Patikaweb: A web service for accessing and visualizing pathway data in patika database
Patikaweb: Patika veritabanındaki yolak verisine erişmek ve görüntülemek için ağ hizmeti
- Tez No: 199029
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Bioinformatics, pathway visualization, complex view management, Web service
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Insan Genome Proje'sinin tamamlanmasının ardından, biyolojik sistem veri-lerinde ustsel bir artış oldu. Fazla sayıdaki ontoloji, standart ve araş yaratabilmeü s ccşabalarına rağmen, mevcut biyo-enformatik yapısı bu verilerin karmaşıklığı ileg sgmücadele etmekten şok uzaktır. Patika Projesi topluluğa hücresel işlemleri mod-u c gu sellemek, şüzümlemek ve birleştirmek işin tümleşik bir ortam sağlamayı amaşlar.co u s c u s g cPatika projesi Patika veritabanındaki veriye ulaşılmasını, şüzümlenmesinis co uve gürüntülenmesini sağlayan yazılım araşları sağlamaktadır.ou u g c g Bu tezde,Patikaweb isimli ağ tabanlı, kullanışlı, kayıt, yükleme gerektirmeyen yazılımg s uaracının tasarım ve uygulanmasını sunmaktayız. Gelişmiş veri şüzümlemess co uolanağını sağlamak işin, Patikaweb iki seviyede şoklu gürüntü olanağı, molekülerg g c c ou u g ukomplekslerin, yolakların ve kara kutu reaksiyonların gürüntülenmesi işin bileşikou u c sşizge sağlamakta ve kompartmanları desteklemektedir.c gSorgulama bileşeni, geribildirimli düngüleri, ortak hedef ve düzenleyici veyas ou ukullanıcının ilgili genine dayalı ilgili alt şizgeleri bulmak işin hem SQL benzeric csorguları hem de şizge kuramsal sorgu dizilerini destekler. Oluşturulan mod-c seller XML formatında saklanabilir; BioPAX, SBML gibi standart bişimlere ak-ctarılabilir veya sabit gürüntülere şevirilebilir. Patikaweb fazla etkileşimli veou u c skullanışlı sorgulama arayüzünü destekler.s uuuYolak araştırmalarında, karmaşık bilginin gürsel olarak güsterimi kritik birs s o orol oynamaktadır. Kullanışlı bir arayüz oluşturmaya şalışırken bilgi doğrus u s cs golarak, mümkün olan en geniş kapsamla güsterilmelidir. Bu tezde, aynı zamandauu s okarmaşık yolak bilgisini gürselleştirmede ontoloji ve şizgesel güsterimden kay-s o s c onaklanan sınırlamalarla mücadele eden yeni bir yaklaşım sunmaktayız.u sPatikaweb'in benzersiz gürselleştirme ve sorgulama olanakları ile, şu andao s siiiiimevcut araşlar ve veritabanları havuzunda ünemli bir boşluk doldurmaktadır.c o sAnahtar süzcükler :ou Biyo-enformatik, yolak gürsellenmesi, karmaşık gürüntüo s ou uidaresi, ağ hizmeti.g
Özet (Çeviri)
After completion of Human Genome Project, there has been an exponential in-crease in the available biological data. Although there has been an enormous ef-fort for creating ontologies, standards and tools, current bioinformatics infrastruc-ture is far from coping with this data. The Patika Project aims to provide thecommunity an integrated environment for modeling, analyzing and integratingcellular processes.Patika project develops software tools providing access, visualization andanalysis on the data in Patika database. In this thesis, we present analysis, de-sign and implementation of Patikaweb, a Web-service having a user-friendly in-terface without requiring any registrations, installations. To achieve an enhanceddata analysis , Patikaweb provides a multiple-view schema , compartments andcompound graphs for visualizing molecular complexes, pathways and black-boxreactions.Querying component supports SQL-like queries and an array of graph-theoretic queries for ï¬nding feedback loops, common targets and regulators, orinteresting subgraphs based on user?s genes of interest. Constructed models canbe saved in XML, exported to standard formats such as BioPAX, SBML or con-verted to static images. A highly interactive and user friendly querying interfaceis supported with Patikaweb.Visual representation of complex information in pathway research is very im-portant. The information should be presented with high coverage, while providinga user friendly interface. In this thesis we also present a new approach to visualizecomplex pathway information coping with the limitations introduced by ontologyand graphical representation.iiiiiPatikaweb ?s unique visualization and querying features ï¬ll an important gapin the pool of currently available tools and databases.
Benzer Tezler
- Anlamsal uzaklık bulma algoritmalarının incelenmesi ve anlamsal patika bulma algoritmasının geliştirilmesi
Examination of semantic distance finding algorithms and implementation of semantic path finding algorithm
BUKET ÖKSÜZOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT OSMAN ÜNALIR
- Alt ontoloji çıkarma yöntemlerinin incelenmesi ve anlamsal ilintililik tabanlı bir alt ontoloji çıkarma yönteminin geliştirilmesi
Examination of sub-ontology extraction methods and development of a semantic relatedness based sub-ontology extraction method
CEMİL ABİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT OSMAN ÜNALIR
- Bayesian network based pathway analysis of high throughput biological data
Yüksek çıktılı biyolojik verilerin bayes ağları kullanılarak patika düzleminde analizi
MELİKE KORUCUOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ARZUCAN ÖZGÜR
YRD. DOÇ. DR. HASAN HÜSEYİN OTU
- Turkey's green economic transformation and energy efficiency of buildings in İzmir
Türkiye'nin yeşil ekonomik dönüşümü ve İzmir'deki binaların enerji verimliliği
MERVE SEREN GÜLTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
EnerjiYaşar ÜniversitesiUluslararası İlişkiler (ingilizce) Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE İŞERİ
DOÇ. DR. DEFNE GÜNAY ULUBAY
- Causality analysis in biological networks
Biyolojik ağlarda nedensellik analizi
ÖZGÜN BABUR
Doktora
İngilizce
2010
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