Türkiye yerli sığır ırklarının büyüme hormon geni polimorfizmi
Bovine growth hormone gene polymorphism in Turkish indigenous breeds
- Tez No: 197953
- Danışmanlar: PROF. DR. NUMAN ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Büyüme hormon gen polimorfizmi, Anadolu yerli sığır ırkları, PCR-RFLP.I, Bovine growth hormone gene polymorphism, Anatolian indigenous breeds, PCR-RFLP.II
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada PCR-RFLP yöntemi kullanılarak beş Anadolu yerli sığır ırkı ve bir kültür sığırırkının, büyüme hormon geni polimorfizmi bakımından gen ve genotipik frekansları belirlendi. Yerliırklardan Boz Irk (BI), Yerli Kara (YK), Yerli Sarı (YS), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) ve Kilis(Ki) sığırları ile egzotik bir ırk olan Siyah Alaca (SA) sığırlarından olmak üzere toplam 125 genomikDNA örneği alındı ve büyüme hormon geni polimorfizmi bakımından incelendi. Analizde Msp Ienzimi kullanıldı. RFLP işlemi sonucunda üç genotip elde edildi. Alleller birbirlerine kodominantolduklarından elde edilen genotipler AA, AB ve BB olarak harflendirildi. Tüm popülasyonlargenelinde AA genotipinin 0.31, AB genotipinin 0.63 ve BB genotipinin 0.06 frekanslarına sahipolduğu bulundu. Irklar düzeyinde ise AB genotipinin frekansının SA'da 0.95, Ki'de 0.85 ve DAK'da0.72'da görüldü. Beş Anadolu yerli ırkında BB genotipinin varlığına rastlandığı halde SA egzotikırkında hiç BB genotipine rastlanmadı. Tüm popülasyonlar genelinde A allelinin gen frekansı 0.628, Ballelinin gen frekansı 0.372 bulundu. Polimorfik allel (B) bakımından en yüksek frekansa (q) sırasıylaKi (0.525), SA (0.475) ve DAK(0.417) ırklarının sahip olduğu görüldü. Tüm ırklar için hesaplanangözlenen heterozigotluk (Ho), beklenen heterozigotluk (He) değerlerinden yüksek bulundu.Popülasyonların ortalama Ho değerinin (% 63) He (%47) değerinden yüksek oluşu popülasyonlarınyüksek genetik çeşitliliğini göstermesi bakımından önemli bulundu. Hardy-Weinberg dengesine göreKi ve SA popülasyonları dışındaki diğer popülasyonlar dengede bulundu (p<0.01 ve p<0.05). Yapılanistatistiksel analizde polimorfik allelin görülme sıklığının tesadüfi değil ırklara göre değiştiği bulundu(p=0.0209). Irkların polimorfik allel dağılımı bakımından birbirleri ile karşılaştırılması sonucunda Ki-YS, Ki-BI, SA-YS, SA-BI (p<0.01 ve p<0.05) ve DAK-BI (p<0.05) ırklarının birbirlerinden farklıoldukları görüldü. Ki ve SA ırkları q allel frekansı bakımından yüksek grupta yer aldı.Daha önce yapılan çalışmalarda q allelinin B. indicus'dan köken aldığı ve yüksek sütveriminden sorumlu olduğu bildirilmiştir. SA'nın ve yerli ırklarımızdan Ki ve DAK'ın diğer ırklaragöre daha yüksek oranda B. indicus genine sahip oldukları söylenebilir. Ki ve SA'nın diğer Anadoluırklarına göre yüksek süt verimine sahip olduğu bilinmektedir. Bu çalışma bireysel verim kayıtları ilebGH (sığır büyüme hormonu) genindeki polimorfizmler arasındaki ilişkinin incelenebilir olduğunugösteren bir ön çalışma niteliğindedir.Bu çalışma Anadolu yerli sığır ırklarının ve egzotik bir ırk olan SA ırkının bGH gen lokusubakımından genetik çeşitliliğini ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
