Studies on the role of HAP4, MIG1 and MIG2 in transcriptional control network of Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'nin transkripsiyonel kontrol ağyapısında HAP4, MIG1 ve MIG2 genlerinin rolleri üzerine çalışmalar
- Tez No: 179336
- Danışmanlar: PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Chemical Engineering, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalısmada, mayadaki glikoz algılama ve sinyal ileti yolizlerinin anlasılması amacıyla HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1 genlerinin geçici pertürbasyonlara yazılım asamasında verdikleri tepkiler glikoz ve azot kaynagı sınırlı kosullarda incelenmistir. Bu amaçla S. cerevisiae BY4743 susunun 3 homozigot delesyon susu (ho/ho, mig1/mig1 ve mig2/mig2) yeni besi yeri eklemesi (darbe) uygulanarak kesiksiz sekilde büyütülmüstür. Bu susların büyüme karakteristikleri ve metabolitleri birbirleriyle kıyaslanmıstır. Glikoz sınırlamalı (C-sınırlamalı) durumda mig1/mig1 ve mig2/mig2 suslarının ho/ho susundan daha fazla hücre ürettigi gözlemlenmistir. MIG2 geninin silinmesinin glikoz baskılama mekanizmasında MIG1 geninin yoklugu kadar büyük bir etki yaratmadıgı gözlemlenmistir. Azot kaynagının eksik oldugu durumda (N-sınırlamalı) en az hücre üretimi mig2/mig2 susunda olmustur. Aynı ortamda glikoz konsantrasyonunun ho/ho susunda en yüksek miktarda oldugu gözlemlenmistir. HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1'in gen anlatımları gerçek zamanlı rt-qPCR ile saptanmıstır. Csınırlamalı durumda ho/ho susunda HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1 etkin durumda bulunmaktadır. MIG1 veya MIG2 silinmesi C-sınırlamalı durumda HAP4 ve GSM1'in baskılanmasına yol açmıstır. mig1/mig1 susunda glikoz darbesi sonrası GSM1, HAP4 geninden sonra etkin hale geçmis ve bu gözlem GSM1'in HAP kompleksi tarafından idare edildigi bilgisine ek kanıt saglamıstır. MIG2 geninin yoklugunda HAP4 glikoz darbesiyle MIG1'in yoklugundakinden daha geç etkin hale geçmistir. GSM1 ve HAP4, C-sınırlamalı ortamda ho/ho ve mig2/mig2 suslarında benzer gen anlatımları göstermislerdir. Bu durum, GSM1'in mayanın solunum yolizinde HAP4 ile beraber muhtemel bir rolünün olabilecegine isaret etmistir. N-sınırlamalı durumda MIG1 geninin silinmesi MIG2'nin baskılanmasına yol açmıstır.
Özet (Çeviri)
In this study, transcriptional responses of HAP4, MIG1, MIG2 and GSM genes to transient perturbations under glucose and nitrogen limited conditions were investigated in order to understand glucose sensing and signaling pathways in yeast. For this purpose six sets of chemostat experiments with pulse injections were performed with three homozygous deletion strains (ho/ho, mig1/mig1 and mig2/mig2) of Saccharomyces cerevisiae BY4743. Growth characteristics and metabolite profiles for glucose, ethanol, ammonia and glycerol were compared. mig1/mig1 and mig2/mig2 strains produced higher biomass than ho/ho under glucose limitation. Absence of MIG2 did not affect the glucose repression mechanism as much as MIG1. mig2/mig2 produced the lowest biomass under nitrogen limitation. The glucose concentration was the highest in ho/ho in nitrogen limited chemostat cultivation. The expression profiles of HAP4, MIG1, MIG2 and GSM1 were determined via real time rt-qPCR. HAP4, MIG1, MIG2 and GSM1 were up-regulated under glucose limitation in ho/ho. Deletion of MIG1 or MIG2 resulted in repression of HAP4 and GSM1 under glucose limitation. After the glucose pulse injection GSM1 was activated after HAP4 in mig1/mig1 and this provided further evidence that GSM1 is regulated by HAP complex. GSM1 showed similar expression levels with HAP4 both in ho/ho and mig2/mig2 throughout the glucose limited cultivations. This indicated a possible role of GSM1 in regulation of respiratory pathway of yeast together with HAP4. Deletion of MIG1 diminished the up-regulation of MIG2 under nitrogen limitation.
Benzer Tezler
- Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
AYÇA CANKORUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Hastanede Gelişen Pnömonide Klinik İnfeksiyon Skoru ve bazı infeksiyon belirteçlerinin tanı ve izlemdeki rolü
The role of clinical infection scores and soma infection biomarkers in diagnosis and follow-up in hospital acquired pneumonia
SEHER SATAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Göğüs HastalıklarıCelal Bayar ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞIN ŞAKAR COŞKUN
- Multi - capsule endoscopy: Demonstrations of inter - capsular control and (tactile) sensing
Çoklu - kapsül endoskopi: Kapsüller arası kontrol ve (dokunsal) algılama yöntemleri
FURKAN PEKER
Doktora
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR FERHANOĞLU
- Role of the space in exhibition design and three case studies on the main exhibition hall of the Galata Greek Primary School
Sergi yapımı ve Galata Rum İlkokulu'nun ana salonu üzerine üç vaka analizi
ÖMERCAN ÇAKIR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
İç Mimari ve DekorasyonKadir Has ÜniversitesiTasarım Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE NUR EREK
- The role of renewable energy, innovation, and digitization on the environmental footprint: Empirical evidence from national and cross-national studies
Yenilenebilir enerji, inovasyon ve dijitalleşmenin çevresel ayakizi üzerindeki rolü: Ulusal ve uluslarası çalışmalardan ampirik kanıtlar
SELİN KARLILAR
Doktora
İngilizce
2023
EkonomiDogu Akdenız Unıversıtesı-Eastern Medıterranean UnıversıtyEkonomi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BALCILAR