Functional characterization of Loc115098: A novel gene conserved in eukaryotic genomes
Ökaryotik canlılarda korunmuş olan Loc115098 geninin işlevsel tanımlandırılması
- Tez No: 199485
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
Loc115098 ilk kez tarafımızdan bulunmuş bir gendir. lk defa bu genin komşusu olanNIS (Sodyum-Iyot Simporter) geninin anlatımından sorumlu cis kontrol bölgelerininaydınlatılması amacıyla yapılan bir çalışma sırasında bulunmuştur. Bu gen 4 eksondanmeydana gelmektedir. Bioınformatik analizlerden faydalanarak yaptığımız araştırmalarbu genin oldukça ilginç özelliklere sahip olduğunu gösterdi, örneğin proteinin yapısıgenel olarak pozitif yüklü amino asitlerden oluşuyor, çekirdek sinyali taşıyor veökaryotik organizmalarda oldukça korunmuş bir şekilde bulunuyor. Bizim bu çalışmadakiamacımız bu genin işlevini anlamaktı. Bu nedenle öncelikle farklı dokularda bu geninifadesi olduğunu teyid ettik. Sonra bu proteinin hücre içersindeki konumunu anlamak içinçalışmalar yaptık. Sonuçlar, bu proteinin hücre döngüsü kontrolüyle ilgili bir işleve sahipolabileceği hipotezini kurmamızı sağladı. Bunun üzerine çalışmalarımızı sürdürmekamacıyla loc115098 geninin homoloğunu taşıyan daha düşük bir ökaryot olan Aspergillusnidulans'ı seçtik. Bu organizma bizim çalışmalarımız açısından oldukça kullanışlıydıçünkü hem loc115098 geninin çok benzer bir homoloğunu taşıyordu hem de bir modelorganizma olarak genetik araştırmalarda sıklıkla kullanılıyordu. Öncelikle loc115098geninin anlatımını çeşitli hücre döngüsü mutasyonlarına sahip olan A. nidulans ırklarındave doğal (wild type) ırkta karşılaştırmalı olarak inceledik. Bu çalışmanın sonucu bizemutant olan ırkların yaşamalarına müsaade etmeyen sıcaklık derecelerinde loc115098ifadesinin azaldığını gösterdi. Aynı zamanda bu organizma ile de LOC115098 proteininhücre içindeki konumlanışını araştırdık ve sonuç bize bu proteinin çoğunluklasitoplazmada bazen de çekirdeğin etrafını saracak şekilde bulunduğunu gösterdi. AyrıcaDouble-Joint PCR adı verilen oldukça sofistike bir metoddan faydalanarak knock-outçalışmalar yaptık ve ilk elde ettiğimiz sonuçlar bize bu genin, hücrenin yaşamsalolaylarından sorumlu bir işleve sahip olabileceğini gösterdi çünkü bu genin knock-outedildiği durumlarda canlının yaşadığı örneklere hiç rastlamadık. Loc115098 genininişlevini aydınlatmaya dair çalışmalarımız halen devam ediyor.
Özet (Çeviri)
Loc115098 is a newly identified gene in our laboratory. The gene was firstly discoveredin an unrelated study in which the cis-acting regulatory elements of a neighboring geneNIS (Sodium-Iodide Symporter) were investigated. It is composed of 4 exons. Accordingto the computational predictions, it has rather interesting features such as having acomposition of mostly charged amino acids, carrying a nuclear localization signal andbeing well conserved throughout the eukaryotic kingdom. Our aim in this study was tounderstand the function of this new gene. Firstly we confirmed that it is expressed inseveral different tissues, later we conducted a subcellular localization study whose resultsled us to hypothesize that the function of loc115098 could be related to cell cycleregulation. According to our hypothesis we decided to utilize a lower eukaryote carryinga human homologue of loc115098 which we selected to be Aspergillus nidulans. It was avery useful model organism for our study not only because it carries a very similarhomologue of loc115098 but also it is an easily handled organism which is widely usedfor genetic studies. Firstly we compared the expression profile of loc115098 in severalcell cycle mutants of A. nidulans as well as a wild type strain, the results indicated thatthe expression of loc115098 decreases in the restrictive temperature of cell cycle mutantstrains. We also conducted subcellular localization studies in A. nidulans and the resultsindicated that it was mostly cytoplasmic and sometimes perinuclear. Our other aim was toutilize A. nidulans as a model for our knock-out experiments. We designed a knock-outsystem by the help of a sophisticated method called Double-Joint PCR. Our first attemptssupported that the knock-out of loc115098 was likely to cause lethality in the organismand therefore we improved our system to conditionally knock out the gene. Ourpreliminary results indicated that the knock out of loc115098 causes cell death and wesuspect that it could be due to a damage in one of the crucial metabolic events for cellviability such as mitosis. Our attempts to functionally characterize the function ofloc115098 are currently going on.
Benzer Tezler
- Functional characterization of 15-lipoxygenase-1 expression in human colorectal carcinoma cell line HT-29
15-lipoksijenaz-1 ifadesinin HT-29 kolorektal kanser hücrelerinde fonksiyonel karakterizasyonu
SEDA TUNÇAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Functional characterization of human UDP-glucuronosyltransferase 1A5 (UGT1A5): expression systems and structure-function
Başlık çevirisi yok
LEYLA KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Eczacılık ve FarmakolojiFlinders UniversityProf. JOHN O MINERS
Prof. PETER I MACKENZIE
- Functional characterization of p.Ser420Phe CRY2 variant
P.Ser420Phe CRY2 varyantının işlevsel karakterizasyonu
GİZEM ÇAĞLA PARLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Bebeklerden izole edilen lactobacillus spp.'nin fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
Functional characterization of lactobacillus spp. isolated from infant
NAZAN TOKATLI DEMİROK
Doktora
Türkçe
2014
Gıda MühendisliğiNamık Kemal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET ARICI
- Functional characterization of rib-repressing activity of hox pg10 proteins
Başlık çevirisi yok
ÖZLEM AYBÜKE ISIK
