In silico identification of candidate MECP2 targets and quantitative analysis in Rett syndrome
MECP2 hedef genlerinin in silico tanımlanması ve Rett sendromunda niceliksel analizi
- Tez No: 180619
- Danışmanlar: PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Biyoloji, Moleküler Tıp, Medical Biology, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Rett sendromu (RTT) çocukluk çağında kız çocuklarında görülen nörogelişimsel birhastalıktır. Mental retardasyonun başlıca sebeplerinden olup, 1/10000-1/15000 sıklıklagörülür. MECP2 geninin mutasyonuna bağlı olarak gelişir. MECP2 bir gen anlatımıbaskılayıcısıdır. RTT'de anlatımı bozulan genlerin belirlenmesi hastalığın patogenezininanlaşılması açısından çok önemlidir. Bu konuda araştırmacılar iki farklı yoldanilerlemektedir: a) Global gen anlatım profili incelemeleri b) Aday gen incelemeleri.Mikroarray teknolojisi ile incelenen birinci yolda, kısıtlı sayıda genin anlatımınınfarklılaştığı gözlenmiştir. Aday gen çalışmaları ise önemli bir epigenetik düzenleme olangenomik imlemeye uğrayan DLX5 geninin RTT hastalarında imlemeden kaçarak hastalıkmekanizmasına katkıda bulunduğunu göstermiştir. Önemli bir fizyolojik epigenetikdüzenleme X-etkinsizleştirilmesidir. RTT patogenezi ile ilişkisi henüz araştırılmamıştır.X-etkinsizleştirilmesinin RTT patogenezinde önemli bir rol oynadığını düşünüyoruz.Özgün bir biyoinformatik yazılım algoritmi geliştirerek MECP2 bağlayan dizimotiflerinin varlığını özellikle X-kromozomu olmak üzere insan genomunda aradık. Buinceleme sonunda saptanan genler arasında MECP2 ile etkileşime girdiği deneysel olarakgösterilmiş MPP1 ve FHL1 genleride yer alıyordu. Listemizde bulunan genler arasındaX-kromozomuna haritalanan yüzün üzerinde gen bulunmaktadır. Bu genlerin X-etkinsizleştirilmesi profillerine ve MECP2 bağlayan dizi homolojisi değerlerine bağlıolarak on farklı aday gen seçtik. Ters yazılımlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ilebu genlerin anlatımını incelemeye aldık. Bu çalışmaların RTT patogenezinde X-etkinsizleştirilmesinin rolü konusunda değerli bilgiler vermesi beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Rett syndrome (RTT) is an X-linked neuro-developmental disorder seen exclusively girlsin the childhood. It is one of the most common causes of mental retardation with anincidence rate of 1/10,000-1/15,000. Mutations in MECP2 gene was described as acommon cause of RTT. MECP2 is a transcriptional repressor that regulates geneexpression. It is not fully understood which MECP2 targets are affected in RTT andtherefore contribute to disease pathogenesis. Researchers approached the problem in twodirections: a) Global expression profile analysis and b) Candidate gene analysis. Globalexpression profile analysis revealed which a limited number of genes including those onthe X-chromosome are de-regulated. Candidate gene analysis studies showed that loss ofimprinting as exemplified by DLX5 could also contribute to disease pathogenesis. Wehypothesize that X-chromosome inactivation (XCI) is an important physiologicalepigenetic mechanism that could be involved in Rett pathogenesis. We predicted aMECP2 binding motif by a distinctive bioinformatic approach. Using this algorithm wesearched for the candidate MECP2 target genes on the X-chromosome and wholegenome. The genes FHL1 and MPP1, whose interaction with MECP2 were heuristicallydisplayed were predicted by our algorithm. We identified more than 100 genes which areon the X-chromosome. 10 genes from the list were selected according to their MECP2binding homology score and X-inactivation status. In order to test this hypothesis weanalyzed these genes with quantitative RT-PCR .We expect to identify the key genes thatpotentially contribute to RTT pathogenesis via disturbances in X-chromosomeinactivation.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER