Identification of a putative serine/threonine kinase implicated in FGF signal transduction and its compatibility with an FGF pathway simulation model
FGF sinyal yolağında yer aldığı düşünülen yeni bir serin/treonine kinaz proteininin tanımlanması ve bunun FGF sinyal yolağı simülasyon modeli ile uyumluluğu
- Tez No: 139412
- Danışmanlar: PROF. DR. BUĞRA KUYAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET FGF SİNYAL YOLAĞINDA YER ALDIĞI DÜŞÜNÜLEN YENİ BİR SERİN/TREONİNE KİNAZ PROTEİNİNİN TANIMLANMASI VE BUNUN FGF SİNYAL YOLAĞI SİMULASYON MODELİ İLE UYUMLULUĞU Fibroblast büyüme faktörleri (FGF) hücre bölünmesi, çoğalması, yaşıyabilirliliklerinin korunmasının yam sıra bir çok embriyonik gelişim safhalarında rol alırlar. Bu görevlerini hücre yüzeyinde bulunan spesifik reseptörlerine bağlanarak ve hücre içi sinyal iletim yolaklarım aktive ederek gerçekleştirirler. En iyi tanımlanan sinyal yolaklarından biri MAPK sinyal yolağıdır. FGF' ler MAPK aktivasyonunu genellikle Frs2 aracılığı ile gerçekleştirirler. Frs2, Shp2 ve Grb2 aracılığıyla farklı sinyal yolaklarını aktive edebilmektedir, ancak hangi moleküllerin ve dinamiklerin farklı yolak seçiminde ve hücre cevaplarının belirlenmesinde etkin olduğu halen gizemini korumaktadır. Bu çalışmada FGFR2 sitoplazmik bölgesi maya ikili-bibrid sisteminde yem olarak kullanılarak, retina cDNA kütüphanesinde bağlanma partnerleri taranmıştır. Bu tarama sonucunda daha önce tanımlanmamış olan bir serin/treonin kinaz adayı, SMP, cDNA'sı izole edilmiştir. Maya ikili-hibrid raportör genlerinin karşılaştırmalı analizi SMP'nin FGFR2'ye zayıf bağlandığını göstermektedir. Northern analizi retinada 7.5-8 kb büyüklüğünde iki SMP translmptinin varlığına işaret etmektedir. RT-PCR çalışmaları SMP gen anlatımının farklı retinal hücrelerde bulunduğunu göstermiştir. Paralel bir çalışma ile FGF sinyal yolağı biyokimyasal kinetik simülasyon yazılımı kullanılarak modellenmiş ve regüle edilebilen sinyal basamaklarının MAPK kinetiğine etkileri irdelenmiştir. Sonuç olarak Frs2'nin Shp2 ve Grb2 ile olan afinitelerinin değişmesi ile çoğalma veya farklılaşma seçiminde bu proteinin kilit rol oynayabileceği gösterilmiştir. FGF simülasyon modelinde SMP'nin bu kilidi çalıştıran temel molekül olarak sistemdeki rolü irdelenmiştir.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT IDENTIFICATION OF A PUTATIVE SERINE/THREONINE KINASE IMPLICATED IN FGF SIGNAL TRANSDUCTION AND ITS COMPATIBILITY WITH AN FGF PATHWAY SIMULATION MODEL Fibroblast growth factors play essential roles in cell proliferation, differentiation, survival as well as in a number of developmental processes. One of the most thoroughly studied pathway is the MAPK pathway. Often, MAPK activation by FGFs is via Frs2. Though it is known that Frs2 activates different pathways by Shp2 and Grb2 interactions, specific molecules and dynamics instrumental in eliciting differential responses are not known. In this study, the cytoplasmic domain of FGFR2 was used as bait in a yeast two- hybrid system to obtain its interacting partners in a retinal cDNA library. The screening resulted in isolation of a putative serine/threonine kinase, SMP, cDNA. Comparative analysis of yeast two-hybrid reporter gene expression indicated weak interaction between FGFR2 and SMP. Northern blot analysis revealed the presence of two transcript species, 7.5-8 kb, in retina. RT-PCR experiments show that SMP is expressed in various retinal cell types. In a parallel study, a FGF signal pathway model was constructed using a biochemical kinetic simulation software; effects of regulation-prone signaling steps on MAPK kinetics were evaluated. As a result, it was shown that Frs2 can play a key role through changes in its affinity towards Shp2 and Grb2 in selection of proliferative or differentiation responses.
Benzer Tezler
- Transcriptomics identification of barley (Hordeum vulgare L.) boron tolerance mechanism
Arpada (Hordeum vulgare L.) bora karşı direnç mekanizmasının transkriptom düzeyinde incelenmesi
GÜZİN TOMBULOĞLU
Doktora
İngilizce
2014
BiyoteknolojiFatih ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SERDAL SAKÇALI
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Myroides cinsi izolatların tanımlanması ve moleküler tiplendirmesi
Identification and molecular typing of myroides isolates isolated in OUR laboratory
TUBA ELTİMUR KARATOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER AKÇALI
- Identification of novel proteins that interact with BRI3, a putative transcriptional target of the Wnt/ß-catenin signaling pathway
Wnt/ß-katenın sinyal yolağının varsayılan transkripsiyonel hedef genlerinden biri olan BRI3 ile iletişim kuran yeni proteinlerin tanımlanması
İZZET AKİVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. NECLA BRİGÜL İYİSON
- Probiyotik Lactobacillus casei 21/1'nin olası bağışıklık düzenleyici tır domain proteininin tanımlanması, rekombinant üretimi, saflaştırılması ve biyoinformatik analizi
Identification, recombinant expression, purification and bioinformatics analysis of a putative immune modulatory tir domain protein of probiotic Lactobacillus casei 21/1
BAHAR BAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
- Identification of novel inhibitors targeting putative dantrolene binding site for ryanodine receptor 2
Ryanodine reseptörü için dantrolene bağlanma bölgesi hedef alınarak yeni inhibitör tanımlama
CEMİL CAN SAYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY