Geri Dön

Patikaweb: A web service for accessing and visualizing pathway data in patika database

Patikaweb: Patika veritabanındaki yolak verisine erişmek ve görüntülemek için ağ hizmeti

PDF İndir

  1. Tez No: 199029
  2. Yazar: EMİNE ZEYNEP ERSON
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Bioinformatics, pathway visualization, complex view management, Web service
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Insan Genome Proje'sinin tamamlanmasının ardından, biyolojik sistem veri-lerinde ustsel bir artış oldu. Fazla sayıdaki ontoloji, standart ve araş yaratabilmeü s ccşabalarına rağmen, mevcut biyo-enformatik yapısı bu verilerin karmaşıklığı ileg sgmücadele etmekten şok uzaktır. Patika Projesi topluluğa hücresel işlemleri mod-u c gu sellemek, şüzümlemek ve birleştirmek işin tümleşik bir ortam sağlamayı amaşlar.co u s c u s g cPatika projesi Patika veritabanındaki veriye ulaşılmasını, şüzümlenmesinis co uve gürüntülenmesini sağlayan yazılım araşları sağlamaktadır.ou u g c g Bu tezde,Patikaweb isimli ağ tabanlı, kullanışlı, kayıt, yükleme gerektirmeyen yazılımg s uaracının tasarım ve uygulanmasını sunmaktayız. Gelişmiş veri şüzümlemess co uolanağını sağlamak işin, Patikaweb iki seviyede şoklu gürüntü olanağı, molekülerg g c c ou u g ukomplekslerin, yolakların ve kara kutu reaksiyonların gürüntülenmesi işin bileşikou u c sşizge sağlamakta ve kompartmanları desteklemektedir.c gSorgulama bileşeni, geribildirimli düngüleri, ortak hedef ve düzenleyici veyas ou ukullanıcının ilgili genine dayalı ilgili alt şizgeleri bulmak işin hem SQL benzeric csorguları hem de şizge kuramsal sorgu dizilerini destekler. Oluşturulan mod-c seller XML formatında saklanabilir; BioPAX, SBML gibi standart bişimlere ak-ctarılabilir veya sabit gürüntülere şevirilebilir. Patikaweb fazla etkileşimli veou u c skullanışlı sorgulama arayüzünü destekler.s uuuYolak araştırmalarında, karmaşık bilginin gürsel olarak güsterimi kritik birs s o orol oynamaktadır. Kullanışlı bir arayüz oluşturmaya şalışırken bilgi doğrus u s cs golarak, mümkün olan en geniş kapsamla güsterilmelidir. Bu tezde, aynı zamandauu s okarmaşık yolak bilgisini gürselleştirmede ontoloji ve şizgesel güsterimden kay-s o s c onaklanan sınırlamalarla mücadele eden yeni bir yaklaşım sunmaktayız.u sPatikaweb'in benzersiz gürselleştirme ve sorgulama olanakları ile, şu andao s siiiiimevcut araşlar ve veritabanları havuzunda ünemli bir boşluk doldurmaktadır.c o sAnahtar süzcükler :ou Biyo-enformatik, yolak gürsellenmesi, karmaşık gürüntüo s ou uidaresi, ağ hizmeti.g

Özet (Çeviri)

After completion of Human Genome Project, there has been an exponential in-crease in the available biological data. Although there has been an enormous ef-fort for creating ontologies, standards and tools, current bioinformatics infrastruc-ture is far from coping with this data. The Patika Project aims to provide thecommunity an integrated environment for modeling, analyzing and integratingcellular processes.Patika project develops software tools providing access, visualization andanalysis on the data in Patika database. In this thesis, we present analysis, de-sign and implementation of Patikaweb, a Web-service having a user-friendly in-terface without requiring any registrations, installations. To achieve an enhanceddata analysis , Patikaweb provides a multiple-view schema , compartments andcompound graphs for visualizing molecular complexes, pathways and black-boxreactions.Querying component supports SQL-like queries and an array of graph-theoretic queries for finding feedback loops, common targets and regulators, orinteresting subgraphs based on user?s genes of interest. Constructed models canbe saved in XML, exported to standard formats such as BioPAX, SBML or con-verted to static images. A highly interactive and user friendly querying interfaceis supported with Patikaweb.Visual representation of complex information in pathway research is very im-portant. The information should be presented with high coverage, while providinga user friendly interface. In this thesis we also present a new approach to visualizecomplex pathway information coping with the limitations introduced by ontologyand graphical representation.iiiiiPatikaweb ?s unique visualization and querying features fill an important gapin the pool of currently available tools and databases.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    255978

    Causality analysis in biological networks

    Biyolojik ağlarda nedensellik analizi

    ÖZGÜN BABUR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

    DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ

Geri Dön