Epigenetic regulation of cancer-testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesinin epigenetik denetlenmesi
- Tez No: 177153
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Kanser-testis (KT) genleri, çoğunlukla X kromozomu üzerinde yer alan, normal dokular içerisinde ideal olarak sadece spermatogonia, oogonia ve trofoblastta ve fakat birçok kanser türünde de, koordine olarak, ifade edilen gen ailelerinden oluşurlar. Hangi mekanizmaların kanserde tekrar çalışmalarına yol açtığı büyük ilgi odağı olduğu halde halen tam olarak bilinmemektedir. Epigenetik etmenler bu bağlamda ana denetleyiciler olarak ortaya çıkmaktadır. Promotor bölgesi seçici DNA demetilasyonunun KT ifadesiyle sıkıca bağlantılı olduğu çalışılan tüm örneklerde gösterilmiştir. Diğer yandan, tümör baskılayıcı genlerin (TBG) ise DNA'nın aşırı-metillenmesi sonucu kanserlerde ifade azalmasına uğradıkları bilinmektedir. Kanser-testis genlerinin tümör-özgün ifade artışına yol açan mekanizmaları izah edebilmek amacıyla, öncelikle bu iki ters işleyişin birbirine yakın olarak nasıl var olabildiğini anlamaya çalıştık. Bu amaçla Kanser Genomu Anatomi Projesi'nin SAGE ve EST kütüphanelerini tarayarak sekiz adet KT-komşusu X-bağlantılı varsayımsal tümör baskılayıcı gen belirledik. Geleneksel ve gerçek zamanlı PZR ile bu tarz iki genin, ALAS2 ve CDR1'in, ifadelerinin test edilen hemen bütün kanserlerde önemli ölçüde azaldığını ve başka üç genin ifadelerinin ise en az birkaç kanser türünde azaldığını tespit ettik. Bisülfit dizileme tekniğini kullanarak, bu varsayımsal TBGlerin promotor DNAlarının aşırı-metillenmesinin, genlerin ifade düzeyleriyle orantılı olduğunu da gösterdik.KT ve TBG genleri arasında yalıtkan elemanların olup olmadığını araştırdık, bu çalışmanın sonucunda konsensus bir yalıtım bölgesi olmadığını belirledik. Ne var ki, KT genlerinin X kromozomu boyunca, tersine tekrarlı DNA bölgeleri içinde yer almasını; kromozom yapısının KT ifadesi üzerinde denetleyici olabileceği olasılığı olarak önerdik. Biyokimyasal 3C yöntemini uygulayarak, NY-ESO-1 içeren tekrarlı DNA bölgesinin kromozom yapısının SK-LC-17 ve 5-Aza-2'-deoksisitidin ile muamele edilmiş HT29 hücre hatlarında değiştiğini gösterdik. Bu değişim aynı zamanda protein kodlamayan-RNA ve KT ifade seviyelerinin değişimiyle bağdaşıktır. Birçok KT geninin tersine tekrarlı DNA bölgeleri içerisinde yer aldığı bilindiğinden dolayı, sonuçlarımız genel bir KT epigenetik denetleme mekanizmasını ileri sürmektedir.?
Özet (Çeviri)
Cancer-testis (CT) genes are composed of mostly X-linked gene families that are widely expressed in cancer, in a coordinate manner, with ideally no expression in normal tissues except spermatogonia, oogonia and trophoblasts. Exact mechanisms reactivating their expression during carcinogenesis are not known yet. Epigenetic factors emerge as key controllers of CT expression. Selective DNA demethylation of the promoter regions of CT genes has been demonstrated to correlate closely with CT expression in all examples studied so far. Tumor-suppressor genes (TSGs), on the other hand, are known to be frequently down-regulated in cancer by hypermethylation of DNA. In order to elucidate mechanisms that could help explain tumor-specific CT gene up-regulation, we aimed to understand how these seemingly opposite effects could exist in close proximity. For this purpose, we identified eight CT-proximal X-linked putative TSGs (pTSGs) down-regulated in tumors, by screening the SAGE and EST libraries of the Cancer Genome Anatomy Project. By conventional and real-time RT-PCR, we verified that two such genes, ALAS2 and CDR1, were significantly down-regulated in almost all cancers tested, while three others were down-regulated at least in some cancers, and by bisulfite sequencing we demonstrated that the promoter DNA of these pTSGs were hyper-methylated in correlation with their expression levels.Our search for the presence of insulators between CT and TSG genes did not yield a consensus site. However, we hypothesized that the dynamic organization of CT genes into inverted repeats (identified by the Inverted Repeats Finder program) throughout the X chromosome could be a candidate regulator of CT expression. By using the chromosome conformation capture (3C) assay, we have shown the alteration in higher-order chromosomal structure of the CT gene NY-ESO-1-bearing inverted repeat region in SK-LC-17 as well as in 5-Aza-2?-deoxycytidine-treated HT29 cell lines, correlating with CT as well as ncRNA expression from within the repeat. As it is known that many CT genes are embedded in inverted repeats, our results suggest a general mechanism regarding epigenetic regulation of CT gene expression. ?
Benzer Tezler
- A novel role for 5-hmC in the regulation of cancer testis gene expression in cancer and mesenchymal to epithelial transition
Kanserde ve mezenkimalden epitele geciş sürecinde 5-hmC'nin kanser testis gen ifadesindeki özgün rolü
SİNEM YILMAZ ÖZCAN
Doktora
İngilizce
2014
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- An SSX4 knock-in cell line model and in silico analysis of gene expression data as two approaches for investigating mechanisms of cancer/testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesi mekanizmalarının araştırılması için iki yaklaşım: SSX4 model hücre hattının oluşturulması ve gen ifade verilerinin in silico analizi
DUYGU AKBAŞ AVCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
- Mechanisms of SSX gene expression regulation at the promoter level
SSX geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmalar
DERYA DÖNERTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Çeşitli hücre hatlarında Silimarinin epigenetik etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of epigenetic effect of Silymarin in various cell lines
YEŞİM KORKMAZ KASAP
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERKAN YURTCU
- Likit biyopsi ile elde edilen over kanseri kök hücrelerinde piRNA anlatım profili
piRNA expression profile in ovarian cancer stem cells obtained by liquid biopsy
ECE GÜMÜŞOĞLU ACAR
Doktora
Türkçe
2023
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL