Structure-function relationships of type II restriction endonucleases
Tip II restriksiyon endonükleazlarının yapı-işlev ilişkileri
- Tez No: 179046
- Danışmanlar: PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Restriksiyon endonükleazları prokaryotik hücrelere karşı korumak için özgül yabancı DNA dizilimini tanıyabilen ve kesebilen enzim ailesini oluştururlar. Tip II restriksiyon endonükleazlarının titreşimsel dinamiği, yapı-işlev ilişkilerini incelemek için Gaussian Ağyapı Modeli (GNM) ve Anizotropik Ağyapı Modeli (ANM) isimli elastik ağyapı modelleri ile araştırılmıştır. Hem apo hem de DNA ile özgül komplekslerinin toplu deformasyonları, dimerik ve tetramerik restriksiyon endonükleazlarının en yavaş modlarında makas benzeri (dişli çark benzeri) dönme ve bükülme türü hareketleri göstermektedir. Bu hareketler sırasıyla hedef konum yeri için kayma mekanizması ve restriksiyon endonükleazlarının kapalı ve açık durumları arasındaki salınımları hakkında bilgiler verebilir. Bu modların EcoRV ve BamHI'in özgül olmayan komplekslerinde bulunduğu gösterilmiştir ki, ayrıca bu, DNA'yı tanıma ve kayma mekanizması bakımından bu hareketlerin işlevsel önemini göstermektedir. İşlevsel olarak önemli olan iki modda, yönelimsel karşılıklı ilişkiler bakımından EcoRV ve BamHI'in özgül ve özgül olmayan kompleksleri arasında bazı önemli farklılılar bulunmuştur. Yüksek frekanslı modellerden belirlenen hareketli rezidüler DNA'ya bağlanma bölgesinin etrafında ve DNA düğümlerinde toplanmaktadır ki bu, kesme yerleri arasındaki muhtemel bir iletişim yolunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Restriction endonucleases (REs) constitute an enzyme family, which can recognize and cleave specific foreign DNA sequences to protect prokaryotic cells. The vibrational dynamics of Type II REs are investigated by elastic network models, namely Gaussian Network Model (GNM) and Anisotropic Network Model (ANM), in order to analyze their structure-function relationships. Collective deformations of both apo REs and their specific complexes with DNA indicate scissor-like (ratchet-like) rotations and twisting-type motions in the slowest modes of dimeric and tetrameric REs. These motions can give insights about the sliding mechanism for target site location and the oscillation between closed and open states of REs, respectively. These modes are shown to be present in the non-specific complexes of EcoRV and BamHI, which further indicates their functional importance in terms of DNA recognition and sliding mechanism. Some important differences between cognate and non-cognate complexes of EcoRV and BamHI in terms of orientational cross-correlations are detected in functionally important two modes. Hot spot residues determined from high-frequency modes are clustered around the DNA binding region and at the DNA nodes, which indicates a possible communication pathway between cleavage sites.
Benzer Tezler
- Türk sigorta sektörünün piyasa yapısı ve analizi
Market structure and anaysis of Turkish insurance sector
LÜTFİ AYKAÇ
- Proje yönetiminde kantitatif yöntemlerin uygulanması
The application of the quantitative methods in project management
ZİYA ULUKAN
- Die Suche nach einer terminologischen Äquivalenz zum Begriff Der Metapher im Türkischen durch Vergleich von Rhetorik und belâgat
Metafor Kavramına Retorik- Belâgat Mukayesesi İçinde ve Belâgat Terminolojisinde Kavramsal Karşılık Arayışları
MEHMET AKİF DUMAN
Doktora
Almanca
2018
DilbilimJohannes Gutenberg-Universität MainzTürkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HENDRİK BOESCHOTEN
- Ticari banka yönetimi ve Türk ticari bankalarının temel yönetim sorunları
The management of the commercial bank and the basic problems of the Turkish comercial bank
AYŞE ÇİĞDEM ÖNAL
