Analysis of hot spots in protein-protein interactions
Protein etkileşimlerindeki sıcak noktaların analizi
- Tez No: 198572
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. METİN TÜRKAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Biophysics, Bioengineering, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Öğrencinin Adı : Sabri Bora ErdemliTez Başlığı : Protein Etkileşimlerindeki Sıcak Noktaların AnaliziÖzetProteinler genellikle bir araya gelerek protein kompleksleri oluşturup bu karşılıklı işbirliğisayesinde fonksiyonlarını yerine getirirler. Neredeyse hücresel faaliyetlerin her aşaması proteinetkileşimleri sayesinde gerçekleşmektedir. Hücredeki organellerin yapılarının oluşumu, biyolojikzarlardan maddelerin transferi ve sinyal nakli bunlara örnek olarak sayılabilir. Bu tez çalışmasınınamacı protein-protein etkileşimlerindeki sıcak nokta adı verilen enerji yönünden önemli olan aminoasitlerin incelenmesidir. Bunun için 4 farklı gruba ait olan 14 değişik protein kompleksinin molekülerdinamik analizi yapıldı. Sıcak noktaların ve protein ara yüzlerindeki diğer amino asitlerin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri yan zincirlerinin esnekliğine göre karakterize edildi. Neredeyse bütünkompleks gruplarının ara yüzlerinde hidrofobik amino asitlerin baskın oldukları görüldü. İkinci enbüyük etkiye ise aromatik amino asitlerin sahipti. Tyr, Ser, Phe, Gly ve Thr protein ara yüzlerindediğer amino asitlere göre daha sık olarak karşılaşıldı. Sıcak noktaların diğerlerine göre protein arayüzlerinde daha gömülü ve daha az esnek oldukları görüldü. Fakat bu iki grup amino asidin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri arasında hiçbir fark gözükmedi. Bu çıkarımlar protein-proteinetkileşimlerinin anlaşılmasında ve kenetlenme algoritmalarının geliştirilmesinde önemli bir roloynayacaktır.
Özet (Çeviri)
Name of the Student : Sabri Bora ErdemliThesis Title : Analysis of Hot Spots in Protein - Protein InteractionsAbstractProteins generally function through reciprocal cooperation; they bind together intoprotein complexes and help each other fulfill their functions. Almost every level of cell functionis established by protein-protein interactions including formation of structure in cellularorganelles, the transport entities across the various biological membranes and signal transduction.The objective of this thesis is to investigate the role of energetically important residues called?hot spots? in protein associations. For this purpose 14 different complexes belonging to 4different complex types are analyzed. Molecular dynamics simulations are performed over theseprotein complexes. Hot spots and non hot spot residues in the interfaces are characterized withrespect to their flexibility and hydrogen bond forming ability. Interfaces are dominated byhydrophobic residues in almost all types of complexes. Then the second contribution is fromresidues that have aromatic side chains. Tyr, Ser, Phe, Gly and Thr are more frequent as hot spotresidues than the other residues in the interfaces. Hot spots are found to be more buried than therest of the interface. It is observed that the hot spot residues exhibit less mobility than the rest ofthe interface residues. The hydrogen bond formation ability of the hot spots is not significantlydifferent from the others. These findings should be very important in understanding protein -protein interaction and development of docking algorithms.
Benzer Tezler
- Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions
Protein-protein etkileşimlerinin çoklu ölçekte analizi ve tahmini
NURCAN TUNÇBAĞ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Hot regions in protein?protein interactions and analysis of hot region distribution in hub proteins
Protein-protein etkileşimlerinde sıcak bölgeler ve merkez düğümlerdeki sıcak bölge dağılımlarının incelenmesi
ENGİN ÇUKUROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM KESKİN
- Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms
Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi
EMİNE SILA ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy
Başlık çevirisi yok
GÜNNUR GÜLER
Doktora
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-UniversitätPROF. DR. WERNER MANTELE
- Structural and biochemical analysis of interaction of mCRY2 with mBMAL1
mCRY2 ve mBMAL1 etkileşiminin yapısal ve biyokimyasal analizi
İBRAHİM GÜR
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI