Sefalotin molekülünün DD-transpeptidaz enzimine bağlanmasında serbest enerjinin moleküler dinamik simülasyon ile hesaplanması
Calculation of free energy in binding of cephalotin molecule to DD-transpeptidase enzyme by molecular dynamics simulation
- Tez No: 163358
- Danışmanlar: DR. MUSTAFA TOPRAKÇI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 30
Özet
1. Özet Günümüzde antibiyotik kullanımı oldukça yaygındır. Sefalosporin gurubu ise antibiyotik çeşitleri arasında büyük bir yer tutmaktadır. Sefalosporin gurubu antibiyotikler bakteri hücre duvarındaki transpeptidaz enzimine bağlanarak enzimi inaktive etmektedirler. Transpeptidaz enzimi bakteri hücre duvarının (peptidoglikan) oluşumu esnasında pentapeptidin 4ncü rezidüsü olan D-Ala (D-Alanil) molekülü ile D- Alanin köprüsünün çapraz bağlanmasını (cross-linking) katalizlemektedir, bu sırada terminal Alanin' in hidrolizi ile kopması gereken enerjiyi sağlamaktadır. Bakteri hücre duvarının oluşumundaki bu reaksiyon aşamasına transpeptidasyon aşaması denilmektedir. Transpeptidaz enziminin Sefalosporin gurubu bir antibiyotik ile inhibisyonu sonucunda transpeptidasyon aşamasında çapraz bağlanma olayı gerçekleşmemekte ve böylece bakteri hücre duvarı oluşumu tamamlanamamaktadır. Bu çalışmada Streptomyces R61 susundan elde edilen transpeptidaz enziminin sefalotin ilaç molekülü ile bağlanma anında ortaya çıkan serbest enerjinin (AĞ) moleküler dinamik simülasyon ile hesaplaması yapılmıştır. 1
Özet (Çeviri)
2. Summary Nowadays antibiotic usage is prevalent. Cephalosporin group is taking a wide place in antibiotic groups. Cephalosporin group antibiotics bind to transpeptidase in bacterial cell wall and inactivate the enzyme. Transpeptidase catalyses cross-linking of D-Alanine and D-Ala (D-Alanil) molecule which is the fourth residue of pentapetide, at synthesis of bacterial cell wall, at that time it provides energy for hydrolysis of terminal D-Alanine. This synthesis stage of bacterial cell wall is called transpeptidation. As a result of inhibition of transpeptidase by a cephalosporin group antibiotic the cross-linking process is not constituted and thus synthesis of bacterial cell wall can not be formed. In this study free energy change (AG), which occurred at the binding of Streptomyces R61 strain derived from transpeptidase and cephalothin molecule has been calculated with molecular dynamics simulation.
Benzer Tezler
- Escherichia colilere amikasin ve sefalotin kombinasyonlarının etkisinin mikrodilüsyon, disk diffüzyon ve oyuk diffüzyon yöntemleri ile karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ÜMRAN SOYOĞUL
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RÜKNETTİN ÖĞÜTMAN
- Sulu çözeltilerde amoksisilin ve sefalotin antibiyotiklerinin ileri oksidasyon teknikleri ile arıtılabilirliğinin araştırılması
Investigating the treatability of the antibiotics amoxicillin and cephalothin in aqueous solution by advanced oxidation processes
GAMZE KOYUNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Çevre MühendisliğiMersin ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL KUMBUR
- Kan kültürlerinden soyutlanan staphylococcus aureus kökenlerinde sefalotin toleransının araştırılması
Başlık çevirisi yok
ÖNER ÖZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1996
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıEge ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYHAN TOKBAŞ
- Balıklardan izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç geni profillerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance genes profile of the bacteria isolated from fish
SALİHA ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Balıkçılık TeknolojisiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ALTINOK
- Akut gastroenterit olgularında campylobacter jejuni sıklığının araştırılması
Investigation of frequency of campylobacter jejuni in acute gastroenteritis
NERMİN ÖZEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı