Geri Dön

Systems biology of yeast signal transduction

Maya sinyal iletiminin sistem biyolojisi

  1. Tez No: 200271
  2. Yazar: KAZIM YALÇIN ARĞA
  3. Danışmanlar: PROF.DR. KUTLU ÜLGEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 242

Özet

Bir hücresel aktivitenin gerçeklesmesine katkıda bulunan protein gruplarını temsil eden protein etkilesim ağyapılarının olusturulması, sinyal iletim yolizleri üzerine gerçeklestirilen kantitatif çalısmalar için anahtar basamaktır. Bu çalısmada, protein-protein etkilesim, gen anlatım verileri ve Gen Ontoloji açıklamalarının bütünlestirilmesi yoluyla yüksek-bağıntılı bir protein etkilesim ağyapının olusturulmasını ve analizini sağlayacak yeni bir çatı sunulmustur. Bu ağyapı, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde sinyal iletim mekanizmaları için aday proteinlerden olusmaktadır. Ağyapı içerisindeki mümkün olan tüm doğrusal yolizlerin saptanması ve puanlanması, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde faaliyet gösteren iki glikoz algı-sinyal ileti ve dört MAPK sinyal ileti yolizine ait model ağyapıların olusturulmasına olanak sağlamıstır. Bu model ağyapılar içerisinde, yolizlerinin hemen hemen tüm bilinen bilesenlerinin saptanması, yolizlerinin olusturulmasındaki basarıyı göstermektedir ve böylece bu yolizleri için bir takım yeni aday proteinler önerilebilmistir. ?lgili sinyal ileti bilesenlerini birbirine ve komsu ağyapılara bağlayan yüksek-puanlı fiziksel ve islevsel bağlantıları içeren ayrıntılı bir harita hazırlanmıstır. Biyomoleküler ağyapıların topolojik özelliklerinin tespitini sağlayacak yeni ve etkin bir algoritma gelistirilmistir. Buna ek olarak, oyun teorisi kavramlarının biyoinformatiğe uyarlanması yoluyla MAPK sinyal ileti yolizlerinin tasarım ilkelerinin anlasılmasına çalısılmıstır. Sinyal ileti proteinlerinin topolojik özelliklerine göre sınıflandırılması ile birlikte sinyal iletimindeki hiyerarsik örgütlenme de incelenmistir. ?saretçi GO terimleri, yapılan sınıflandırma ve protein islevselliği arasındaki bağıntıyı isaret etmis ve islevselliğin örgütlenmesi bir katman ayrıstırma tekniği kullanılarak ilaveten incelenmistir. Gen anlatım kontrolü ile bütünlestirilmis protein-protein etkilesim ağyapısında, düzenleyici motif ve yüksek-mertebeli modüllerin belirlenmesi için yeni bir teknik gelistirilmistir. Birbirine bağlı bu modüllerden olusan kümeler, Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde etkin olan birtakım düzenleyici mekanizmaları isaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

Reconstruction of protein interaction networks that represent groups of proteins contributing to the same cellular function is a key step towards quantitative studies of signal transduction pathways. In the present study, through integration of protein-protein interaction data, gene expression data, and Gene Ontology annotations, a novel framework is presented for reconstruction and analysis of a highly-correlated protein interaction network. This network is composed of the candidate proteins for signal transduction mechanisms in Saccharomyces cerevisiae. Identification and scoring of the possible linear pathways in the network enables reconstruction of model sub-networks for two glucose sensing and signaling and four MAPK signaling pathways in Saccharomyces cerevisiae. Almost all of the known components of these pathways are identified together with several new ?candidate? proteins, indicating the successful reconstructions of six model pathways involved in yeast. A detailed map including high-scoring physical and functional connections that link the relevant signal transduction components to each other and to adjacent networks is developed. A novel and efficient algorithm is created for determination of topological properties of bio-molecular networks. Additionally, game theoretical concepts are adapted into bioinformatics to understand the underlying design principles of MAPK signaling pathways. The hierarchical organization of signal transduction is also investigated with classification of signal transducer proteins according to their topological characteristics. Reporter GO terms indicated the correlation between classification and protein functionality and the organization of functionality is further investigated using a layer decomposition technique. A novel technique is described and used in detection of basic regulatory motifs and high-level modules in the integrated network of transcriptional regulation and protein-protein interaction. The inter-connected clusters of these modules are indicating several regulatory mechanisms active in Saccharomyces cerevisiae.

Benzer Tezler

  1. Molecular and physiological characterization of a salt-resistant Saccharomyces cerevisiae mutant obtained by evolutionary engineering

    Evrimsel mühendislik yöntemiyle elde edilmiş tuza dirençli bir Saccharomyces cerevisiae mutantının moleküler ve fizyolojik karakterizasyonu

    ŞEYMA HANDE TEKARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    PROF. DR. CAROLA HUNTE

  2. Evaluation of salt tolerance in STO transformed Arabidopsis thaliana and Nicotiana tabacum plants

    STO geni aktarılmış Arabidopsis thaliana ve Nicotiana tabacum bitkilerinde tuz toleransının değerlendirilmesi

    FEYZA SELÇUK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

    PROF.DR. MERAL YÜCEL

  3. Identification of a putative serine/threonine kinase implicated in FGF signal transduction and its compatibility with an FGF pathway simulation model

    FGF sinyal yolağında yer aldığı düşünülen yeni bir serin/treonine kinaz proteininin tanımlanması ve bunun FGF sinyal yolağı simülasyon modeli ile uyumluluğu

    FERRUH ÖZCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BUĞRA KUYAŞ

  4. Design and simulation of a microfluidic biochip for optic detection with derivatized microbeads and the biochemistry of learning

    Türevlendirilmiş mikro küreler ile optik biyosensörü ve öğrenme biyokimyası için mikroakışkan biyoçipin tasarımı ve sımülasyonu

    TUĞÇE TÜYSÜZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK

    DOÇ. DR. YILDIZ ULUDAĞ

  5. Rekombinant lizozim enziminin Pichia pastoris organizmasından sekresyonla üretilmesi

    Expression of recombinant lysozyme as a secretion in Pichia pastoris

    SEVGİ ULUSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSA GÖKÇE