Antepfıstığında mikrosatellit primerlerin geliştirilmesi ve diğer Pistacia türlerinde kullanılma durumlarının belirlenmesi
Development of microsatellite markers in pistachio and their transferability to other Pistacia species
- Tez No: 178065
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Bu çalışmada Siirt çeşidi DNA'sı kullanılarak `CA', `GA', `AAC' ve `AAG' motifleri ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Her bir kütüphaneden 57 klon olmak üzere toplam 228 klonun sekansı yaptırılmıştır. Sekansı yapılan 228 klondan 68 adedinin duplike klonlar olduğu, geriye kalan 160 klondan da 94 adedinin tekrar dizisi içerdiği, bunlardan 5 adedinin ise 2 tekrar dizisi içerdiği saptanmıştır. Böylece 99 tekrar dizisinin bulunduğu bölgeler için primer dizaynı yapılmaya çalışılmış ve sonuçta 84 çift primer dizayn edilmiştir. Sonuç olarak sekansı yapılan 228 klonun %36.8'inin primere dönüştüğü tespit edilmiştir. Bant üretme bakımından test edilen 84 primerden de 59 adet primer çiftinin (%70.2) bant verdiği saptanmıştır. Geliştirilen 59 primer arasından 13 primer çifti 12 Pistacia türüne ait olan 46 genotipin karakterizasyonunda kullanılmıştır. Toplam 169 adet allel elde edilmiş ve bunların 165 adedi polimorfik bulunmuştur. Primer başına düşen toplam allel sayısı ortalaması 13.0, primer başına düşen polimorfik allel sayısı ortalaması ise 12.7 olarak bulunmuştur. 13 SSR primerinin ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) 0.905, toplam ayırma gücü (AG) ise 5.39 olarak bulunmuştur. Pistacia genotipleri arasındaki Jaccard indeksine göre, antepfıstığı genotipleri arasındaki genetik benzerlik indeksi 0.08?0.98 arasında değişmiştir. 46 adet genotip arasında genetik benzerlik açısından birbirine en yakın çeşitlerin Ketengömlek ile Kırmızı (0.98) ve Hacireşo ile Siirt (0.98), en uzak genotiplerin ise PM-0104 ile Uzun (0.08), PM-0104 ile Ashoury (0.08) ve PTX-0292 ile Ashoury (0.08) olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, genomic libraries enriched with the repeats of `CA?, `GA?, `AAC? and `AAG? were developed by using DNA of pistachio cultivar `Siirt?. Selecting 57 clones from each library, a total of 228 clones were sequenced. Sixty-eight of these were duplicates, while 94 contained repeatative sequences and five contained duplicate sequences. Thus, primer development studies were attempted for the regions containing 99 repeatative sequences. Finally, eighty-four primer combinations were successfully designed. Among the sequenced clones, 36.8% of them generated primers. Among 84 primers tested, 59 generated (70.2%) bands. Among 59 primers generated, 13 primers were used to characterize 46 Pistacia genotypes belong to the 12 species. A total of 169 allelles were generated of which 165 were polymorphic. Average allel number per primer was 13.0, while average polymorphic allel number per primer was 12.7. Mean polymorphism information content of 13 primers were 0.905, while total resolving power was 5.39. According to Jaccard index beween 46 Pistacia genotypes changed from 0.08 to 0.98. The closest genotypes were `Ketengömlek? ? `Kırmızı? (0.98), and `Hacıreşo?- `Siirt? (0.98), while `PM-0104?- `Uzun? (0.08), `PM-0104?- `Ashoury? (0.08) and `PTX-0292?- `Ashoury? (0.08) were the most distant ones.
Benzer Tezler
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı biyokimyasal parametreler ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related to some biochemical parameters using association mapping method in pistachio (Pistacia vera L.)
GÖZDE NOGAY
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) bazı anaç adaylarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some rootstock candidates in pistachio (Pistacia vera L.)
MEHMET ALPER SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Antepfıstığında meyve gözü dökümleri ile ilgili mekanizmanın belirlenmesi
Determination of mechanism of bud abscission in pistachio
MUHAMMET ALİ GÜNDEŞLİ
Doktora
Türkçe
2017
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- Antepfıstığında (P. vera L.) anaç cinsiyetinin çöğür büyümesi ve gelişmesi üzerine etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of rootstock sex on scion growth and development in pistachio (P. vera L.)
ŞİRİN VEREL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Antepfıstığında ( P. vera L.) sakız salgısı (mastika) ile aşı tutumu arasındaki ilişkiler
Relation ship betweet buddings success and mastic resin in pistachio (P. vera L. )
YEŞİM OKAY