Systems biology of yeast signal transduction
Maya sinyal iletiminin sistem biyolojisi
- Tez No: 200271
- Danışmanlar: PROF.DR. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 242
Özet
Bir hücresel aktivitenin gerçeklesmesine katkıda bulunan protein gruplarını temsil eden protein etkilesim ağyapılarının olusturulması, sinyal iletim yolizleri üzerine gerçeklestirilen kantitatif çalısmalar için anahtar basamaktır. Bu çalısmada, protein-protein etkilesim, gen anlatım verileri ve Gen Ontoloji açıklamalarının bütünlestirilmesi yoluyla yüksek-bağıntılı bir protein etkilesim ağyapının olusturulmasını ve analizini sağlayacak yeni bir çatı sunulmustur. Bu ağyapı, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde sinyal iletim mekanizmaları için aday proteinlerden olusmaktadır. Ağyapı içerisindeki mümkün olan tüm doğrusal yolizlerin saptanması ve puanlanması, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde faaliyet gösteren iki glikoz algı-sinyal ileti ve dört MAPK sinyal ileti yolizine ait model ağyapıların olusturulmasına olanak sağlamıstır. Bu model ağyapılar içerisinde, yolizlerinin hemen hemen tüm bilinen bilesenlerinin saptanması, yolizlerinin olusturulmasındaki basarıyı göstermektedir ve böylece bu yolizleri için bir takım yeni aday proteinler önerilebilmistir. ?lgili sinyal ileti bilesenlerini birbirine ve komsu ağyapılara bağlayan yüksek-puanlı fiziksel ve islevsel bağlantıları içeren ayrıntılı bir harita hazırlanmıstır. Biyomoleküler ağyapıların topolojik özelliklerinin tespitini sağlayacak yeni ve etkin bir algoritma gelistirilmistir. Buna ek olarak, oyun teorisi kavramlarının biyoinformatiğe uyarlanması yoluyla MAPK sinyal ileti yolizlerinin tasarım ilkelerinin anlasılmasına çalısılmıstır. Sinyal ileti proteinlerinin topolojik özelliklerine göre sınıflandırılması ile birlikte sinyal iletimindeki hiyerarsik örgütlenme de incelenmistir. ?saretçi GO terimleri, yapılan sınıflandırma ve protein islevselliği arasındaki bağıntıyı isaret etmis ve islevselliğin örgütlenmesi bir katman ayrıstırma tekniği kullanılarak ilaveten incelenmistir. Gen anlatım kontrolü ile bütünlestirilmis protein-protein etkilesim ağyapısında, düzenleyici motif ve yüksek-mertebeli modüllerin belirlenmesi için yeni bir teknik gelistirilmistir. Birbirine bağlı bu modüllerden olusan kümeler, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde etkin olan birtakım düzenleyici mekanizmaları isaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Reconstruction of protein interaction networks that represent groups of proteins contributing to the same cellular function is a key step towards quantitative studies of signal transduction pathways. In the present study, through integration of protein-protein interaction data, gene expression data, and Gene Ontology annotations, a novel framework is presented for reconstruction and analysis of a highly-correlated protein interaction network. This network is composed of the candidate proteins for signal transduction mechanisms in Saccharomyces cerevisiae. Identification and scoring of the possible linear pathways in the network enables reconstruction of model sub-networks for two glucose sensing and signaling and four MAPK signaling pathways in Saccharomyces cerevisiae. Almost all of the known components of these pathways are identified together with several new ?candidate? proteins, indicating the successful reconstructions of six model pathways involved in yeast. A detailed map including high-scoring physical and functional connections that link the relevant signal transduction components to each other and to adjacent networks is developed. A novel and efficient algorithm is created for determination of topological properties of bio-molecular networks. Additionally, game theoretical concepts are adapted into bioinformatics to understand the underlying design principles of MAPK signaling pathways. The hierarchical organization of signal transduction is also investigated with classification of signal transducer proteins according to their topological characteristics. Reporter GO terms indicated the correlation between classification and protein functionality and the organization of functionality is further investigated using a layer decomposition technique. A novel technique is described and used in detection of basic regulatory motifs and high-level modules in the integrated network of transcriptional regulation and protein-protein interaction. The inter-connected clusters of these modules are indicating several regulatory mechanisms active in Saccharomyces cerevisiae.
Benzer Tezler
- Molecular and physiological characterization of a salt-resistant Saccharomyces cerevisiae mutant obtained by evolutionary engineering
Evrimsel mühendislik yöntemiyle elde edilmiş tuza dirençli bir Saccharomyces cerevisiae mutantının moleküler ve fizyolojik karakterizasyonu
ŞEYMA HANDE TEKARSLAN
Doktora
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
PROF. DR. CAROLA HUNTE
- Evaluation of salt tolerance in STO transformed Arabidopsis thaliana and Nicotiana tabacum plants
STO geni aktarılmış Arabidopsis thaliana ve Nicotiana tabacum bitkilerinde tuz toleransının değerlendirilmesi
FEYZA SELÇUK
Doktora
İngilizce
2004
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF.DR. MERAL YÜCEL
- Identification of a putative serine/threonine kinase implicated in FGF signal transduction and its compatibility with an FGF pathway simulation model
FGF sinyal yolağında yer aldığı düşünülen yeni bir serin/treonine kinaz proteininin tanımlanması ve bunun FGF sinyal yolağı simülasyon modeli ile uyumluluğu
FERRUH ÖZCAN
Doktora
İngilizce
2003
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BUĞRA KUYAŞ
- Design and simulation of a microfluidic biochip for optic detection with derivatized microbeads and the biochemistry of learning
Türevlendirilmiş mikro küreler ile optik biyosensörü ve öğrenme biyokimyası için mikroakışkan biyoçipin tasarımı ve sımülasyonu
TUĞÇE TÜYSÜZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DOÇ. DR. YILDIZ ULUDAĞ
- Rekombinant lizozim enziminin Pichia pastoris organizmasından sekresyonla üretilmesi
Expression of recombinant lysozyme as a secretion in Pichia pastoris
SEVGİ ULUSOY
