HANEIN-1, a novel conserved eukaryotic protein ubiquitously expressed in human tissues
HANEIN-1, tüm insan dokularında ifadesi görülen korunmuş yeni bir ökaryotik protein
- Tez No: 177190
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UYGAR H. TAZEBAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Fonksiyonel analiz, Functional analysis
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
HANEIN-1 Na+/I- simporter geninin 3' regulasyon elementleri araştırılırken keşfedilen yeni bir gendir. Bu yeni protein bütün ökaryot canlılarda korunmakla birlikte, bilinen hiçbir proteinle ortak işlevsel bölgelere sahip değildir. Veritabanlarında kıvrım-kıvrım (coiled-coil) bölge içeren-124 hipotetik proteini olarak tanımlanmakta ve 223 amino asit içeren bir protein olduğu tahmin edilmektedir. Bu projededeki amaç HANEIN-1 proteinini çeşitli biyoinformatik ve biyokimyasal analiz yöntemleriyle karakterize etmekti. HANEIN-1 proteinin amino acid dizi benzerliği analizi, bu proteinin memelilerde %75, böcek ve nematodlarda ise % 50 oranında korunduğunu gösterdi. Gen ifade analiz yöntemleri ile HANEIN-1 ifadesinin en fazla iskelet kasında olduğu tespit edildi. Bunun yanı sıra, northern blot analizi ile HANEIN-1 transcript büyüklüğü yaklaşık 1000 bp olarak belirlendi. Western blot tekniği ile protein düzeyinde yapılan çalışmalar, HANEIN-1 geninin 33 kDa büyüklüğünde bir proteini kodladığını ve proteini N-son ucu ve C-son ucu Flag epitopu ile işaretlemenin protein stabilitesini farklı şekilde etkilediğini gösterdi. Laboratuvarımızda yapılan maya ikili-hibrid deneyleriyle, HANEIN-1 proteinin henüz tam olarak karakterize edilmemiş, bir guanin nükleotit değişim faktörü (Guanine Exchange Factor) olan RASGEF1B proteiniyle etkileştiği bulunmuştur. Gen ifade analizleri RASGEF1B ve HANEIN-1 ifade profilleri arasında ters bir bağlantı olduğunu göstermiştir. Son olarak, serin-tarayıcı mutasyon analizleriyle, 194. konumdaki serin mutasyonunun protein stabilitesini önemli ölçüde değiştirdiği saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
HANEIN-1 was first identified in a study investigating 3? transcriptional regulatory elements of the Na+/I- symporter gene. The protein is highly conserved among eukaryotes and bears no domain similarities with any known proteins. In databases, it is described as coiled coil containing-124 hypothetical protein and predicted to encode a 223 amino acid-protein. In this project, our aim was to characterize this highly conserved protein by using several bioinformatics and biochemical methodologies. Sequence similarity search analysis showed that it had around 75% identity in mammals, 50% identity with insects and nematodes. Expressional analysis revealed that HANEIN-1 was expressed in all tissues ubiquitously with a remarkable expression status in skeletal muscle. Beside providing information about expression status of HANEIN-1, northern blotting showed that HANEIN-1 transcript size was approximately 1000 bp. Regarding protein level expression, western blotting revealed that HANEIN-1 encoded a 33 kDa protein and protein stability was affected in a different way upon labeling with Flag epitope at N-ter and C-ter. Yeast double hybrid screening performed in our laboratory showed that HANEIN-1 interacted with RASGEF1B, which was a guanine nucleotide exchange factor not fully characterized. Expressional analysis displayed that RASGEF1B expression profile inversely correlated with HANEIN-1. Finally, serine-scanning mutagenesis analysis showed that site-directed mutagenesis of serine at position 194 significantly affected the stability of the protein.
Benzer Tezler
- Investigation of helicobacter pylori virulence genes and t-cell responses in pediatric gastritis patients
Pediatrik gastrit hastalarında helikobakter pylori virülans genleri ve t-hücre cevaplarının araştırılması
NİRAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM ÖKTEM OKULLU
- Afet sonrası durumlarda yenilenebilir enerji kaynakları ve elektrikli taşıtların kullanıldığı tüketim merkezleri için enerji yönetim sistemi geliştirilmesi
Development of energy management system for load centers with renewable energy resources and electric vehicles in post-disaster situations
ALPER KAĞAN CANDAN
Doktora
Türkçe
2024
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiManisa Celal Bayar ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVZAT ONAT
DOÇ. DR. ALİ RIFAT BOYNUEĞRİ
- Identification of novel PARP1 inhibitors based on structural similarities of FDA approved drugs
FDA onaylı ilaçların yapısal benzerliklerine dayalı yeni PARP1 inhibitörlerinin tanımlanması
HANEEN AMMURI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- İlyas Esenberlin'in Altın Orda (1. Cilt) adlı eserinin Kazak Türkçesi'nden Türkiye Türkçesi'ne çevirisi ve dil incelemesi
Altın Orda, wriitten by İlyas Esenberlin, is the traslation from Kazakh to Turkish and linguistic analysis
MEHMET ALİ ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
DilbilimOrdu ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL DOĞAN
- Multivariate analysis of household consumption expenditure patterns: A comparative study based on Iraq household budget data
Hane halkı tüketim harcama kalıplarının çok değişkenli analizi: Irak hane halkı bütçe verileri üzerine karşılaştırmalı bir çalışma
AHMED SAMI AHMED
Doktora
İngilizce
2020
BiyomühendislikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. CUMA AKBAY