Termofilik Streptomyces spp.'lerin moleküler taksonomisi
Molecular taxonomy of thermophilic Streptomyces spp.
- Tez No: 185817
- Danışmanlar: DOÇ.DR. NEVZAT ŞAHİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Microbiology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Termofilik Streptomyces, Moleküler taksonomi, Termophilic Streptomyces, Molecular taxonomy
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 161
Özet
TERMOF L K Streptomyces spp.'LER N MOLEKÜLER TAKSONOM SÖZETStreptomyces cinsi, ticari olarak önemli bileşiklerin umut verici kaynağı olması vegünümüz moleküler biyolojik metotların fenotipik özelliklere dayanan gelenekselstreptomycetes sistematiği üzerinde artan bir etki göstermesi, cinsi sistematiğin merkezikonumuna getirmektedir. Moleküler sistematik metotlar özellikle de 16S rDNAsekanslama, streptomycetes sistematiği üzerinde giderek artan bir etkiye sahiptir.Benzer olarak, PCR-restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP), PCR-rastgeleamplifiye edilmiş polimorfik DNA (RAPD) ve ribotyping gibi moleküler parmak iziteknikleri, yakın akraba streptomycetes türlerinin tür içi ve türler arası ilişkileri tespitetmede kullanılmaktadır.Bu çalışmadaki temsilci test organizmaları, SSM, COMPLETE analizi kullanılarakoluşturulan nümerik kümelerden seçilmiştir (Öztürk, 2000). 9 toprak izolatı, 9 tip örneğive 14 referans izolattan oluşan toplam 32 termofilik organizma 16S rDNA RFLPparmak iz'leri için araştırıldı. Test organizmalarının amplifiye edilen 16S rDNA'sıEcoR I, Hind III, Pst I, Sal I, Spho I ve Sau3 AI restriksiyon endonükleaz enzimlerikullanılarak kesildi ve agaroz jelde elektroforez edildi. EcoR I, Pst I ve Sau3 AIendonükleaz enzimleri amplifiye edilen 16S rDNA'ları kesti fakat, Hind III, Sal I veSpho I kesmedi. EcoR I, Pst I ve Sau3 AI enzimleri amplifiye edilen DNA'ları 171-1125 baz çifti aralığında kesti. 3 restriksiyon endonükleazdan Sau3 AI, testorganizmaların çoğunu farklılaştıran RFLP patternleri oluşturdu. PCR-RFLP patternleri,streptomycetes türleri arasındaki ilişkileri tespit etmek için hızlı ve doğru bir metodolarak gösterilmiştir.Test organizmalarının DNA amplifikasyon parmak iz'leri (RAPD) M13f primerkullanılarak değerlendirildi. 8 temsilci test izolatı ve geçerliliği olan 7 Streptomycestürü, bu metot ile DNA düzeyinde farklılaştı. Temsilci test organizmalarından eldeedilen amplifikasyon ürünlerinin fragment uzunlukları 225 ve 1625 baz çifti aralığındaçeşitlilik gösterdi. Sonuçlar RAPD analizinin tür düzeyinde streptomyceteslerinsınıflandırılması ve identifikasyonunda kullanılabileceğini göstermektedir.8 temsilci test izolatının 16S rDNA sekansları EMBL-Gen bankasından elde edilentemsilci termofilik ve mezofilik streptomycetes nükleotid sekansları ile AL 16Sprogramı kullanılarak dizilendi. Filogenetik ağaçlar 4 algorithm kullanılarakoluşturuldu: the neighbour joining, maximum-parsimony, least-squares ve maximum-likelihood metotları. Filogenetik analizler, E1205 ve E1109 izolatlarının Streptomycesthermovulgaris DSM 40444T ve E1125 izolatının Streptomyces thermodiastaticus DSM40573T ve E1351 izolatının Streptomyces somaliensis DSM 40267T ve NT011, NT471,NT508 ve NT568 izolatlarının Streptomyces thermocarboxydus DSM 44293T türü ileen yakın akraba olduğunu gösterdi. Bu ve daha önceki çalışmalardan elde edilenfenotipik veriler ile birlikte moleküler sistematik araştırmalar test izolatlarının türstatüsünde yer alabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
MOLECULAR TAXONOMY OF TERMOPHILIC Streptomyces spp.ABSTRACTThe genus Streptomyces remanis a center of systematics, not only becausestreptomycetes are still the most importance source of commercially significantcompounds, but also because current molecular biological methods are having anincreasing impact on conventional streptomycetes systematics that are based onphenotypic characteristics. Molecular systematic methods, notably 16S rDNAsequencing, are having an ever increasing impact on streptomycetes systematics.Similarly, molecular fingerprinting techniques, such as PCR-restriction fragment lengthpolymorphism (RFLP), PCR-randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) andribotyping are being used to establish relationships within and between closely relatedstreptomycete species.In this study, representatives of the test organisms have been selected fromnumerically defined clusters which consist using SSM, COMPLETE analyses (Öztürk,2000). Of the total 32 thermophilic organisms consist of 9 soil isolates, 9 type strainsand 14 referance isolates were examined for RFLP profiles of the ribosomal RNAgenes. Amplified 16S rDNA of test organisms was digested by using six restrictionendonucleases, EcoR I, Hind III, Pst I, Sal I, Spho I and Sau3 AI and electrophoresed onagarose gels. EcoR I, Pst I and Sau3 AI endonucleases digested the amplified 16SrDNA but no Hind III, Sal I and Spho I. EcoR I, Pst I and Sau3 AI digested theamplified DNA in the size range 171-1125 bp. Of 3 restriction endonucleases, Sau3 AIproduced RFLP patterns that differentiated most of the test organisms. PCR-RFLPpatterns have provided a rapid and accurate method to establish relationships in betweenstreptomycetes species.DNA amplification fingerprints (RAPD) of the test organisms were evaluated usingthe primer M13f . Representatives of 8 test isolates and 7 validly described species ofStreptomyces were differentiated at the DNA level with this method. The fragmentlengths of amplification products obtained for the representative test organisms variedbetween 225 and 1625 bp. The results indicated that RAPD analysis could be used tothe classification and identification of streptomycetes to the species level.The 16S rDNA sequences of 8 representative test isolates were aligned manuallywith represantative thermophilic and mesophilic streptomycete nucleotide sequencesobtained from the EMBL-GenBank databases by using the AL 16S program.Phylogenetic trees were inferred with by using the following four algorithms: theneighbour joining, maximum-parsimony, least-squares and maximum-likelihoodmethods. The phylogenetic analyses showed that isolates E1205 and E1109 were mostclosely related to Streptomyces thermovulgaris DSM 40444T and isolate E1125 toStreptomyces thermodiastaticus DSM 40573T and isolate E1351 to Streptomycessomaliensis DSM 40267T and isolates NT011, NT471, NT508 and NT568 to44293T.Streptomyces thermocarboxydus DSM The molecular systematicinvestigations, together with phenotipic data derived from this and previous studies,indicate that the test isolates merit species status within the genus Streptomyces.
Benzer Tezler
- Sığır karkaslarından ve etlerinden termofilik campylobacter SPP. izolasyonu ve izolatların antibakteriyel duyarlılıkları
Isolation of thermophilic campylobacter SPP from cattle carcasses and meats and antibacterial susceptibility of isolates
AYDIN YAĞIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUAT AYDIN
- Termofilik Streptomyces sp. NT508 suşundan izole edilen peroksidaz ve endoksilanaz enzimlerinin karakterizasyonu
Characterization of peroxidase and endoxylanase enzymes isolated from thermophilic Streptomyces sp. NT508
ALİ KURU
- Termofilik streptomyces'lerin izolasyonu ve nümerik taksonomisi
Isolation and numerical taxonomy of thermophilic streptomyces
ERMAN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NEVZAT ŞAHİN
- Lignin degradasyonunu gerçekleştiren actinomycetes enzimleri hakkında bir araştırma
A research about lignin degrading actinomycetes enzymes
MELAHAT IŞIKLI
- Yeni tanımlanmış Streptomyces sp. BN212 ile Ricinus communis atıklarının biyolojik yıkımının araştırılması
Investigation of biological degradation of Ricinus communis' wastes with recenltly identified Streptomyces sp. BN212
BENGÜ EVCİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiMersin ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNİR TUNÇER