Refolding kinetics of lysozyme: Nuclear magnetic resonance and molecular dynamics study of hen egg-white lysozyme
Lizozomun tekrar katlanma kinetiği: Tavuk beyazı lizozomunun nükleer manyetik rezonans ve moleküler dinamik çalışması
- Tez No: 197647
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CANAN BAYSAL, YRD. DOÇ. DR. ALPAY TARALP, PROF. DR. MİCHEL KOCH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyoloji, Biophysics, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
300-355 K dereceleri içerisinde gerçekle tirilen NMR grafik analizi ve molekülerdinamik (MD) simülasyonları , tavuk yumurtası beyazı lizozomu proteininin katlanma,bozulma ve jelle mesini inceleme amaçlı kullanıldı. lk olarak H1 deneyleri referans amaçlı 5mikrolitre asetonitril eklenen 10%D2O / 90%H2O çözeltisi ile hazırlanmı proteinörneklerinde gerçekle tirildi. Örnekler NMR algılayıcısı içerisine yerle tirilen örne insıcaklı ının artırılıp azaltılması ile bozulum ve katlanmaları sa lanarak, gerçek zamanlıyapısal de i ikliklere i aret eden tek boyutlu grafikler elde edildi. NMR deneyleri aynızamanda yüzeyi 13C-metil grupları ile zenginle tirilmi lizozom ile de gerçekle tirildi. Bununyanında lizozomun ısısal kaynaklı jelle mesi farklı miktarlardaki B1 vitamini ortamı modelalınarak incelendi. Bir enzim kofaktörü olan vitamin B1'le etkile ime giren protein, yükselensıcaklı a kar ı yüksek bir direnç kazandı. Protein yapısındaki, sıcaklık nedeniyle olu anyapısal de i iklikleri karakterize etmek ve protein ile yapılan çalı maların yönünü belirlemekamaçlı MD çalı maları gerçekle tirildi. Lizozomun çatısal yapısı, ısı kapasitesi, suyla temaseden yüzey analizi ve çözelti da ılım fonksiyonları 300-355K derecelerinde 2ns, 500Kderecesinde 4ns süren simülasyonlarla incelendi. Isı kapasitesi ile elde edilen sonuçlarınönceki çalı malarla uyum içinde oldu u; NMR deneyleri ile de gösterilen, bozuluma dirençnoktaları ve bozulum derecelerini gösterdi i görüldü.Genel olarak elde etti imiz sonuçlardan proteinlerin bozulum a amasında arayapılardan kaynaklanan ve deneysel yollarla beraber moleküler dinamik simülasyonları ile degörülebilecek özel bir iz ta ıdı ı sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
NMR spectral analyses and molecular dynamics (MD) simulations in the temperaturerange of 300-355K and at 500K were used to probe the unfolding, refolding and gelation ofnative hen egg-white lysozyme. In the first part, preliminary 1H experiments were conductedon samples that had been freshly dissolved in 10%D2O / 90%H2O and spiked withacetonitrile as reference. The samples were encouraged to unfold and refold by ramping thetemperature of the NMR probe, yielding real-time spectra that reflected changes of structure.NMR experiments were also performed on lysozyme that had been labeled along the surfacewith isotopically enriched 13C-methyl groups. Furthermore, the thermal gelation of egg-whitelysozyme was monitored in solution containing different amounts of vitamin B1 as modelincipient. Protein incubated with moderate amounts of vitamin B1, an established enzymecofactor, showed higher tolerance to the denaturing effects of elevated temperature. Incomparison, MD simulations were used to characterize the global changes of protein structureupon thermal treatment and served as a knowledge base to carry out subsequent NMRbackbone dynamics studies. The backbone dynamics of lysozyme were assessed using 2nsMD simulations between 300K 355K and 4ns for 500K, in which C-alpha fluctuation vector,relaxation times, heat capacity, accessible surface area and solution scattering functions werecompared against related experimental findings.In general, the results supported previous interpretations that a protein fingerprintexists, which make out distinct intermediates forming along the unfolding pathways.
Benzer Tezler
- Protein engineering applications on candida methylica formate dehydrogenase to elucidate folding mechanisms and to increase the thermostability
Protein mühendisliği ile candida methylica format dehidrogenaz enziminin katlanma mekanizmasının aydınlatılması ve termostabilitesinin arttırılması
EMEL ORDU
Doktora
İngilizce
2010
Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Çörekotu (Nigella sativa l.) lipaz enziminin stabilizasyonuna şekerlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
AYSUN AKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEM ÜSTÜN
- A study on kinetics of methane oxidative steam reforming (OSR) over Pt-Ni/δ-Al2O3 bimetallic catalysts
Bimetalik Pt-Ni/δ-Al2O3 katalizörleri üzerinde metanın oksidatif buhar reformlaması (OSR) kinetik çalışması
ELİF ERDİNÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ERHAN AKSOYLU
- Askorbik asidin fotosentize bozunma reaksiyonu kinetiğinin polarografik yöntemle incelenmesi ve reaksiyon sırasında oluşan hidrojen peroksidin polarografik olarak tayini
The Kinetics of photosensitized decomposition reactions of ascorbic acid and measuring the formation of hydrogen peroxide as a reaction product by polorographic technique
ÜLFET ŞANSAL