Yr10 buğday (Triticum aestivum L.) sarı pas (Puccinia striiformis) dayanıklılık geninin ekmeklik buğday çeşitlerinde taranması
Screening of Yr10 wheat (Triticum aestivum L.) yellow rust (Puccinia striiformis) resistance gene in bread wheat cultivars
- Tez No: 178198
- Danışmanlar: PROF.DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Bu çalısmada, yurdumuz kökenli ekmeklik buğday çesitlerinde, Puccinia striiformis mantarının neden olduğu sarı pas hastalığına dayanılıklık sağlayan Yr10 geni ve varyasyonlarını saptamayı amaçladık. Bugüne kadar bulunan sarı pas dayanıklılık genleri içinde yalnızca Yr10 geninin dizisi (Gen Bankası no: AF149112) bilinmektedir. Yr10 geninin 7 farklı ekmeklik buğday çesidinde varlığını arastırmak amacıyla Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanılmıstır. Birinci ekson bölgesinden tasarlanan E1 primer çifti (?leri 5' CTTGCTGGCGACCTGCTTA 3'; Geri 5' TGTTTCGCTCCACGCTGACT 3') ve ikinci ekson bölgesinden tasarlanan E2 primer çifti (?leri 5' TGGTAGTAGAGTAATCGCAACA 3'; Geri 5' TCTTCAGATTTGGAGGTAGG 3') ile tüm çesitlerde çoğaltım ürünleri olusturulmustur. ?kinci eksondan tasarlanan E2A primer çifti (?leri 5' TGGAAATGGATAGGCGAAGG 3'; Geri 5' AAATCAATGAAGCCGCAACC 3') ile 4 çesitte (P.I.178383, Altay2000, Aytın98 ve ES14) çoğaltım ürünü olusturulmasına karsın; 3 çesitte (Harmankaya99, ?zgi01 ve Sönmez2001) çoğaltım ürünü gözlenmemistir. E2 ileri ve E2A geri primerleri kullanılarak gerçeklestirilen PCR sonucunda, E2A geri primerinin 3 çesitte (Harmankaya99, ?zgi01 ve Sönmez2001) genomik DNA'ya bağlanamadığı gösterilmistir. E2 ileri ve E2A geri primerleri ile 4 çesitte elde edilen 1311 bç uzunluğundaki çoğaltım ürünleri ve E1 primer çifti ile 7 çesitte elde edilen 754 bç uzunluğundaki çoğaltım ürünlerinin dizi analizi gerçeklestirilmistir. Dizi analizi sonuçları ClustalW çoklu dizileme ?multiple alignment? programı kullanılarak değerlendirilmis ve benzerlik oranları çıkarılmıstır. Dizi farklılıkları ise Jalview programı kullanılarak gösterilmistir. Dizi analizi, birinci ekson bölgesi bakımından Yr10 genine en fazla benzeyen çesitlerin Altay2000 ve P.I.178383; ikinci ekson bölgesi bakımından Yr10 genine en fazla benzeyen çesidin ise P.I.178383 olduğunu göstermistir. Benzerlik oranları incelendiğinde, birinci ekson bölgesi bakımından Yr10 genine en az benzeyen çesitlerin Harmankaya99, ?zgi01 ve Sönmez2001 olusu göze çarpmaktadır. Bu çalısmadan elde edilen bulgular, (1) Yr10 geninin çalısmada kullanılan tüm çesitlerde var olduğunu; (2) çesitler arasındaki farklılığın ikinci ekson bölgesindeki varyasyonlardan kaynaklandığını ve (3) birinci eksonun ikinci eksona oranla daha korunmus olduğunu göstermektedir. Bu çalısma, PCR ve dizi analizi yöntemi kullanılarak Yr10 geninin varyasyonlarını saptama amacıyla gerçeklestirilmis ilk çalısma olup, elde edilen bulguların sarı pasa dayanıklı ve duyarlı çesitler arasındaki benzerliklerin saptanmasına katkı sağlayarak, ıslah çalısmalarına yardımcı olması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, we aimed to determine the presence and variations of the gene Yr10, which confers resistance to yellow rust caused by the fungus Puccinia striiformis, in Turkish bread wheat varieties. Among the yellow rust resistance genes only the sequence of Yr10 (GenBank no: AF149112) was released. Polymerase Chain Reaction (PCR) was used to determine the presence of Yr10 in 7 different bread wheat varieties. Amplification products obtained with E1 primer pair (Forward 5? CTTGCTGGCGACCTGCTTA 3?; Reverse 5? TGTTTCGCTCCACGCTGACT 3?) designed according to the sequence of the first exon and E2 primer pair (Forward 