Mechanisms of SSX gene expression regulation at the promoter level
SSX geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmalar
- Tez No: 246607
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Kanser Testis (KT) antijen genleri spermatogonya, oogonya ve trofoblast haricindeki yetişkin dokularında ifade edilmeyen genlerdir. İfade edilimdeki bu sıkı düzenleme birçok kanser türünde tersine dönerek KT genlerinin yeniden ifade edilmesine yol açar. KT genleri eşgüdümlü olarak ifade edilir ve ifadeleri epigenetik etmenler tarafından düzenlenir. KT genlerinin kanserlerde yeniden ifade edilmesinin altında yatan neden promotor bölgelerinin özel olarak hipometilasyona uğramasıdır. Bu olaya yol açan mekanizmalar bilinmemektedir.Bu tezin asıl amacı KT geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmaları açığa çıkartmaktı. Bu amaçla tipik bir KT geni olan ve çift taraflı bir promotora sahip olduğu bilinen SSX4 geni model olarak seçildi. Bu bağlamda, anlamlı (sense) ve anlamsız (antisense) promotor aktivitelerinden sorumlu en küçük DNA dizilerini karakterize ettik ve 40 baz çiftini kapsayan bir bölgede çift yönlü ve örtüşen bir promotor ortaya çıkardık. Anlamsız promotor aktivitesinin anlamlı promotor aktivitesini nasıl baskıladığını anlayabilmek için, bir vektör yapısında her iki promotor için farklı birer haberci gen kullandık. Ölçülebilen anlamsız promotor aktivitesinin, vektör yapısına anlamlı promotorun aktivitesini ölçen haberci genini eklediğimizde önemli ölçüde azaldığını gözlemledik.Canlı dokularda SSX4 geninin anlamsız promotor aktivitesi, komşu ornitine aminotransferaza benzer yalancı-gen bölgesi üzerinden bir kodlamayan transkript ifade edebilme kapasitesine sahiptir fakat bu transkript ifadesi bu çalışmada onaylanamamıştır. Yazılım karışması ya da küçük çift dizili RNA (dsRNA) oluşumunun SSX4 geni ifadesinin düzenlenmesindeki muhtemel etkileri, bulunan veriler bağlamında ele alınmış ve tartışılmıştır. Ayrıca, DICER geninin bağlı olduğu mekanizmaların KT genleri ifadesinin düzenlenmesine etkisi, DICER geninin azaltarak düzenlendiği deneylerin sonuçları üzerinden tartışılmıştır.
Özet (Çeviri)
Cancer Testis (CT) Antigen Genes are not transcribed in any of the adult tissues except spermatogonia, oogonia and trophoblasts. This tight regulation of expression is reversed resulting in the reactivation of CT transcription in a wide variety of cancers. CT genes are coordinately expressed and known to be regulated epigenetically. CT genes are reactivated in cancers by a mechanism that leads to the specific hypomethylation of their promoter-proximal sequences. The mechanisms leading to this phenomenon are unknown.The main objective of this thesis was to further unravel the mechanisms regulating CT gene expression at the promoter level. For this purpose, SSX4 ,a typical CT-X gene known to be under the control of a bidirectional promoter, was chosen as a model. We characterized the minimal critical sequences controlling the sense and antisense promoter and discovered a bidirectional promoter with overlapping promoter activities within a 40 bp region. To study how the antisense promoter could mediate sense promoter repression and vice versa, we used two different reporter genes for each of the promoters in a single construct and found that measurable antisense promoter activity was dramatically reduced upon the introduction of a reporter for the sense promoter.The SSX4 antisense promoter is capable of producing a noncoding transcript from the neighboring ornitine aminotransferase-like pseudogene in vivo. This, however, wasn?t confirmed in this study. The possibility of transcriptional interference or the production of a small dsRNA that could affect the regulation of SSX4 gene expression is discussed in the context of the data. Results from experiments where the down-regulation of DICER was studied as a mechanism that could influence CT gene expression are also discussed
Benzer Tezler
- Seri bağlı geri devirli aktif çamur sistemlerinde biyolojik kalıcı ürün oluşumunun modellenmesi
Modelling of biological microbial product formation in activated sludge systems in series with recycle
FEHİMAN ÇİNER
- The problem of the water-energy nexus in the Aral sea basin: Identifying feasible political-economıc solutions
Aral gölü havzasında su-enerji bağlantısı: Uygunalanabilir siyasi ve iktisadi çözümlerin tanımlaması
BULAT MUBARAKSHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Enerjiİzmir Ekonomi ÜniversitesiSürdürülebilir Enerji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EFE BİRESSELİOĞLU
- Sıkıştırılabilir 3-boyutlu dönen-disk akışındaki kararsızlık mekanizmaları
Mechanisms of instability in compressible 3-dimensional rotating-disk flow
NİHAN UYGUN
Doktora
Türkçe
2006
MatematikHacettepe ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MUSTAFA TÜRKYILMAZOGLU
- Poliansature fosfatidilkolinin (PFK) stres ülser gelişimini engellemedeki etkinlik mekanizmaları
Mechanisms of gastroprotaction by polyunsaturated phosphatidylcholine pretreatment against experimentally induced stress ulcer in rats
NECLA GÜRBÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Cerrahisiİnönü ÜniversitesiÇocuk Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. SAVAŞ DEMİRBİLEK
- Mechanisms of uneven and combined development: A critical realist approach to the socio-political transformation in Syria and Libya
Eşitsiz ve bileşik kalkınmanın mekanizmaları: Suriye ve Libya'daki sosyo-politik dönüşüme eleştirel gerçekçi bir yaklaşım
HİKMET MENGÜASLAN
Doktora
İngilizce
2020
Uluslararası İlişkilerOrta Doğu Teknik ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FARUK YALVAÇ