Sphingolipidomics: Qualification and quantification of sphingolipids in yeast
Sifingolipidomiks: Maya sifingolipidlerinin tayini ve miktarlarının belirlenmesi
- Tez No: 179337
- Danışmanlar: PROF.DR. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Hesapsal yöntemlerle belirlenen olası ilaç hedeflerinin deneysel olarak dogrulanması nihai hedefini güden bu çalısmada, S. cerevisiae'nın bilinen sifingolipid sentezi mekanizmasının daha iyi anlasılması, mayanın ürettigi sifingolipid metabolitlerinin tayini ve miktarlarının belirlenmesi amacıyla BY4743 ve bu sustan üç homozigot ve dört heterozigot delesyon susu olarak yaratılan ino1D/ino1D, slc1D/slc1D, ser2D/ser2D, INO1/ino1D, SLC1/slc1D, LCB1/lcb1D, ve LCB2/lcb2D susları incelenmistir. Bu amaçla, hücreler kesikli üretim ile zengin ve minimal besi ortamlarında büyütülmüs, ino1D/ino1D susu ayrıca inositol içermeyen besi ortamında da büyütülerek incelenmistir. Zengin besi ortamında kesikli üretimde slc1D/slc1D susunun ana sustan daha yüksek miktarlarda hücre ürettigi, ser2D/ser2D susunun ise zengin ortamda büyüyen tüm suslar arasında en düsük biyokütle degerine sahip oldugu gözlenmistir. Minimal besi ortamında, ino1D/ino1D ve slc1D/slc1D suslarının biyokütle degerleri ana susunkinden yüksek olup, inositolsüz minimal ortamda büyüyen ino1D/ino1D susu, tüm suslardan daha az miktarda hücre üreterek 1.78 g/l lik biyokütle degerine sahip olmustur. Silika tabakalar kullanılan TK analizi ile en uygun lipid çekim yöntemi belirlenmistir. Satın alınan maya (fitosifingozin ve fitoseramid) ve memeli sifingolipid standartları HPLC ile incelenmis ve kolonda kalma süreleri ile miktar-alan iliskisine dayanan kalibrasyon egrileri elde edilmistir. Yabanıl tip susla karsılastırıldıklarında, zengin besi ortamında büyüyen ser2D/ser2D ve inositolsüz minimal besi ortamında büyüyen ino1D/ino1D suslarında fitoseramid miktarlarında belirgin bir artıs ve biyokütle degerlerinde de düsüs gözlemlenmistir. Ancak zengin ve minimal ortamda büyüyen slc1/slc1 susu hem ürettigi hücre miktarı hem de dihidrosifingozin ve fitosifingozin degerleriyle yabanıl tipi geçmistir. nositolsüz minimal ortamda büyüyen ino1D/ino1D ve zengin ortamda büyüyen yabanıl tip suslarının kromatogramları incelenerek kolonda kalma süresi 13.175 dk. ve 16.772 dk. olan bilesenlerin sırasıyla MIPC ve M(IP)2C oldukları düsünülmektedir.
Özet (Çeviri)
BY4743 parent strain and three homozygous deletion mutants, ino1D/ino1D, slc1D/slc1D and ser2D/ser2D, along with four heterozygous deletion mutants INO1/ino1D, SLC1/slc1D, LCB1/lcb1D, and LCB2/lcb2D of S. cerevisiae are investigated to improve the present knowledge on the synthesis mechanism of sphingolipids in yeast and to qualify as well as to quantify sphingolipid metabolites in S. cerevisiae with an ultimate goal of experimental verification of potential drug targets identified by computational methods. Cells were grown in both rich and minimal media in batch cultivations. ino1D/ino1D mutant, aside from these media, was cultivated in minimal medium without inositol. In batch cultivations of YPD, slc1D/slc1D mutant had overgrown the wild type and ser2D/ser2D mutant had the lowest biomass value among all the strains. In F1 medium, both ino1D/ino1D and slc1D/slc1D mutants had overgrown wild type strain while ino1D/ino1D mutant grown in F1 medium without inositol had the lowest biomass value, 1.78 g/l, among all the biomass values of all strains. Optimum lipid extraction procedure was determined by TLC analysis on silica plates. Commercially available mammalian sphingolipid standards as well as phytoceramide and phytosphingosine standards obtained from yeast were analyzed by HPLC to obtain their retention time values and calibration curves. ser2D/ser2D mutant grown in YPD and ino1D/ino1D mutant grown in F1 without inositol media were the strains with noticeable increases in their phytoceramide levels and decreases in biomass values with respect to wild type strain. However, slc1/slc1 mutant grown in YPD and F1 media had elevated dihydrosphingosine and phytosphingosine levels as well as biomass values compared to wild type strain. Retention time values of 13.175 min and 16.772 min were proposed to be representing the peaks of MIPC and M(IP)2C, respectively, by analyzing HPLC chromatograms of wild type strain grown in YPD and ino1D/ino1D mutant grown in F1 without inositol media.
Benzer Tezler
- Lizozomal depo hastalıklarının klinik, laboratuvar ve moleküler genetik özelliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of clinical, laboratory and molecular genetic features of lysosomal storage diseases
LALA JALILOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ DURSUN
- Lizozomal depo hastalığı tanısı ile takip edilen hastaların klinik ve laboratuvar bulgularının değerlendirilmesi
Evaluation of the clinical and laboratory findings of the patients followed with the diagnosis of lysosomal storage disease
MERVE BİNGİLİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KARDAŞ