5? TGGTAGTAGAGTAATCGCAACA 3?; Reverse 5? TCTTCAGATTTGGAGGTAGG 3?) designed according to the sequence of the second exon, in all varieties. Amplification product was obtained in 4 varieties (P.I.178383, Altay2000, Aytın98 and ES14) using E2A primer pair (Forward 5? TGGAAATGGATAGGCGAAGG 3?; Reverse 5? AAATCAATGAAGCCGCAACC 3?) designed according to the sequence of the second exon. According to the results of PCR with E2 forward and E2A reverse primers, it was shown that E2A reverse primer could not anneal to genomic DNA in 3 varieties (Harmankaya99, ?zgi01 and Sönmez2001). 1311 bp PCR products of 4 varieties obtained using E2 forward and E2A reverse primers and 754 bp PCR products of 7 varieties obtained using E1 primer pair were subjected to sequence analysis. Examination of the sequencing results and the calculation of the similarity scores were carried out using ClustalW ?multiple sequence alignment program?. Jalview ?a multiple alignment editor? was used to visualize nucleotide sequence alignments. Sequence analysis showed that the varieties which is most similar to the first exon of Yr10 are Altay2000 and P.I.178383 and the variety which is most similar to the second exon of Yr10 is P.I.178383. It was observed that 3 varieties (Harmankaya99, ?zgi01 and Sönmez2001) are the least similar to the first exon of Yr10. The results obtained from this work indicate that (1) Yr10 gene is present in all of these varieties, (2) the divergence between the varieties is arised from the variations in the second exon and (3) the first exon is more conserved than the second exon. This is the first study carried out to examine the variations of Yr10 using PCR and sequence analysis. The results of this work will contribute to determine the divergence between resistant and susceptible varieties and will be helpful to breeding applications.
Benzer Tezler
- Assessment of genetic diversity in yellow rust disease resistant wheat (Triticum aestivum L.) genepool and gene expression analyses
Sarı pas hastalığına dayanıklı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) gen havuzunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve gen anlatım analizleri
TÜLİN TAŞCIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN
- Bazı makarnalık buğday (triticum durum desf.) çeşitlerinin sarı pas hastalığına karşı genotipik ve fenotipik olarak dayanıklılığının belirlenmesi
Determination of genotypic and phenotypic resistance of some durum wheat (triticum durum desf.) varieties against yellow rust disease
EMRE İPEK
- Puccinia striiformis f. sp. tritici aday patojen efektör geninin polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması ve klonlanması
Başlık çevirisi yok
NASİBE TEKİNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiAhi Evran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE ÖĞÜTÇÜ
PROF. DR. MAHİNUR SEZENER AKKAYA
- Determination of genes involved in yellow rust disease of wheat
Buğday sarı pas hastalığında rol alan genlerin saptanması
OSMAN BOZKURT
Doktora
İngilizce
2007
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Güneydoğu anadolu bölgesi buğday ekiliş alanlarında görülen sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) ırklarının tespiti, bazı buğday çeşit ve hatlarının klasik ve moleküler yöntemlerle dayanıklılık durumlarının belirlenmesi
Identification of yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) races in wheat cultivated areas of southeastern anatolia region in türki̇ye, determination of resistance of some wheat varieties and advanced lines using classical and molecular markirs
ŞEVKET ÖLMEZ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEDİM MUTLU