Geri Dön

Characterization and functional analysis of a novel multicopper oxidase and associated polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus

Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin fonksiyonel analizi ve karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 177507
  2. Yazar: BANU METİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL, PROF. DR. UFUK BAKIR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Microbiology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Aspergillus fumigatus, tripasidin, monometilsulokrin, poliketit sentaz, monometilsulokrin oksidaz, Aspergillus fumigatus, trypacidin, monomethylsulochrin, polyketide synthase, monomethylsulochrin oxidase
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalısmada, Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi gerçeklestirilmistir. Dizilimi yeni açıklanan A. fumigatus genomunun melanin biyosentezinde ve detoksifikasyonda rol oynadıgı bilinen lakkazlar yönünden analizi, çesitli olası lakkaz ve çoklu bakır oksidaz gen dizilimlerinin bulunmasıyla sonuçlanmıs; bunlardan bir tanesi, Afu4g14490 (tpnJ), daha detaylı karakterizasyon için seçilmistir. TpnJp'nin tahmin edilen amino asit dizilimi, A. terreus'un bir antifungal olan geodinin biyosentezinde rol alan dihidrogeodin oksidazında % 63 benzerlik göstermistir. Genomda tpnJ'nin bulundugu alan incelendiginde, tripasidin ve monometilsulokrin biyosentezinde görev aldıgı düsünülen, 13 genlik bir poliketit gen kümesini tespit edilmistir. Karsılastırmalı genomic bir yaklasımla, A. terreus'ta, dihidrogeodin oksidazı da içeren, 13 genlik bir olası geodin biyosentez gen kümesi, N. fischeri'de de yine 13 genlik bir olası tripasidin gen kümesi saptanmıstır. Poliketit sentaz (tpnC) and çoklu bakır oksidaz (tpnJ) genlerinin hedefli yokedilmeleri, üç domainli minimal bir yapıya sahip olan TpnCp'nin tripasidin ve monometilsulokrin biyosentezinde rol aldıgı hipotezini dogrulamıstır. TpnCp, fonksiyonel rolü deneysel olarak açıga kavusturulmus ilk fungal minimal poliketit sentazdır. Ayrıca, DtpnJ susunun LC-MS analizi sonucunda tripasidin üretiminin yok olması ve monometilsulokrinin daha fazla üretildigininin saptanması, TpnJp'nin monometilsulokrinin tripasidine oksidasyonunda görev aldıgını dogrulamıstır. Bu yeni çoklu bakır oksidaza, yüksek bir sübstrat spesifisitesine sahip gözüktügünden monometilsulokrin oksidaz ismi verilmistir.

Özet (Çeviri)

In this study, novel polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus was characterized and functionally analyzed. Analysis of the newly sequenced A. fumigatus genome for laccases, which are involved in melanin biosynthesis and detoxification in fungi, resulted in several putative laccase and multicopper oxidase gene sequences, one of which, Afu4g14490 (tpnJ), was selected for further characterization. The predicted amino acid sequence TpnJp showed 63% identity with the dihydrogeodin oxidase of Aspergillus terreus, which is involved in the biosynthesis of the antifungal geodin. When the genome region of tpnJ was investigated, the presence of a polyketide biosynthesis gene cluster containing 13 genes, hypothesized to be responsible for the production of trypacidin and monomethylsulochrin, was realized. By a comparative genomics approach, a putative geodin biosynthesis gene cluster containing 13 genes, including dihydrogeodin oxidase, in A. terreus and a putative trypacidin biosynthesis gene cluster containing 13 genes in N. fischeri were established. Targeted deletions of the polyketide synthase (tpnC) and multicopper oxidase (tpnJ) genes confirmed the hypothesis that TpnCp, a three-domain minimal polyketide synthase, is involved in trypacidin and monomethylsulochrin biosynthesis in A. fumigatus. TpnCp is the first fungal minimal polyketide synthase whose functional role was experimentally identified. Moreover, the fact that LC-MS analysis of DtpnJ strain showed the absence of trypacidin and the presence of a higher amount of monomethylsulochrin in DtpnJ strain, confirmed the hypothesis that TpnJp is involved in the oxidation of monomethylsulochrin into trypacidin. This novel multicopper oxidase having high substrate specificity is given the name monomethylsulochrin oxidase.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    140241

    Structural and functional analysis of Henry James`s novel the portrait of a lady with a comparison of jane campion`s adaptation of the novel

    Henry James`in romanı ve vir kadının portresinin yapısal ve fonksiyonel analizinin Jane Campion`ın film adaptasyonuyla karşılaştırılması

    HATİCE ÇELEBİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    İngiliz Dili ve EdebiyatıOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURSEL İÇÖZ

  2. Tez No

    29772

    Azot üzerinde işlevsel grup taşıyan tetraaminoalkenler ve bunlardan türeyen karben kompleksleri

    Başlık çevirisi yok

    İSMAİL ÖZDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Kimyaİnönü Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. BEKİR ÇETİNKAYA

  3. Tez No

    136068

    UV-ışınları ile sertleşebilen akrilat/vinil eter bazlı iç içe girmiş polimerik ağ yapıların (IPN) sentezi ve karakterizasyonu

    Synthesis and characterization of UV-curable interpenetrating polymer networks (IPNs) based on acrylate/vinylether functionalized urethane oligomers

    RAMAZAN DEMİRCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    KimyaMarmara Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA GÜNGÖR

    DOÇ. DR. NİLHAN KAYAMAN APOHAN

  4. Tez No

    166635

    Synthesis and characterization of various macromolecular architectures by using combined controlled and photoiniated polymerization methods

    Kontrollü ve fotokimyasal polimerizasyon yöntemleri birlikte kullanılarak çeşitli makromoleküler yapıların sentezi ve karakterizasyonu

    ALİ EKREM MÜFTÜOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. YUSUF YAĞCI

  5. Tez No

    172083

    Structure and multimerization effects of inorganic binding peptides: Phage display selected Pt binders as a case study

    Anorganiklere bağlanan peptitlere yapısal ve çoklu tekrarların etkisi: Örnek çalışma olarak faj gösterim yoluyla seçilmiş platinyuma bağlanan peptit

    SİBEL ÇETİNEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. CANDAN TAMERLER

    Y.DOÇ.DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

Geri Dön