimental values. During simulation, we explicitly added water molecules to the system. We calculated the partial charges of drug compounds by using the MOM (Method of Moments) of AMMP (Another Molecular Mechanics Program), which is a semi-empirical method (1).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    163356

    Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik benzilamin molekülünün moleküler dinamik simülasyon analizi

    Molecular dynamics simulation analysis of benzylamine molecule directed to monoamine oxidase type B enzyme

    YUSUF KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    BiyokimyaKadir Has Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DR. MUSTAFA TOPRAKÇI

  2. Tez No

    615048

    Üniversite öğrencilerinde siber zorbalık/mağduriyet ve Monoamin Oksidaz A enziminin gen polimorfizmi ile ilişkisinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between cyberbullying / victimization and Monoamine Oxidase A enzyme gene polymorphism in university students

    CANSU ERDAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Adli TıpÜsküdar Üniversitesi

    Adli Bilimler Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN YILANCIOĞLU

  3. Tez No

    54896

    Prefrontal kortekste stres ile oksidan stres arasındaki ilişkinin sıçanlarda incelenmesi

    Başlık çevirisi yok

    OSMAN AÇIKGÖZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    FizyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ATAMAN GÜRE

  4. Tez No

    828186

    Monoamin oksidaz a (MAOA) RS1465108 polimorfizmi için PCR-RFLP yöntemi optimizasyonu ve bu polimorfizmin şizofreni hastalarında agresyona etkisinin belirlenmesi

    PCR-RFLP method optimization for monoamine oxidase a (MAOA) RS1465108 polymorphism and determination of the effect of this polymorphism on aggression in patients with schizophrenia

    SARİYE AYBÜKE YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Adli TıpAnkara Üniversitesi

    Disiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DİLEK AKYÜZLÜ

  5. Tez No

    624294

    Monoamin oksidaz (MAO) enzim polimorfizminin öfke ve saldırganlık eğilimiyle bağlantısı

    The relation of monoamine oxidase (MAO) enzyme polymorphism withanger and

    AYŞENUR KARAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Adli TıpÜsküdar Üniversitesi

    Adli Bilimler Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN YILANCIOĞLU

Geri Dön