Analyzes and WEB interfaces for protein subcellular localization and gene expression data
Protein hücre içi yerleşim ve gen ifadesi verileri için analizler ve örün arayüzleri
- Tez No: 199486
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN-ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: protein subcellular localization prediction, microarray gene expression, eukaryotic model organisms, web interface and database, proteome.iv
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Moleküler biyolojideki son gelişmelerle ortaya cıkan büyük olşekli verilerden enu s ş u u ücyüksek oranda yararlanabilmek işin bunlarla organize şekilde ilgilenmek; veri-u c stabanları, arayüzler, veri gürüntüleme ve yorumlama araşları geliştirmek gerek-u ou u c smektedir. Protein hücre işi yerleşimi ve mikrodizi gen anlatım ifadesi deneyselu c sbiyolojici işin bir yol haritası olmadan once yoğun hesaplamalar gerektiren ikic ü galandır. Protein hücre işi yerleşimi protein işlevini aşıklamak aşışından ünemlidir.u c s s c cs oBu şalışmada, MEP2SL (model organisms proteome subcellular localizationcsdatabase) adında, model organizmaların tüm proteinleri işin kendini güncelleyenu c uaranabilir ve verileri bilgisayara aktarılabilir bir veritabanı yapılmıştır. Bu verita-sbanı, dokuz cokhücreli organizma işin bilinen deneysel yerleşim bilgisinin yanısıraş u c stahmine dayalı yerleşim bilgilerini barındırmaktadır. MEP2SL tahmine dayalısyerleşim sonuşları yüksek verimli deneysel maya yerleşim bilgileriyle uyumlu-s c u sluk güstermektedir. Ayrıca iki farklı veri kümesinde dürt farklı yerleşim tahmino u o saracı doğruluk oranlarına güre daha iyi sonuşlar vermektedir. Bu bulgular güzg o c oouününe alındığında MEP2SL sistemi pek cok arama, verileri bilgisayara aktarmag şseşeneği yanısıra daha fazla bilgiye yünelik araşları ve bağlantılarıyla berabercg o c gprotein hücre işi yerleşim bilgisi işin bir referans kaynağı olabilecek niteliktedir.u c s c gMikrodizi teknolojisi tüm genomun aynı anda incelenmesi işin uygun bir ortamu chazırlamaktadir. Bu calışmada Aï¬ymetrix HG-U133 Plus 2.0 dizileri işin DEGşs c(diï¬erentially expressed genes) adında, analiz ve veri geri aktarımı arayüzlerine usahip, ürün uzerinde kurulabilen ve aşık kaynak kodlu ayrımsal gen ifadeleri veri-ou ü ctabanı kurulmuştur. DEG, veritabanı ile tamamlanması sonucu sürekli veri depo-s ulamaya imkan sağlar. Ayrıca orün uzerine kurulabilme ozelliğiyle verilerini ortakg üu ü ü gerişime aşık sunuculara gündermek istemeyen kullanıcılar işin yararlı bir araştır.s c o c cAnahtar süzcükler : protein hücre işi yerleşimi üngürüsü, mikrodizi gen ifadesi,ou u c s o ouuşok hücreli model organizmalar, orün arayüzü ve veritabanı, proteom.c u üu uuv
Özet (Çeviri)
In order to beneï¬t maximally from large scale molecular biology data gener-ated by recent developments, it is important to proceed in an organized mannerby developing databases, interfaces, data visualization and data interpretationtools. Protein subcellular localization and microarray gene expression are twoof such ï¬elds that require immense computational eï¬ort before being used asa roadmap for the experimental biologist. Protein subcellular localization is im-portant for elucidating protein function. We developed an automatically updatedsearchable and downloadable system called model organisms proteome subcellu-lar localization database (MEP2SL) that hosts predicted localizations and knownexperimental localizations for nine eukaryotes. MEP2SL localizations highly cor-related with high throughput localization experiments in yeast and were shownto have superior accuracies when compared with four other localization predic-tion tools based on two diï¬erent datasets. Hence, MEP2SL system may serve asa reference source for protein subcellular localization information with its inter-face that provides various search and download options together with links andutilities for further annotations. Microarray gene expression technology enablesmonitoring of whole genome simultaneously. We developed an online installablesearchable open source system called diï¬erentially expressed genes (DEG) thatincludes analysis and retrieval interfaces for Aï¬ymetrix HG-U133 Plus 2.0 ar-rays. DEG provides permanent data storage capabilities with its integration intoa database and being an installable online tool and is valuable for groups whoare not willing to submit their data on public servers.
Benzer Tezler
- In silico karşılaştırmalı analizler için açık kaynaklı proteomiks platformu
An open source proteomics platform for in silico comparative analysis
ERDEM TÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBilişim Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ ETHEM SÜZEK
- Proteinlerin yapısal özelliklerinin ve dinamik davranışlarının veri madenciliği, bilgisayar grafikleri, web teknolojileri kullanılarak analiz edilmesini ve görselleştirilmesini sağlayacak platform bağımsız web-uygulaması geliştirilmesi
Developing platform independent web-application is to analyse and visualize protein's structural qualities and dynamic behaviours by using data mining, computer graphics and web technologies
ŞEYMA YAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN KAYA
PROF. DR. AHMET ARSLAN
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Detection of immune targetable cancer biomarkers in the cancer genome atlas datasets
Kanser genom atlası veri setlerinde bağışıklıkla hedeflenebilen kanser bı̇yobelı̇rteçlerı̇nı̇n tespiti
TALİP ZENGİN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Investigation of the effects of the bag-1 – hsc70/hsp70 interaction on the bag-1 complexes in erad mechanism and ubiquitin/proteasome system
Bag-1 – hsc70/hsp70 etkileşiminin erad yolağı ve ubikitin/proteazom sistemindeki bag-1 komplekslerine olan etkisinin incelenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY