Geri Dön

Pseudomonas aeruginosa (PAO1)susunun değişik ısı ve değişik üreme fazlarında housekeeping gen anlatımı düzeyleri

Expression stability of housekeeping genes of P. aeruginosa (PA01) at various temperature and growth stages

PDF İndir

  1. Tez No: 194757
  2. Yazar: GÜLÇİN GÖYMEN GACAR
  3. Danışmanlar: PROF.DR. M. HALUK VAHABOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: P.aeruginosa, ç kontrol, Housekeeping gen, mRNA, Gerçekzamanlı PZR, P. aeruginosa, Internal control, Housekeeping gene, mRNA, Real-timePCR
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 52

Özet

P. aeruginosa PA01 standart kökeninin ve dört ayrı hastaneden eldeedilmiş dört P. aeruginosa klinik kökeninin 8 housekeeping geni 37 ve 42derecelerde Brain-Heart Infusion, Mueller-Hinton ve Tryptic Soy Broth sıvıbesi yerlerinde ve ayrıca dört değişik NaCl yoğunluğunda mRNA anlatımlarıaçısından gerçek zamanlı PZR deneyi ile ölçüldü. Amaç değişen koşullarakarşın anlatımı en istikrarlı genleri seçmek ve mRNA anlatımları açısındanbağıl nicelik kıyaslaması yapmayı hedefleyen gelecek çalışmalarda bu istikrarlıgenlerin gerçek zamanlı PZR deneylerinde iç kontrol olarak kullanımınıönermektir.Bu amaçla PA01 genomundan Oligo 5.0 programı yardımı ile proC,fabD, rpoD, rpoS, oprB, rodA, rpoB ve fonksiyonu bilinmeyen gen x1 seçilerekbunları hedef alan primer dizileri belirlendi. Total RNA izolasyonu asit-fenolguanidine metodu ile izole edilip Random Hexamer Primerleri aracılığı ilecDNA ya çevrildi. Deneyler 570C derece annealing ısısı kullanılarak ve SYBRGren I boyasının ışıma miktarları 840C da ölçülerek yapıldı. Deneylerde eldeedilen ?Crossing Point? değerleri Bestkeeper ve NCSS programları aracılığı ileistikrarlılık ve birbirleri ile uyum açısından değerlendirildi.proC ve rpoD genleri hem PA01 standart köken için hem de dört klinikizolat için en istikrarlı ve birbirleri ile uyumlu genler olarak bulundu. Bugenlerin P. aeruginosa ile yapılacak bağıl nicel kıyaslama amaçlayan gerçekzamanlı PZR deneylerinde iç kontrol olarak kullanılmaları önerildi.

Özet (Çeviri)

Expression stability of 8 Housekeeping genes of P. aeruginosa PA01 and offour other clinical strains of P. aeruginosa isolated in four different hospitals werestudied with real time PCR methodology after incubating these strains in 37 and 42degrees centigrade in Brain-Heart Infusion, Mueller-Hinton and Tryptic Soy brothmedia and additionally in broth media with different NaCl concentrations. This studyaimed to find most stable genes to be used in future studies as internal controls forrelative quantification of mRNA expressions of genes in P. aeruginosa.For this purpose, primers were designed by the aid of Oligo 5.0 for proC,fabD, rpoD, rpoS, oprB, rodA, rpoB and an unknown porin like gene x1 of thegenome of PA01. Total RNA from strains was isolated by the acid-phenol guanidinemethod and transcribed to cDNA by Random Hexamer Primers. PCR cycles wereaccomplished by an annealing temperature of 570C and the readings for SYBR GreenI dye were at 840C. Crossing points were evaluated for stability and correlation toeach other by the softwares Bestkeeper and NCSS.Both in PA01 and in clinical strains proC and rpoD genes were the moststable genes. This study suggested using these genes as the internal control ofrelative quantifications of genes in P. aeruginosa by real-time PCR method.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    747460

    Pseudomonas aeruginosa (pao1) suşunun değişik ısı ve değişik üreme fazlarında housekeeping gen ekspresyon düzeyleri

    Expression stability of housekeeping genes of p. aeruginosa (pa01) at various temperature and growth stages

    GÜLÇİN GACAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıKocaeli Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA HALUK VAHABOĞLU

  2. Tez No

    470688

    Bazı liken sekonder metabolitlerin sentezinde poliketid sentez (PKS) genlerinin ve ekspresyonlarının potansiyel etkilerinin belirlenmesi

    Determination of the potential effects of polyketide synthesis (PKS) genes and expressions in the synthesis of some lichen secondary metabolites

    BİRKAN AÇIKGÖZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLŞAH ÖZYİĞİTOĞLU

    DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL

  3. Tez No

    357131

    Pseudomonas aeruginosa pao1 suşunda sıcaklık, pH ve klor streslerine karşı biyofilm oluşumunu tetikleyen genlerin etkinliğinin real-time PCR yöntemi ile belirlenmesi

    Determining the biofilm formation inducing genes activity against heat, pH and chlorine stress via real-time PCR in pseudomonas aeruginosa pao1 strain

    ÖZGE KEKEÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FİGEN ESİN KAYHAN

    YRD. DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL

  4. Tez No

    377238

    Kitosan nano-parçacıkların pseudomonas aeruginosa üzerine antibakteriyel etkisinin ın silico ve ın vitro ortamlarda incelenmesi

    The in silico and in vitro investigation of the antibacterial effect of chitosan nanoparticles on pseudomonas aeruginosa

    BUSECAN AKSOYDAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FİGEN ESİN KAYHAN

    YRD. DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL

  5. Tez No

    762302

    Pseudomonas aeruginosa'da PVDM proteininin yoksunluğunun virülansa etkisi

    The effect of PVDM protein deprivation on virulence in Pseudomonas aeruginosa

    ÇAĞRI SEDA KUL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞRUL DORUK

Geri Dön