Zwf mutant Synechocystis sp. PCC6803 suşunun karakterizasyonu üzerine araştırmalar
Studies on characterization of zwf mutant Synechocystis sp. PCC6803
- Tez No: 185674
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. HAYDAR KARAKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Synechocystis, zwf, glukoz-6-fosfat dehidrogenaz, mutasyon, Synechocystis, zwf, glucose-6-phosphate dehydrogenase, mutation
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
iiiÖZETzwf MUTANT SYNECHOCYSTIS SP. PCC6803 SUŞUNUNKARAKTER ZASYONU ÜZER NE ARAŞTIRMALARBu araştırmada zwf geni silinmiş (âzwf) bir Synechocystis sp. PCC6803suşunun karakterizasyonu çalışmaları yürütülmüştür. Böyle bir âzwf mutanta,sistein kodonlarının değiştirildiği nokta mutasyonları içeren genlerin fenotipikanalizi için ihtiyaç duyulmaktadır.Daha önce Synechocystis sp. PCC6803 zwf gen bölgesi 3.7 kb birfragment olarak klonlanmış genin büyük kısmı silinerek yerine omega fragmentibağlanmış ve yabani tip hücrelere transforme edilmişti. Bu çalışmada,transformat hücrelerde yabani tip kromozomların segregasyonu ilearaştırmalara başlanmıştır. Segregasyonun gerçekleştiği, transformanthücrelerden izole edilen kromozomal DNA'nın bölgesinin PCRzwfamlifikasyonu ile belirlendi. Bu hücrelerden beklenen büyüklükte tek bir ürününelde edilmiş olması segregasyonun gerçekleştiğini göstermiştir.Yabani tip ve mutant hücrelerden elde edilen amplifikasyon ürünlerininrestriksiyon analizleri yapılarak mutasyonun doğru pozisyona transfer edilipedilmediği test edildi. Bu analizlerin sonucunda gözlenen bütün fragmentbüyüklüklerinin beklenen büyüklüklerle aynı olduğu gözlendi vetransformantlarda zwf geninin silindiğine karar verildi. Elde edilen bu âzwfhücrelere SDZ1 suş ismi verildi.SZD1 hücreleriyle yabani tip hücrelerin gelişmeleri karşılaştırıldığındamutant hücrelerin bir miktar yavaş ürediği gözlendiyse de bu farkın önemli birdüzeyde olmadığı görülmektedir. Mutant hücrelerde G6PDH enzim aktivitesibelirlenmemiştir. Bu, genotipik beklentiye uygun bir gözlemdir.Bütün bu çalışmaların sonucu olarak burada âzwf bir Synechocystis sp.PCC6803 suşunun karakterizasyonu yapılmış olup bu mutant G6PDH enzimiüzerine yapılacak moleküler biyolojik araştırmalarda kullanıma hazırdır.
Özet (Çeviri)
ivABSTRACTSTUDIES ON THE CHARACTERIZATION OF zwf MUTANTSYNECHOCYSTIS SP. PCC6803 STRAINIn this research, a deletion zwf (âzwf) mutant strain of Synechocystis sp.PCC6803 was characterized. Such a âzwf mutant is needed for phenotypicanalysis of the genes with point mutations resulted form cysteine codonchanges. Previously, zwf region of Synechocystis sp. PCC6803 had beencloned, most part of the gene replaced by the omega interposon and themutation transferred to the wildtype cells.In this study, the experiments were commenced by segregation ofwildype chromosomes from the transformant cells. Completion of thesegregation was judged by PCR amplification of the mutant region using thechromosomal DNA purified from transformant cells. A single expected productfrom the transformants was taken as completion of the segregation.Whether the mutation transferred to correct region on the chromosomewere tested applying restriction analyses of the amplification products ofchromosomal DNAs from wild type and mutant cells. From the analyses, all thefragment sizes observed were same as what the sizes were expected, and, asa result, it was decided that the zwf gene in the transformant cells was deleted.SZD1 strain name was given to this âzwf cells.Comparing the growth of wildtype and SDZ1 mutant cells, it was seenthat there was no significant difference although the mutant cells grew slightlyslow at the early periods of the growth. No G6PDH activity was detected in themutant cells. This is consistent with the genotypic characteristics.As a result, a âzwf mutant strain of Synechocystis sp. PCC6803 wascharacterized, and it is ready to use this strain in molecular biological analysisof G6PDH enzyme.
Benzer Tezler
- Synechocystis sp. PCC6803 hücrelerinde opcA- mutasyonunun glukoz-6-fosfat dehidrogenaz aktivitesi üzerine etkileri
Effects of the opcA- mutation on the glucose-6-phosphate dehydrogenase activity in Synechocystis sp. PCC6803 cells
NESLİHAN AKSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAYDAR KARAKAYA
- Synechocystıs sp. pcc 6803 zwf geninin sistein kodonlarının mutasyonu ve mutasyonların glukoz-6-fosfat dehidrogenaz (G6pdh) aktivitesine etkisi
Mutagenesis of the cysteine codons in the zwf gene of synechocystis sp. pcc 6803 and effect of the mutations onto glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6pdh) activity
KÜBRA ÖZKUL
Doktora
Türkçe
2014
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYDAR KARAKAYA
- zwf mutant Escherichia coli DF214 suşunun Synechococcus sp. PCC 7942 zwf fragmentleriyle genetik komplementasyonu üzerine araştırmalar
Investigations on the genetic complementation of the zwf mutant Escherichia coli DF214 with zwf fragments of Synechococcus sp. PCC 7942
FUNDA ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYDAR KARAKAYA
- Synechococcus sp. Pcc7942 glukoz-6-fosfat dehidrogenaz enziminin ışığa bağlı düzenlenmesinde disülfit bağlarının rolünün araştırılması
An Investigation on the role of disulphide bonds in the light-dependent regulation of glucose-6-phosphate dehydrogenase of Synechococcus sp. Pcc7942
MELİKE ÇEBİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYDAR KARAKAYA
- Escherichia coli'de oksidatif stres ile ilişkili genlerin metal direncindeki rollerinin araştırılması
Investigation of oxidative stress related genes in Escherichia coli metal resistance
İKBAL MACİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
MikrobiyolojiAmasya ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖNDER İDİL