Characterization and analysis of protein-protein interfaces
Protein-protein arayüzeylerinin nitelendirilmesi ve analizi
- Tez No: 200365
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. ÖZLEM KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Canlı hücrelerinde meydana gelen çesitli fonksiyonlar, dogada var olan sınırlı sayıdaki protein etkilesimlerinin sonucu olarak ortaya çıkar. Benzer olarak, protein-protein arayüzey yapılarının da sınırlı sayıda olması beklenilebilir. Çalısmada, (i) gerekli biyolojik çesitlilik için kaç çesit farklı protein ? protein etkilesim tipi beklendigi, (ii) hücre içi organizasyonun aydınlatılması için bu etkilesimlerin ne kadar kısmının bilindigi ve (iii) arayüzey yapılarının sayısındaki artıs ile bunun sonucu Protein Veri Bankası'nın fonksiyonel kapsamı ve etkilesim haritasının düzlüge ulasıp ulasmadıgı sorularını cevaplandırmak için en yeni elde edilmis olan protein arayüzey veri kümesi incelenmis, daha önceden elde edilmis olan protein arayüzey veri kümeleriyle çok yönlü olarak karsılastırılmıstır. Sonuçlar, arayüzey yapılarının sayısının protein yapılarının sayısıyla karsılastırıldıgında çok daha hızlı bir sekilde arttıgını ve henüz bu artısın durmadıgını göstermektedir. Bu çalısmanın bir tahmini olarak, toplamda birbirinden farklı 8000 arayüzey yapısının olacagı ve deneysel yöntemlerin simdiki hızıyla bunların açıklıga kavusturulmasının 30 yıl alacagı öngörülmüstür. Ayrıca, arayüzeylerin yapısal çesitliligine ragmen, bazı arayüzeylerin daha çok kullanıldıgı ve buna ek olarak bu yapıların tek zincirli proteinler tarafından da tercih edildigi görülmüstür. Bir baska önemli sonuç da, bazı türlerin, özellikle ökaryotların, zincir içi etkilesimi, daha az gelismis organizmaların ise zincirler arası etkilesimi tercih ettigi görülmüstür. Bu durum, ökaryotik hücrelerin karmasıklıgının sonucu olusmus bir adaptasyon olarak nitelendirilmistir. Bu tez çalısması protein arayüzeylerinin çok yönlü analizini ve bunların uygulama amaçlı kullanılmasını içermektedir. Elde edilen protein arayüzey veri kümesinin, proteinprotein etkilesimleri, proteinlerin birbirlerini tanıma mekanizmaları ve ilaç tasarımıyla ilgilenen arastırmacılar için zengin bir kaynak olacagına inanıyoruz.
Özet (Çeviri)
The diverse range of cellular functions is performed by the limited number of protein folds existing in nature. One may similarly expect that the number of protein-protein interface architectures would also be restricted. In this study, the recently derived dataset of protein-protein interfaces is analyzed and compared with older datasets to address questions like (i) how many different protein-protein interaction types are expected to exist in nature for necessary biological diversity; (ii) what fraction of interactions is already known toward elucidation of the organization of the cell; and (iii) whether the increase in the number of interface architectures and consequently the functional coverage and interaction map of the PDB are reaching a plateau. The results show that number of protein interfaces increases at a much faster rate compared to the number of folds and is not yet to level off. Functional coverage is also found to steadily increase. As an estimation of this study, the total number of different interfaces will be around 8000 and it will take almost 30 years to discover at the current rate of experiment. Also, despite the diversity of interface architectures, some are more favorable and frequently used, and of particular interest, those are the ones which are also preferred in single chains. Another significant result is that some species, especially eukaryotes, prefer intra chain domain-domain interactions; others, less complex organisms, prefer inter chain interaction. This adaptation may be the result of the crowded traffic in the eukaryotic cells. This thesis presents the multidirectional analysis and applications of the protein ? protein interfaces. We believe in that the dataset of protein ? protein interfaces is a rich source for researchers dealing with protein ? protein interactions, protein recognition mechanisms, drug design etc.
Benzer Tezler
- Polimerik arayüzeylerdeki protein adsorbsiyon kinetiği ve biyofilm oluşumunun ATR-FTIR tekniği ve mikroskopik yöntemlerle incelenmesi
Investigation of protein adsorption kinetics and biofilm formation on polymeric interfaces bf ATR-FTIR and microscopic techniques
ARZU PEŞMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
Kimya MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MENEMŞE KİREMİTÇİ
- Development and structural analysis of nanobodies targeting SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 hedefleyen özgün nanokorların geliştirilmesi ve yapısal analizleri
CEMRE CEREN GÜLBAHAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Derin ötektik çözücüler ile fındık küspesinden protein ekstraksiyonu ve fındık proteinlerinin karakterizasyonu
Protein extraction from hazelnut meal and characterization of hazelnut protein
ESRA KİBAR BALBALLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Gıda MühendisliğiSakarya ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLŞAH KARABULUT
- Synthesis of some functional conducting polymers, characterization, Mott-Schottky analysis and sensor applications
Bazı fonksiyonel iletken polimerlerin sentezi, karakterizasyonu, Mott-Schottky analizi ve sensor uygulamaları
TOLGA KARAZEHİR
Doktora
İngilizce
2017
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLKADİR SEZAİ SARAÇ
PROF. DR. MURAT ATEŞ
- Structural analysis of phosphorylation sites at a proteome level and their functional relevance
Başlık çevirisi yok
ALTUĞ KAMACIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoteknolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN