Structural analysis of phosphorylation sites at a proteome level and their functional relevance
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 679018
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Fosforilasyon neredeyse tüm hücre mekanizmasında etkili olan kritik bir posttranslasyon modifikasyondur. Birçok geniş çaplı fosfoproteomik analizi, protein bazındaki fosforilasyonları ve bu fosforilasyonların farklı durumlar altındaki değişimlerini ortaya çıkarmıştır. Protein yapısı, protemik tekniklerle bulunan fosforilasyon bölgelerinin ötesinde, fosforilasyonların biyolojik etkilerinin değerlendirilmesinde ek bir bilgi katmanı sunmaktadır. Bu çalışmada, sistematik olarak fosforilasyon bölgelerinin protein üzerindeki 3 boyutlu konumlarına göre karakterize edip, fosforilasyon bölgerin yerlerine dair bir harita çıkardık. 250.000'den fazla fosforilasyon bölgesinin analiz edilmesi sonucu en az bir protein yapısı bulunan 8686 fosforilasyon elde ettik. Bu elde edilen fosforilasyon bölgeleri 3 boyutlu konumlarına göre katmanlara ayırdık. Merkez fosforilasyon bölgeleri dinamik yapılarına göre iki gruba ayrıldığını bulundu. Dinamik olan merkez fosforilasyonlar statik olanlara göre istatistiksel olarak daha işlevsel oldukları bulundu. Dinamik merkez ile arayüz fosforilasyon bölgelerinin bütün 3 boyutlu gruplar arasında en işlevsel fosforilasyon bölgeleri oldukları gözlemlendi. Bütün fosforilasyon bölgeleri yapısal olarak karakterize edip katmanlara ayıran analizimiz, fosforilasyon bölgelerinin işlevsellikle ilişkisini bulmakta ve fosfoproteomik analizlerde yanlış pozitiflerin ayıklanmasında kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Phosphorylation is an essential post-translational modification for the regulation of almost all cellular processes. Several global phosphoproteomics analyses revealed proteome-wide phosphorylation events and changes in phosphorylation profiles under different conditions. Beyond phospho-site sequence positions identified by proteomic approaches, protein structures add another layer of information to assess the biological relevance of phosphorylation events. In this study, we systematically characterize phosphorylation sites based on their 3D locations in the protein and establish a location map for phospho-sites. More than 250,000 phospho-sites have been analyzed of which 8,686 sites match at least one structure and are stratified based on their respective 3D positions. Core phosphorylation sites possess two distinct groups based on their dynamicity. Dynamic core phosphorylations are significantly more functional compared to static ones. Dynamic core and the interface phospho-sites are the most functional among all 3D phosphorylation groups. Our analysis provides global characterization and stratification of phosphorylation sites from a structural perspective that can be utilized for predicting the functional relevance and filtering out false positives in phosphoproteomic studies.
Benzer Tezler
- Addressing the impact of sphingoid base chain length on cell signaling and function
Sfingoid baz zincir uzunluğunun hücre sinyalizasyonu ve işlevi üzerindeki etkisi
AYSU BAŞAK KÖK
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiRuprecht-Karls-Unıversıtat-HeıdelbergBiyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ROGER SANDHOFF
- Doğuştan kalça çıkıklı hastalarda kalça patolojilerinin bilgisayarlı tomografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NECDET ŞÜKRÜ ALTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN ASLANOĞLU
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Vecihi Bey'in hikayelerinde fiktif yapı
Başlık çevirisi yok
MEHMET ÖNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Türk Dili ve EdebiyatıGazi ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SADIK TURAL
- Plazma arkı eldesi ve yüzey bölgesi modifikasyonunda kullanılabilirliği
Başlık çevirisi yok
ÖZKAN ÖZİPEKLİLER
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİM DEMİRCİ