Identification of katanin p60 interacting proteins
Katanin p60 proteini ile etkileşen proteinlerin belirlenmesi
- Tez No: 246801
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Katanin mikrotubul kesme özelliği ile hücre iskeleti dinamiğinde önemli görevlere sahiptir. Uzun mikrotubuller hareketsiz iken katanin tarafından kesilip küçük parçalara ayrılan mikrotubuller hareketlilik kazanırlar ve böylelikle hücre iskeleti organizasyonlarına katılabilirler. Bu kısa ve hareketli mikrotubuller, yeni nörit oluşumunda kullanılmaları bakımından özellikle nöronlar için son derece önemlidirler. Katanin, p60 katalitik ve p80 düzenleyici olmak üzere iki alt birime sahiptir. p60, p80 tarafından yönlendirildiği sentrozomlarda altılı bir yapı oluşturup, ATP hidroliziyle mikrotubulu keser. Ancak katanin p60 alt biriminin p80 alt biriminden farklı bir protein ile etkileşimi henüz gösterilmemiştir. Bu nedenle çalışmanın amacı katanin p60 ile etkileşime giren proteinlerin aydınlatılması olarak belirlenmiştir. Yeni protein etkileşimlerinin aydınlatılması için cDNA havuz çalışmalarında kullanılabilecek en iyi yöntem olan maya ikili hibrid sistemi kullanılmıştır. Etkileşime girecek olan proteinler insan embriyonik beyin cDNA kütüphanesinden seçilmiştir. Katanin p60 geni işaretçi gen transkripsiyon faktörünün DNA dizisine bağlandığı alt birimle birleştirilmiştir. P60'ın etkileşebileceği olası genleri içeren kütüphane de transkripsiyon faktörünün aktivasyon alt birimiyle birleştirilmiştir. Her bir plazmid farklı çiftleşme tipine sahip mayalara (S. cerevisiae) yerleştirildikten sonra bu suşların çiftleşmesi sağlanmıştır. Oluşan diploit mayalar, işaretçi genin aktivasyonu ile seçilmiştir. Mayaların çiftleşmesi sonucunda p60 ile etkileşen 22 proteinin etkileşimi doğrulanmıştır.Katanin mikrotubul kesme özelliği ile mikrotubul dinamiği ve hücre iskeleti oluşumunda önemlidir. Bu sebeple katanin p60 ile etkileşime giren proteinlerin aydınlatılması, kataninin bu proteinlerle etkileşmesi sonucu sinir hücresi içindeki olası diğer rollerinin ortaya çıkartılması açısından sinir bilimi literatürü için çok önemlidir.
Özet (Çeviri)
Katanin has important functions in cytoskeletal dynamics through its microtubule severing activity. Long microtubules are stationary, whereas short microtubule fragments severed via katanin achieve motility and could contribute into cytoskeletal organizations. These short and motile microtubules are especially essential for neuronal branching. Katanin protein consists of two domains; p60 catalytic domain and p80 regulatory domain. P80 directs p60 to the centrosomes where p60 forms hexameric structure and severs microtubule by ATP hydrolysis. Nevertheless, there is no identified interaction of katanin with any protein except p80. Thus, purpose of this study was to identify katanin p60 interacting proteins. In this study Yeast Two Hybrid System, which is the best method for detection of novel protein interactions from cDNA pool, was chosen for identification of new katanin p60 interacting proteins. ?Clontech Matchmaker Yeast Two Hybrid? kit was used for this study and new interacting proteins were selected from fetal human brain cDNA library. Katanin p60 gene was fused with DNA binding domain of transcription factor of reporter gene and cDNA library was fused with activation domain of the same transcription factor. Each fusion construct was inserted into different mating types of S. cerevisiae and strains were mated. Following mating, diploid yeast cells were selected through reporter gene activation. 22 new protein interactions were identified and confirmed.Katanin is a critical protein in microtubule dynamics and has roles in many important cellular activities. Therefore, elucidation of katanin p60 interacting proteins, revealing possible diverse roles of katanin in neurons through discovered interactions would provide significant data for neuroscience literature.
Benzer Tezler
- Identification of interaction between septin3 and p60-katanin (KATNA1) proteins
Septin3 ve p60-katanin (KATNA1) proteinlerinin etkileşiminin aydınlatılması
BURCU SUCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Transkripsiyon faktörü p53 tümör supressör proteininin p60-katanin (KATNA1) promotoru ile etkileşimi
Interaction between transcription factor p53 tumor suppressor and p60-katanin (KATNA1) promoter
MEHTAP KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Promoter elements analysis of katanin p80 gene
Katanin p80 geninin promotor elementlerinin analizi
GÜHER IŞIK CESUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Identification and characterization of chicken neuronal p80 katanin
Tavuk nöronal p80 kataninin tanımlanması ve karakterizasyonu
AYŞEGÜL YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
C17orf45 geninin proteinini belirleme ve snorNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi
VAHAP KAPIKIRAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON