Geri Dön

Analysis of hot spots in protein-protein interactions

Protein etkileşimlerindeki sıcak noktaların analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 198572
  2. Yazar: SABRİ BORA ERDEMLİ
  3. Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. METİN TÜRKAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Biophysics, Bioengineering, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Öğrencinin Adı : Sabri Bora ErdemliTez Başlığı : Protein Etkileşimlerindeki Sıcak Noktaların AnaliziÖzetProteinler genellikle bir araya gelerek protein kompleksleri oluşturup bu karşılıklı işbirliğisayesinde fonksiyonlarını yerine getirirler. Neredeyse hücresel faaliyetlerin her aşaması proteinetkileşimleri sayesinde gerçekleşmektedir. Hücredeki organellerin yapılarının oluşumu, biyolojikzarlardan maddelerin transferi ve sinyal nakli bunlara örnek olarak sayılabilir. Bu tez çalışmasınınamacı protein-protein etkileşimlerindeki sıcak nokta adı verilen enerji yönünden önemli olan aminoasitlerin incelenmesidir. Bunun için 4 farklı gruba ait olan 14 değişik protein kompleksinin molekülerdinamik analizi yapıldı. Sıcak noktaların ve protein ara yüzlerindeki diğer amino asitlerin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri yan zincirlerinin esnekliğine göre karakterize edildi. Neredeyse bütünkompleks gruplarının ara yüzlerinde hidrofobik amino asitlerin baskın oldukları görüldü. İkinci enbüyük etkiye ise aromatik amino asitlerin sahipti. Tyr, Ser, Phe, Gly ve Thr protein ara yüzlerindediğer amino asitlere göre daha sık olarak karşılaşıldı. Sıcak noktaların diğerlerine göre protein arayüzlerinde daha gömülü ve daha az esnek oldukları görüldü. Fakat bu iki grup amino asidin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri arasında hiçbir fark gözükmedi. Bu çıkarımlar protein-proteinetkileşimlerinin anlaşılmasında ve kenetlenme algoritmalarının geliştirilmesinde önemli bir roloynayacaktır.

Özet (Çeviri)

Name of the Student : Sabri Bora ErdemliThesis Title : Analysis of Hot Spots in Protein - Protein InteractionsAbstractProteins generally function through reciprocal cooperation; they bind together intoprotein complexes and help each other fulfill their functions. Almost every level of cell functionis established by protein-protein interactions including formation of structure in cellularorganelles, the transport entities across the various biological membranes and signal transduction.The objective of this thesis is to investigate the role of energetically important residues called?hot spots? in protein associations. For this purpose 14 different complexes belonging to 4different complex types are analyzed. Molecular dynamics simulations are performed over theseprotein complexes. Hot spots and non hot spot residues in the interfaces are characterized withrespect to their flexibility and hydrogen bond forming ability. Interfaces are dominated byhydrophobic residues in almost all types of complexes. Then the second contribution is fromresidues that have aromatic side chains. Tyr, Ser, Phe, Gly and Thr are more frequent as hot spotresidues than the other residues in the interfaces. Hot spots are found to be more buried than therest of the interface. It is observed that the hot spot residues exhibit less mobility than the rest ofthe interface residues. The hydrogen bond formation ability of the hot spots is not significantlydifferent from the others. These findings should be very important in understanding protein -protein interaction and development of docking algorithms.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    270053

    Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions

    Protein-protein etkileşimlerinin çoklu ölçekte analizi ve tahmini

    NURCAN TUNÇBAĞ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

  2. Tez No

    286942

    Hot regions in protein?protein interactions and analysis of hot region distribution in hub proteins

    Protein-protein etkileşimlerinde sıcak bölgeler ve merkez düğümlerdeki sıcak bölge dağılımlarının incelenmesi

    ENGİN ÇUKUROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoistatistikKoç Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM KESKİN

  3. Tez No

    521380

    Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms

    Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi

    EMİNE SILA ÖZDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

  4. Tez No

    401193

    Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy

    Başlık çevirisi yok

    GÜNNUR GÜLER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-Universität

    PROF. DR. WERNER MANTELE

  5. Tez No

    270057

    Structural and biochemical analysis of interaction of mCRY2 with mBMAL1

    mCRY2 ve mBMAL1 etkileşiminin yapısal ve biyokimyasal analizi

    İBRAHİM GÜR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI

Geri Dön