In the present study it was determined that genotype and allele frequencies for bovine growthhormone gene polymorphisms of five Turkish indigenous breeds and one exotic breed by PCR-RFLPmethodology. A total of 125 genomic DNA isolated from five Anatolian breeds (YK-Anatolian Black,BI-Anatolian Grey, Ki- Kilis, AS- Anatolian Yellow, DAK- East Anatolian Red) and one exotic breed(SA-Siyah Alaca) were genotyped for bGH gene polymorphism. Three genotypes were obtained to theresult of Msp I digestion. Both alles was codominant so genotypes were entitled as AA, AB and BB.AB genotype was predominant when considered whole populations mean (0.63). Three breeds hadhigher frequency with regard to AB genotype (SA (0.95), Ki (0.85) and DAK (0.72)). BB genotypehad the lowest frequency among populations (0.06). Although all the Anatolian breeds had BBgenotype, it was absent in SA population. Overall allele frequencies of A and B were 0.628 and 0.372,respectively. The frequency of allele q in Ki (0.525), SA (0.475) and DAK (0.417) breeds was higherthan other breeds. The observed heterozygosity (Ho) was higher than the expected heterozygosity (He)for all of the breeds and for the population as a whole, Ho was above He (with a mean of 63 versus 47%), reflecting the elevated genetic variability in those populations. All of the populations were inaccordance with HWE, except Ki and SA (p<0.01 and p<0.05). Statistical results showed that genefrequency of allele B was depend on breeds (p=0.0209). There was a significant association betweenpolymorphic allele (B) frequency and breeds. There were differences between Ki-AS, Ki-BI, SA-AS,SA-BI (p<0.01 and p<0.05) and DAK-BI (p<0.05) breeds when they were compared forpolymorphism. Ki and SA were differed from other breeds and took place in with high frequencygroup according to comparison result.In the previously studies, it was shown that B allele was orginated from B. indicus andresponsible for high milk production. It could be said that those three breeds (Ki, SA and DAK) hadhigher proportion of B. indicus genes than others. It was known that Ki and SA breeds had highermilk production than others, as well. That study showed that it was worth to research associationbetween milk traits and bGH locus polymorphism in another study.The present study showed that genetic variations of five Anatolian indigenous breeds and oneexotic breed (SA) for bGH gene polymorphism.
Benzer Tezler
- Doğu Anadolu Kırmızısı, Güney Anadolu Kırmızısı ve Boz ırk sığırlarda büyüme hormonu reseptör geni polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of growth hormone receptor gene polymorphisms in East Anatolian Red cattle, South Anatolian Red cattle and Turkish Grey cattle
IRAZ AKIŞ
Doktora
Türkçe
2009
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiVeterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET MENGİ
- Güney Anadolu Kırmızısı ve Doğu Anadolu Kırmızısı ırkı sığırlarda büyüme hormonu salgılatıcı hormonu ve reseptörü genlerinin polimorfizmlerinin belirlenmesi.
Determination of growth hormone-releasing hormone and receptor genes polymorphisms in South Anatolian Red and East Anatolian Red Cattle Breeds
MUSTAFA EKEN
Doktora
Türkçe
2010
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiVeterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLHAN TÜRKAY HOŞTÜRK
- Türkiye yerli sığır ırklarında genetik çeşitlilik ve seleksiyon izlerinin yüksek yoğunlukta SNP verilerle değerlendirilmesi
Evaluation of genetic diversity and selection signatures in native Turkish cattle breeds via high-density SNP data
EYMEN DEMİR
- Akkaraman koyun ıslahında bazı veri madenciliği metotlarının kullanımı
Use of some data mining methods in akkaraman sheep breeding
ŞÜKRÜ DOĞAN
- Türkiye'deki yerli sığır ırklarının mikrosatellit DNA markırlarla genetik karakterizasyonu
The genetic characterization of Turkish native cattle breeds using micrisatellite DNA markers
ADEM ALTINALAN