In silico identification of candidate MECP2 targets and quantitative analysis in Rett syndrome
MECP2 hedef genlerinin in silico tanımlanması ve Rett sendromunda niceliksel analizi
- Tez No: 180619
- Danışmanlar: PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Biology, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Rett sendromu (RTT) çocukluk çağında kız çocuklarında görülen nörogelişimsel birhastalıktır. Mental retardasyonun başlıca sebeplerinden olup, 1/10000-1/15000 sıklıklagörülür. MECP2 geninin mutasyonuna bağlı olarak gelişir. MECP2 bir gen anlatımıbaskılayıcısıdır. RTT'de anlatımı bozulan genlerin belirlenmesi hastalığın patogenezininanlaşılması açısından çok önemlidir. Bu konuda araştırmacılar iki farklı yoldanilerlemektedir: a) Global gen anlatım profili incelemeleri b) Aday gen incelemeleri.Mikroarray teknolojisi ile incelenen birinci yolda, kısıtlı sayıda genin anlatımınınfarklılaştığı gözlenmiştir. Aday gen çalışmaları ise önemli bir epigenetik düzenleme olangenomik imlemeye uğrayan DLX5 geninin RTT hastalarında imlemeden kaçarak hastalıkmekanizmasına katkıda bulunduğunu göstermiştir. Önemli bir fizyolojik epigenetikdüzenleme X-etkinsizleştirilmesidir. RTT patogenezi ile ilişkisi henüz araştırılmamıştır.X-etkinsizleştirilmesinin RTT patogenezinde önemli bir rol oynadığını düşünüyoruz.Özgün bir biyoinformatik yazılım algoritmi geliştirerek MECP2 bağlayan dizimotiflerinin varlığını özellikle X-kromozomu olmak üzere insan genomunda aradık. Buinceleme sonunda saptanan genler arasında MECP2 ile etkileşime girdiği deneysel olarakgösterilmiş MPP1 ve FHL1 genleride yer alıyordu. Listemizde bulunan genler arasındaX-kromozomuna haritalanan yüzün üzerinde gen bulunmaktadır. Bu genlerin X-etkinsizleştirilmesi profillerine ve MECP2 bağlayan dizi homolojisi değerlerine bağlıolarak on farklı aday gen seçtik. Ters yazılımlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ilebu genlerin anlatımını incelemeye aldık. Bu çalışmaların RTT patogenezinde X-etkinsizleştirilmesinin rolü konusunda değerli bilgiler vermesi beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Rett syndrome (RTT) is an X-linked neuro-developmental disorder seen exclusively girlsin the childhood. It is one of the most common causes of mental retardation with anincidence rate of 1/10,000-1/15,000. Mutations in MECP2 gene was described as acommon cause of RTT. MECP2 is a transcriptional repressor that regulates geneexpression. It is not fully understood which MECP2 targets are affected in RTT andtherefore contribute to disease pathogenesis. Researchers approached the problem in twodirections: a) Global expression profile analysis and b) Candidate gene analysis. Globalexpression profile analysis revealed which a limited number of genes including those onthe X-chromosome are de-regulated. Candidate gene analysis studies showed that loss ofimprinting as exemplified by DLX5 could also contribute to disease pathogenesis. Wehypothesize that X-chromosome inactivation (XCI) is an important physiologicalepigenetic mechanism that could be involved in Rett pathogenesis. We predicted aMECP2 binding motif by a distinctive bioinformatic approach. Using this algorithm wesearched for the candidate MECP2 target genes on the X-chromosome and wholegenome. The genes FHL1 and MPP1, whose interaction with MECP2 were heuristicallydisplayed were predicted by our algorithm. We identified more than 100 genes which areon the X-chromosome. 10 genes from the list were selected according to their MECP2binding homology score and X-inactivation status. In order to test this hypothesis weanalyzed these genes with quantitative RT-PCR .We expect to identify the key genes thatpotentially contribute to RTT pathogenesis via disturbances in X-chromosomeinactivation.
Benzer Tezler
- Konak/kepek oluşumunda sorumlu Malassezia furfur'un inhibisyonunda aday bitki etken moleküllerinin ın-silico olarak tespiti
The in-silico identification of candidate plant active molecules for the inhibition of Malassezia furfur responsible for cradle cap/dandruff formation
KÜRŞAT KOLAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Yeni anti-theilerial ilaçların geliştirilmesi için theileria annulata peptidil prolil izomeraz geninin klonlanması ve inhibitör adaylarının in silico incelenmesi
Theileria annulata peptidyl prolyl isomerase gene cloning and in silico analysis of candidate inhibitors for new anti-theilerial drug design
SEZEN SPAHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Bisfenol a ile ilişkili meme kanseri gelişiminde rol oynayan aday tanısal genlerin ın sılıco olarak tanımlanması ve doğrulanması
In silico identification and validation of candidate diagnostic genes involved in bisphenol a-associated breast cancer development
MERVENUR AKKUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAMİD CEYLAN
- Otozomal dominant peters anomalisi tanısı alan bir ailede yeni gen araştırması
Identification of molecular pathology of peters' anomaly segregating in a large autosomal dominant family
CAN KOŞUKCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU
- Prostat kanserinde rol oynayan potansiyel mrna:mirna:lncrna' ların etkileşim ağının biyoinformatik analizler ile belirlenmesi
Identification of potential mrnas:mirnas:lncrnas network involved in prostate cancer by bioinformatics analysis
ÇAĞDAŞ AKTAN
Doktora
Türkçe
2023
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BUKET KOSOVA