Geri Dön

Characterization and functional analysis of a novel multicopper oxidase and associated polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus

Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin fonksiyonel analizi ve karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 177507
  2. Yazar: BANU METİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL, PROF. DR. UFUK BAKIR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Microbiology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Aspergillus fumigatus, tripasidin, monometilsulokrin, poliketit sentaz, monometilsulokrin oksidaz, Aspergillus fumigatus, trypacidin, monomethylsulochrin, polyketide synthase, monomethylsulochrin oxidase
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 174

Özet

Bu çalısmada, Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi gerçeklestirilmistir. Dizilimi yeni açıklanan A. fumigatus genomunun melanin biyosentezinde ve detoksifikasyonda rol oynadıgı bilinen lakkazlar yönünden analizi, çesitli olası lakkaz ve çoklu bakır oksidaz gen dizilimlerinin bulunmasıyla sonuçlanmıs; bunlardan bir tanesi, Afu4g14490 (tpnJ), daha detaylı karakterizasyon için seçilmistir. TpnJp'nin tahmin edilen amino asit dizilimi, A. terreus'un bir antifungal olan geodinin biyosentezinde rol alan dihidrogeodin oksidazında % 63 benzerlik göstermistir. Genomda tpnJ'nin bulundugu alan incelendiginde, tripasidin ve monometilsulokrin biyosentezinde görev aldıgı düsünülen, 13 genlik bir poliketit gen kümesini tespit edilmistir. Karsılastırmalı genomic bir yaklasımla, A. terreus'ta, dihidrogeodin oksidazı da içeren, 13 genlik bir olası geodin biyosentez gen kümesi, N. fischeri'de de yine 13 genlik bir olası tripasidin gen kümesi saptanmıstır. Poliketit sentaz (tpnC) and çoklu bakır oksidaz (tpnJ) genlerinin hedefli yokedilmeleri, üç domainli minimal bir yapıya sahip olan TpnCp'nin tripasidin ve monometilsulokrin biyosentezinde rol aldıgı hipotezini dogrulamıstır. TpnCp, fonksiyonel rolü deneysel olarak açıga kavusturulmus ilk fungal minimal poliketit sentazdır. Ayrıca, DtpnJ susunun LC-MS analizi sonucunda tripasidin üretiminin yok olması ve monometilsulokrinin daha fazla üretildigininin saptanması, TpnJp'nin monometilsulokrinin tripasidine oksidasyonunda görev aldıgını dogrulamıstır. Bu yeni çoklu bakır oksidaza, yüksek bir sübstrat spesifisitesine sahip gözüktügünden monometilsulokrin oksidaz ismi verilmistir.

Özet (Çeviri)

In this study, novel polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus was characterized and functionally analyzed. Analysis of the newly sequenced A. fumigatus genome for laccases, which are involved in melanin biosynthesis and detoxification in fungi, resulted in several putative laccase and multicopper oxidase gene sequences, one of which, Afu4g14490 (tpnJ), was selected for further characterization. The predicted amino acid sequence TpnJp showed 63% identity with the dihydrogeodin oxidase of Aspergillus terreus, which is involved in the biosynthesis of the antifungal geodin. When the genome region of tpnJ was investigated, the presence of a polyketide biosynthesis gene cluster containing 13 genes, hypothesized to be responsible for the production of trypacidin and monomethylsulochrin, was realized. By a comparative genomics approach, a putative geodin biosynthesis gene cluster containing 13 genes, including dihydrogeodin oxidase, in A. terreus and a putative trypacidin biosynthesis gene cluster containing 13 genes in N. fischeri were established. Targeted deletions of the polyketide synthase (tpnC) and multicopper oxidase (tpnJ) genes confirmed the hypothesis that TpnCp, a three-domain minimal polyketide synthase, is involved in trypacidin and monomethylsulochrin biosynthesis in A. fumigatus. TpnCp is the first fungal minimal polyketide synthase whose functional role was experimentally identified. Moreover, the fact that LC-MS analysis of DtpnJ strain showed the absence of trypacidin and the presence of a higher amount of monomethylsulochrin in DtpnJ strain, confirmed the hypothesis that TpnJp is involved in the oxidation of monomethylsulochrin into trypacidin. This novel multicopper oxidase having high substrate specificity is given the name monomethylsulochrin oxidase.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    255392

    Investigating the roles of micrornas in biotic stress responses and functional characterization of a novel ZTL-type F-box protein via virus induced gene silencing

    Mikrorna'ların biyotik stres koşullarındaki görevlerinin araştırılması ve yeni bir ZTL-tipi F-box proteininin vırüs indüklenmesi ile gen susturulması yöntemi ile fonksiyonel karakterizasyonu

    YASİN FATİH DAĞDAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA

  2. Tez No

    140241

    Structural and functional analysis of Henry James's novel the portrait of a lady with a comparison of jane campion's adaptation of the novel

    Henry James'in romanı ve vir kadının portresinin yapısal ve fonksiyonel analizinin Jane Campion'ın film adaptasyonuyla karşılaştırılması

    HATİCE ÇELEBİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    İngiliz Dili ve EdebiyatıOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURSEL İÇÖZ

  3. Tez No

    184147

    Cloning, characterization and expression of a novel metallothionein gene from triticum durum and theoretical and experimental structure-function relationship prediction

    Triticum durum'dan yeni bir melotionin geninin klonlanması karakterizasyonu ve gen anlatımı; ve teorik ve deneysel yapı-fonksiyon ilişki tahmini

    KIVANÇ BİLECEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS

  4. Tez No

    338922

    Characterization of a novel R7-specific gene in the drosophila visual system

    Fotoalmaç-7 hücresine spesifik özgün genin sirke sineği görme sisteminde karakterizasyonu

    GÜNER KAÇMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS

  5. Tez No

    377251

    Glukoz analizi için polimer esaslı optik sensör geliştirilmesi

    Development of photopolymerized fluorescence sensor for glucose analysis

    PINAR PARLATICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    KimyaMarmara Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ECE KÖK YETİMOĞLU

    DR. SONER ÇUBUK

Geri Dön