Molecular identification and typing of Lactobacillus delbrueckii subspecies Bulgaricus and Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii alt tür Bulgaricus ve Streptococcus thermophilus moleküler tanıları ve tiplendirilmeleri
- Tez No: 177508
- Danışmanlar: DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 161
Özet
Süt, et ve sebze gibi gıda ürünlerinin muhafaza edilmesinde laktik asit bakterilerinden faydalanılmaktadır. Yoghurt; S. thermophilus ve L. delbrueckii alttür bulgaricus starter kültürlerinin birikte çalışması sonucunda üretilmektedir. Bu çalışmada, yoğurt starter bakterilerinin tanımlandırılması ve tiplendirilmesi hedeflenmiştir. PZR bazlı metodlar kullanılarak Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden toplanan geleneksel ev yapımı yoğurt örneklerinden izole edilen bakteriler tür ve alttür seviyesinde tanımlanmış ve suş seviyesinde tiplendirilmiştir.Bu çalışmada yoğurt starter bakterilerinin tanımlanması amacıyla literatürden elde edilen türe özel primerler ve ARDRA kullanılmıştır. Ancak yoğurt starter bakterilerinin tanımlanmasında bu metodların tür ve alttür seviyesinde yetersiz oldukları saptanmıştır. Sonuç olarak yoğurt starter bakterilerinin doğru tanımlanması için güvenilir ve hızlı bir metod geliştirilmiştir. Yeni metod metiyonin biyosentezi geninin amplifikasyonunu hedefleyerek yoğurt starter ve bazı peynir starter bakterilerinin seçici tanısını sağlamaktadır. ARDRA kullanılarak yoğurt ve peynir starter bakterileri arasında daha ileri düzeyde ayrım yapılabilmiştir. Önerilen metodun doğruluğu 16S rRNA geninin kısmi dizileme sonuçlarıyla kanıtlanmıştır.Starter bakterilerinin doğru tanımlanması sağlandıktan sonra RAPD-PZR ve MLST kullanılarak suş düzeyinde tiplendirme yapılmıştır. 1254 primeriyle yapılan RAPD-PZR M13 primeriyle yapılan çalışmalara göre suş seviyesinde daha iyi parmakizi sonuçları vermiştir. İki tiplendirme metodunun kıyaslanması sonucunda RAPD-PZR'nin suş çeşitliliğini ortaya çıkarmakta MLST'den daha iyi sonuç verdiği görülmüştür. Ancak, MLST'nin daha güçlü ve güvenilir bir metod olduğu ve suşların gruplandırılmasını izolasyon kaynağına göre gerçekleştirdiği saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Lactic acid bacteria are associated with preservation of foods, including milk, meat and vegetables. Yoghurt is produced by the cooperative action of two starter bacteria; S. thermophilus and L. delbrueckii subsp. bulgaricus. In this study, identification and typing of yoghurt starter bacteria were aimed. Traditional home made yoghurts were collected from different areas of Turkey, identification of those isolates at species and subspecies level and typing at strain level were achieved using PCR based methods.In our study, identification of yogurt starter bacteria was studied using species specific primers and ARDRA. These methods were inefficient in identification of yoghurt starter bacteria, at species and subspecies level. Consequently, a reliable and quick method for accurate identification of yoghurt starter bacteria was developed. The new method focuses on amplification of methionine biosynthesis genes, for selective identification of yoghurt starter bacteria together with some cheese starters. Further discrimination by ARDRA enabled differentiation of yoghurt starter bacteria from cheese starters. Confirmation of the proposed method has been accomplished by partial sequencing of the 16S rRNA gene.After correct identification of starter bacteria had been achieved, the strains were typed at strain level using RAPD-PCR and MLST. RAPD-PCR with primer 1254 resulted better fingerprints, compared to primer M13 at strain level. Comparisons of the two typing methods showed that RAPD-PCR revealed strain diversity better than MLST, however MLST was a more robust and reliable method and resulted in clustering of the strains depending on the isolation source.
Benzer Tezler
- Geleneksel yoğurtlardan izole edilen streptococcus thermophilus ve lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus izolatlarının moleküler tanımlanması ve endüstriyel öneme sahip özelliklerinin araştırılması
Molecular identification and investigation of industrial importance of streptococcus thermophilus and lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus isolates isolated from traditional yoghurts
MELİKE VURMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiBayburt ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENES DERTLİ
- PCR-based typing studies on Lactobacillus plantarum strains
Lactobacillus plantarum suşlarında PCR esaslı tiplendirme çalışmaları
FİLİZ DEDE
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL
PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
- Türkiye'de saptanan infeksiyöz bursal hastalığı virus suşlarının RFLP ile moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of infectious bursal disease virus trains detected in Turkey by RFLP
BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
Doktora
Türkçe
2003
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜJGAN İZGÜR
- Myroides cinsi izolatların tanımlanması ve moleküler tiplendirmesi
Identification and molecular typing of myroides isolates isolated in OUR laboratory
TUBA ELTİMUR KARATOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER AKÇALI
- Koyun, sığır ve tavuk sakadatlarında Campylobacter spp. varlığı, izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları ve klonal ilişkilerin belirlenmesi
Presence of Campylobacter spp. in sheep, cattle and chicken giblets, the determination of antibiotic susceptibilities and clonal proximities of the isolates
ESRA NUR ÖZYÜREK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY