Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik ilaç moleküllerinin moleküler dinamik simulasyon analizleri
Molecular dynamic simulation analyses of drug molecules against monoamine oxidase type B
- Tez No: 156927
- Danışmanlar: ÖĞR.GÖR. MUSTAFA TOPRAKÇI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2004
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
1. ÖZET İlaç moleküllerini bağlı bulundukları enzim içerisinde simüle edip elde edilen veriler yardımıyla inhibitor ile enzimin bağlanma dinamiğinin analizi ve serbest enerjilerinin hesaplanması, çalışmamızın temelini oluşturmaktadır. Simülasyon boyunca elde edilen veriler moleküler mekanik parametreler kullanılarak hesaplanmıştır. Simülasyon için her bir model ilaç bileşiği hem su içerisinde, hemde protein (enzim) içerisinde olacak şekilde, iki ayrı ortamda, koordinat dosyaları oluşturuldu. Simülasyon boyunca ilaç ve enzim moleküllerinin atomları arasındaki, etkileşim enerjileri olarak da adlandırılan Van Der Waals (VDW) ve elektrostatik enerjiler kaydedildi. Elde edilen enerji verilerinden lineer etkileşim modeli (LIE) kullanılarak, her bir ilacın inhibisyon katsayısı elde edildi. İlaç molekülünün, protein içindeki enerji ile sudaki enerji farkı, ilacın bağlanma serbest enerjisini vermektedir. Bu çalışmada monoamin oksidaz enziminin, parjilin ve selejilin ilaçlan ile olan etkileşiminin enerjetik hesaplamaları yapılmıştır. Elde edilen veriler selejilin molekülünün parjiline göre daha kuvvetli bağlandığını göstermektedir. Selejilin ve parjilinin bağlanma serbest enerjileri deneysel yöntemler ile yapılan çalışmalarla uyuşmaktadır. Simülasyon sırasında moleküler sisteme dışarıdan su molekülleri eklenmiştir. İlaç moleküllerinin atomlarının parsiyel yük hesaplamaları, yarı ampirik (semi-empirical) yöntem, AMMP programının MOM yöntemi (method of moments) kullanılarak yapılmıştır (1 ).
Özet (Çeviri)
2. SUMMARY In this study we aimed to simulate an enzyme-inhibitor complex to gain insight into the dynamics of binding an inhibitor (drug substance) to an enzyme and to calculate the binding free energy of a given inhibitor. Throughout the simulation, we collected data by using molecular mechanics parameters. To carry out the simulation, we prepared coordinate files of each of the model drug compounds separately, in both aqueous and protein (enzyme) mediums. During the simulation, we recorded interaction energies, such as Van der Waals and electrostatic, between drugs and enzyme atoms. Then, using the Linear Interaction Energy (LIE) model, we calculated, from the data of energy obtained, the inhibition constants of each drug molecule. We found that the free energy through the binding of given drug molecules can be calculated from the energy difference of the drug in aqueous and protein environments. In this study, we calculated the interacting energy of pargyline and selegyline drug molecules for a monoamine oxidase (MAO) enzyme. The resulting data showed us that selegyline molecules bind more tightly to an MAO enzyme than pargyline molecules do. The predicted values of binding constants of selegyline and pargyline are consistent with the experimental values. During simulation, we explicitly added water molecules to the system. We calculated the partial charges of drug compounds by using the MOM (Method of Moments) of AMMP (Another Molecular Mechanics Program), which is a semi-empirical method (1).
Benzer Tezler
- Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik benzilamin molekülünün moleküler dinamik simülasyon analizi
Molecular dynamics simulation analysis of benzylamine molecule directed to monoamine oxidase type B enzyme
YUSUF KAYA
- Üniversite öğrencilerinde siber zorbalık/mağduriyet ve Monoamin Oksidaz A enziminin gen polimorfizmi ile ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relationship between cyberbullying / victimization and Monoamine Oxidase A enzyme gene polymorphism in university students
CANSU ERDAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Adli TıpÜsküdar ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN YILANCIOĞLU
- Prefrontal kortekste stres ile oksidan stres arasındaki ilişkinin sıçanlarda incelenmesi
Başlık çevirisi yok
OSMAN AÇIKGÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1996
FizyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ATAMAN GÜRE
- Monoamin oksidaz a (MAOA) RS1465108 polimorfizmi için PCR-RFLP yöntemi optimizasyonu ve bu polimorfizmin şizofreni hastalarında agresyona etkisinin belirlenmesi
PCR-RFLP method optimization for monoamine oxidase a (MAOA) RS1465108 polymorphism and determination of the effect of this polymorphism on aggression in patients with schizophrenia
SARİYE AYBÜKE YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Adli TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK AKYÜZLÜ
- Monoamin oksidaz (MAO) enzim polimorfizminin öfke ve saldırganlık eğilimiyle bağlantısı
The relation of monoamine oxidase (MAO) enzyme polymorphism withanger and
AYŞENUR KARAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Adli TıpÜsküdar ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN YILANCIOĞLU