Maya ikili hibrid sistemi ile klonlanan muhtemelen yeni bir hücre-içi sinyalizasyon molekülünün karakterizasyonu
Characterization of new intracellular signaling molecule cloned in the yeast two-hybrid system
- Tez No: 170395
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. OSMAN ÇEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
oz YÜKSEK LİSANS TEZİ MAYA İKİLİ Hİ BRİD SİSTEMİ İLE KLONLANAN MUHTEMELEN YENİ BÎR HÜCRE İÇİ SİNYALİZASYON MOLEKÜLÜNÜN KARAKTERİZASYONÜ Lokman VARIŞLI Harran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Osman ÇEN Yd: 2005, Sayfa: 68 Bu çalışma, maya ikili hibrid sistemi kullanılarak elde edilen ve IL-5 reseptörü (IL-5R)'nün a alt ünitesi ile bağlantı kuran 1,6 kilobaz çifti uzunluğunda bir cDNA (klon-38)'nın biyoinformatik (biyobilişim) yöntemle karakterizasyonunu ile ilgilidir. Bu klonun Genbankasındaki karşılığı, geninin kromozomal yerleşimi ve yapısı mKNA'lan, oluşturabilecekleri proteinler, bu proteinlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri incelendi. Bu proteinlerin hücredeki yerleşimleri, sekonder yapılan ile fonksiyonel domeyn ve motifleri transmembran bölgeleri ve translasyon sonrası geçirebilecekleri modifikasyonlar araştırıldı. Analizler bu klonun 2. kromozom üzerinde yer alan bir gene karşılık geldiği ve bu genin alternatif splising ile dört mRNA kodlayabileceğini göstermektedir. Bu mRNA'lann oluşturabileceği proteinlerin G-proteinlere bağlı reseptör süper ailesine ait olduğu ve ağırlıklı olarak random coil ve alfa heliks sekonder yapısına sahip olabileceği görülmüştür. Topolojik olarak proteinlerin hücre zarını 5-6 sefer geçen transmembran bölgelere sahip olduğu ve fosforilasyon, glikozilasyon ve miristilasyon gibi translasyon sonrası modifikasyonlar geçirebileceği belMenmiştir. Sonuç olarak bu genin G-proteinlere bağlı reseptörleri kodlaması büyük bir olasılık teşkil etmektedir. Böyle bir durumda bu gen ve ürünleri çeşitli terapötik özellik arz edebilecek bir hedef oluşturabilir. Deneysel olarak pBAD plazmidi içerisinde bulunan klon-38 cDNAsı E. coli'ye transforme edilerek antibiyotikli besi ortamında seçildi, palzmid izole edildi ve EcoRI ve Xhol DNA kesim enzimleri ile kesilerek analizi yapıldı. ANAHTAR KELİMELER: Aston, eozinofil, IL5R, biyoinformatik, transformasyon
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Master Thesis CHARACTERIZATION OF NEW INTRACELLULAR SIGNALING MOLECULE CLONED IN THE YEAST TWO-HYBRID SYSTEM Lokman VARIŞLI Harran University Graduate School of Natural and Applied Sciences Depertmant of Biology Supervisor: Assist Prof. Dr. Osman ÇEN Year: 2005, Page: 68 This study is on in silico (bioinformatical) characterization of a 1,6 kbp cDNA (clone-38) initially cloned as an IL-5 receptor alpha (IL-5Roc) interaction molecule in the yeast two-hybrid system. Its gene in the Genebank, chromosomal location and gene structure has been defined. The mRNAs expressed from this gene and their open reading frames (ORF) and their protein products, their cellular distribution, seconder structure, and the functional domains were investigated. In addition, the transmembrane regions and the post-translational modifications were also searched. The results show that the gene is located on the human chromosome 2 and predicted to transcribe four alternatively spliced mRNAs. The proteins are predicted to belong to the G-protein coupled receptors. They are mainly in random coil and alpha helix structures transpass the membrane 5-6 times and show some of the post-translational modifications such as phosphorylation, glycosylation, and myristoylation. As a result, it is suspected to be involved in both in IL-5R and G-protein coupled receptor signaling. If so, it may prove to be an important theraputic target Experimentally, the cDNA of clone-38 in pBAD plasmid was transformed into E. coli, selected on media containing ampicillin. Then plasmid was purified and analyzed with the EcoRI and Xhol restriction digesiton. KEY WORDS: Asthma, eosinophil, IL-5R, bioinformatics, transformation 11
Benzer Tezler
- Modeling of potato ADP-glucose pyrophosphorylase
Patates ADP-glukoz pirofosforilaz enziminin modellenmesi
AYTUĞ TUNÇEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Identification of interaction between septin3 and p60-katanin (KATNA1) proteins
Septin3 ve p60-katanin (KATNA1) proteinlerinin etkileşiminin aydınlatılması
BURCU SUCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Identification of katanin p60 interacting proteins
Katanin p60 proteini ile etkileşen proteinlerin belirlenmesi
DUYGU ESEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Analysis of the function of the nuclear matrix-associated protein C1D
Nükleer matriks proteini C1D'nin fonksiyonunun incelenmesi
BİLADA BİLİCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR YAVUZER
- Yeni bir hücre-içi sinyalizasyon molekülünün karakterizasyonu
Characterization of new intracellular signaling molecule
ÖZEN DEMİRKAN
