Klebsiella pneumoniae ve escherichia coli suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz genlerinin klonlanması
Cloning of the extended spectrum beta-lactamases of klebsiella pneumoniae and escherichia coli strains
- Tez No: 195496
- Danışmanlar: PROF.DR. ZEYNEP GÜLAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Beta laktamazlar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Beta lactamases, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada, kan kültürlerinde üretilmiş, fenotipik testler ve PZR ile farklı genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar ürettiği belirlenmiş klinik Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli izolatlarındaki blaCTX-M, blaSHV, blaTEM genlerinin klonlanması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesinde 2004 yılında kan kültürlerinden izole edilen toplam 21 E. coli ve K. pneumoniae suşu alındı. Suşlarda blaCTX-M, blaSHV, blaTEM varlığı PZR ile araştırıldı. Aralarından farklı GSBL'ler üreten altı izolat seçildi ve bu izolatlar klonlama çalışmalarına alındı. Klonlama için T/A klonlama yapan ''InsTAclone? PCR Cloning Kit'' kullanıldı. Doğru genlerin klonlandığının anlaşılması amacıyla koloni PZR yapıldı. Klonlanan genin varlığını göstermek için dizi analizi öncesi klonlardan plazmid izolasyonu yapıldı. Seçilen suşlardan blaCTX-M, blaSHV, blaTEM genlerinin nükleotid dizilerinin belirlenmesi için dizi analizi yaptırıldı. Bulgular ve Sonuç: Çalışmaya alınan toplam 21 suşta GSBL pozitifliği saptandı. PZR sonucu CTX-M-1 pozitif olan suşların sayısı 18, TEM pozitif olan suşların sayısı 11, SHV pozitif olan suşların sayısı 9 olarak saptandı. Seçilen izolatlardaki bla genlerinin klonlanması sonucunda, PZR ürününü alan vektörlerde lacZ geni inaktive edildiği için LB agarda laktoz negatif, beyaz koloniler; PZR ürününü almayan vektörlerde ise laktoz pozitif mavi koloniler oluştu. Koloni PZR ile klonların aktarılan gen açısından pozitif olduğu bulundu. Dizi analizi sonuçlarına göre CTX-M klonlarında CTX-M-3 ve CTX-M-15, SHV klonlarında SHV-5 ve SHV-12 ve TEM klonlarında ise TEM-1 bulundu. Sonuçlarımıza göre GSBL üreten TEM klonlarının seçiminde başarısız olunduğu düşünüldü.
Özet (Çeviri)
Objective: To perform cloning of blaCTX-M, blaSHV and blaTEM genes which are found in extended spectrum beta-lactamases Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli strains isolated from blood cultures. Methods: Twenty one K. pneumoniae and E. coli strains isolated from blood cultures at Dokuz Eylul University Hospital in 2004 were taken in to the study. blaCTX-M, blaSHV, blaTEM presence was sought by PCR. Six isolates producing different ESBL types were selected among these isolates and these strains were taken in to the cloning studies. InsTAclone? PCR Cloning Kit was used for T/A cloning. Colony PCR was performed to ascertain that the correct genes was cloned. Plasmid extraction was performed to reveal the presence of cloned genes before sequencing. Sequencing was performed on both strands to determine nucleotide sequences of blaCTX-M, blaSHV, blaTEM genes from selected strains. Results and Conclusion: ESBL pattern was detected in 21 strains in our study. According to the result of specific PCR for bla genes, eighteen isolates had blaCTX-M, nine isolates had blaSHV and eleven of them had blaTEM.. As a result of cloning, vectors with PCR product which had inactive lacZ gene produced lactose negative, lucid colonies on LB agar. On the other hand vectors without PCR product produced lactose positive, blue colonies on LB agar. Clones were found positive for the transfered genes. The sequence analysis revealed that; CTX-M-3 and CTX-M-15 were found in the CTX-M clones, SHV-5 and SHV-12 were found in the SHV clones and TEM-1 were found in the TEM clones. According to the results, there was a failure in selecting of TEM clones producing GSBL.
Benzer Tezler
- Kan kültürlerinden izole edilen escherıchıa colı ve klebsıella pneumonıae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz sıklığı
Frequency of esbl in e.coli and klebsiella pneumonia strains isolated from blood cultures
DERYA SAĞLAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN KILIÇ
- Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında vıtek-2, çift disk sinerji ve kombine disk yöntemi ile GSBL(genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ) araştırılması ve 3 testin karşılaştırılması
Investigation of esbl production (extended spectrum beta-lactamase) in escherichia coli and klebsiella pneumoniae strains by vitek-2, double disk synergy and combined disk methods, and comparison of the methods
MUSTAFA YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZNUR AK
- Kars yöresinde insanlarda üriner sistem enfeksiyonlarından izole edilen escherichia coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında CTX-m, tem ve SHV tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz aktivitesinin otomatize ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of CTX-M, tem and SHV TYPE extended spectrum beta-lactamase activity by automated and molecular methods in escherichia coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from urinary track infections in humans in Kars Region, Turkey
SİBEL DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH BÜYÜK
- Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli ve Klebsiella spp. suşlarında CTX-M enzim tiplerinin belirlenmesi
Detection of CTX-M enzymes in ESBLs (Extended-spectrum beta-lactamases)-producing Escherichia coli and Klebsiella spp. strains
ESRA DENİZ ÖGEDEY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiZonguldak Karaelmas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FÜSUN CÖMERT
- Escherichia coli, Klebsiella ve Acinetobacter suşlarında plazmit veya kromozomal kaynaklı genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığının araştırılması ve moleküler yönden incelenmesi
Molecular investigation of plasmid or chromosomal mediated extended spectrum beta-lactamases existance in Escherichia coli, Klebsiella and Acinetobacter strains
ELİF BURCU BALİ