Studies on the role of HAP4, MIG1 and MIG2 in transcriptional control network of Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'nin transkripsiyonel kontrol ağyapısında HAP4, MIG1 ve MIG2 genlerinin rolleri üzerine çalışmalar
- Tez No: 179336
- Danışmanlar: PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Bu çalısmada, mayadaki glikoz algılama ve sinyal ileti yolizlerinin anlasılması amacıyla HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1 genlerinin geçici pertürbasyonlara yazılım asamasında verdikleri tepkiler glikoz ve azot kaynagı sınırlı kosullarda incelenmistir. Bu amaçla S. cerevisiae BY4743 susunun 3 homozigot delesyon susu (ho/ho, mig1/mig1 ve mig2/mig2) yeni besi yeri eklemesi (darbe) uygulanarak kesiksiz sekilde büyütülmüstür. Bu susların büyüme karakteristikleri ve metabolitleri birbirleriyle kıyaslanmıstır. Glikoz sınırlamalı (C-sınırlamalı) durumda mig1/mig1 ve mig2/mig2 suslarının ho/ho susundan daha fazla hücre ürettigi gözlemlenmistir. MIG2 geninin silinmesinin glikoz baskılama mekanizmasında MIG1 geninin yoklugu kadar büyük bir etki yaratmadıgı gözlemlenmistir. Azot kaynagının eksik oldugu durumda (N-sınırlamalı) en az hücre üretimi mig2/mig2 susunda olmustur. Aynı ortamda glikoz konsantrasyonunun ho/ho susunda en yüksek miktarda oldugu gözlemlenmistir. HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1'in gen anlatımları gerçek zamanlı rt-qPCR ile saptanmıstır. Csınırlamalı durumda ho/ho susunda HAP4, MIG1, MIG2 ve GSM1 etkin durumda bulunmaktadır. MIG1 veya MIG2 silinmesi C-sınırlamalı durumda HAP4 ve GSM1'in baskılanmasına yol açmıstır. mig1/mig1 susunda glikoz darbesi sonrası GSM1, HAP4 geninden sonra etkin hale geçmis ve bu gözlem GSM1'in HAP kompleksi tarafından idare edildigi bilgisine ek kanıt saglamıstır. MIG2 geninin yoklugunda HAP4 glikoz darbesiyle MIG1'in yoklugundakinden daha geç etkin hale geçmistir. GSM1 ve HAP4, C-sınırlamalı ortamda ho/ho ve mig2/mig2 suslarında benzer gen anlatımları göstermislerdir. Bu durum, GSM1'in mayanın solunum yolizinde HAP4 ile beraber muhtemel bir rolünün olabilecegine isaret etmistir. N-sınırlamalı durumda MIG1 geninin silinmesi MIG2'nin baskılanmasına yol açmıstır.
Özet (Çeviri)
In this study, transcriptional responses of HAP4, MIG1, MIG2 and GSM genes to transient perturbations under glucose and nitrogen limited conditions were investigated in order to understand glucose sensing and signaling pathways in yeast. For this purpose six sets of chemostat experiments with pulse injections were performed with three homozygous deletion strains (ho/ho, mig1/mig1 and mig2/mig2) of Saccharomyces cerevisiae BY4743. Growth characteristics and metabolite profiles for glucose, ethanol, ammonia and glycerol were compared. mig1/mig1 and mig2/mig2 strains produced higher biomass than ho/ho under glucose limitation. Absence of MIG2 did not affect the glucose repression mechanism as much as MIG1. mig2/mig2 produced the lowest biomass under nitrogen limitation. The glucose concentration was the highest in ho/ho in nitrogen limited chemostat cultivation. The expression profiles of HAP4, MIG1, MIG2 and GSM1 were determined via real time rt-qPCR. HAP4, MIG1, MIG2 and GSM1 were up-regulated under glucose limitation in ho/ho. Deletion of MIG1 or MIG2 resulted in repression of HAP4 and GSM1 under glucose limitation. After the glucose pulse injection GSM1 was activated after HAP4 in mig1/mig1 and this provided further evidence that GSM1 is regulated by HAP complex. GSM1 showed similar expression levels with HAP4 both in ho/ho and mig2/mig2 throughout the glucose limited cultivations. This indicated a possible role of GSM1 in regulation of respiratory pathway of yeast together with HAP4. Deletion of MIG1 diminished the up-regulation of MIG2 under nitrogen limitation.
Benzer Tezler
- Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
AYÇA CANKORUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- İnsan eritrolösemi hücrelerinde tümör nekrozis faktör alfa (TNF α)'nın muskarinik reseptör m3 ekspresyonu, interlökin-8 (CXCl8) ve asetilkolin (ACH) salınımındaki rolü üzerine çalışmalar
Studies on the role of tumor necrosis factor alpha (TNF α) on the expression of M3 muscarinic receptor, release of i̇nterleukin-8 (CXCL8) and acethylcholine (ACH) in human erythroleukemia cells
ZEHRA KANLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜLYA CABADAK
- Alfa 7 nikotinik asetilkolin reseptörlerinin K562 hücre çoğalması ve sinyal iletisindeki rolleri üzerine çalışmalar
Studies on the role of alpha 7 nicotinic acetylcholine receptors in K562 cell proliferation and signaling
GÖZDE ÖNDER
- Ergani ve çevresinde koyun abortlarında bazı mineral madde yetersizliklerinin rolü üzerine çalışmalar
Studies on the role of deficiency of some mineral substances in sheep aborts in region Ergani
ŞAHABETTİN GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Veteriner HekimliğiYüzüncü Yıl Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDULLAH KAYA
- İran İslam Cumhuriyeti dış politikasında Şiiliğin rolü
The role of Shiism in the foreign policy of the İslamic Republic of İran
OĞUZ CAN CAFEROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Siyasal BilimlerÇankırı Karatekin ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN ÜNAL