Geri Dön

Structural analysis of phosphorylation sites at a proteome level and their functional relevance

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 679018
  2. Yazar: ALTUĞ KAMACIOĞLU
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Fosforilasyon neredeyse tüm hücre mekanizmasında etkili olan kritik bir posttranslasyon modifikasyondur. Birçok geniş çaplı fosfoproteomik analizi, protein bazındaki fosforilasyonları ve bu fosforilasyonların farklı durumlar altındaki değişimlerini ortaya çıkarmıştır. Protein yapısı, protemik tekniklerle bulunan fosforilasyon bölgelerinin ötesinde, fosforilasyonların biyolojik etkilerinin değerlendirilmesinde ek bir bilgi katmanı sunmaktadır. Bu çalışmada, sistematik olarak fosforilasyon bölgelerinin protein üzerindeki 3 boyutlu konumlarına göre karakterize edip, fosforilasyon bölgerin yerlerine dair bir harita çıkardık. 250.000'den fazla fosforilasyon bölgesinin analiz edilmesi sonucu en az bir protein yapısı bulunan 8686 fosforilasyon elde ettik. Bu elde edilen fosforilasyon bölgeleri 3 boyutlu konumlarına göre katmanlara ayırdık. Merkez fosforilasyon bölgeleri dinamik yapılarına göre iki gruba ayrıldığını bulundu. Dinamik olan merkez fosforilasyonlar statik olanlara göre istatistiksel olarak daha işlevsel oldukları bulundu. Dinamik merkez ile arayüz fosforilasyon bölgelerinin bütün 3 boyutlu gruplar arasında en işlevsel fosforilasyon bölgeleri oldukları gözlemlendi. Bütün fosforilasyon bölgeleri yapısal olarak karakterize edip katmanlara ayıran analizimiz, fosforilasyon bölgelerinin işlevsellikle ilişkisini bulmakta ve fosfoproteomik analizlerde yanlış pozitiflerin ayıklanmasında kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Phosphorylation is an essential post-translational modification for the regulation of almost all cellular processes. Several global phosphoproteomics analyses revealed proteome-wide phosphorylation events and changes in phosphorylation profiles under different conditions. Beyond phospho-site sequence positions identified by proteomic approaches, protein structures add another layer of information to assess the biological relevance of phosphorylation events. In this study, we systematically characterize phosphorylation sites based on their 3D locations in the protein and establish a location map for phospho-sites. More than 250,000 phospho-sites have been analyzed of which 8,686 sites match at least one structure and are stratified based on their respective 3D positions. Core phosphorylation sites possess two distinct groups based on their dynamicity. Dynamic core phosphorylations are significantly more functional compared to static ones. Dynamic core and the interface phospho-sites are the most functional among all 3D phosphorylation groups. Our analysis provides global characterization and stratification of phosphorylation sites from a structural perspective that can be utilized for predicting the functional relevance and filtering out false positives in phosphoproteomic studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    892081

    Polo-like Kinase 2 mediated regulation of the cell-and centrosome cycle in mammalian cells

    Polo-benzeri Kinaz 2'nin memeli hücrelerinde hücre ve sentrozom döngüsünün düzenlenmesindeki görevi

    ONUR ÇİZMECİOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyolojiRuprecht-Karls-Universität-Heidelberg

    Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. INGRİD HOFFMANN

  2. Tez No

    692806

    Investigation of the effect of ATP13A2 (PARK9) frameshift mutation on the protein function

    ATP13A2 (PARK9) çerçeve kayması mutasyonunun protein fonksiyonuna etkisinin incelenmesi

    KORAY KIRIMTAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  3. Tez No

    795032

    Nörodejeneratif hastalıkların patogenezinde yer tutan tau proteinlerinin biyoinformatik açıdan incelenmesi

    Bioinformatics investigation of tau proteins involved in the pathogenesis of neurodegenerative diseases

    HÜDANUR DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikSelçuk Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN

  4. Tez No

    511290

    Evolutionary engineering and physiological analysis of antimycin-a resistant Saccharomyces cerevisiae

    Antimisin-a dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin evrimsel mühendisliği ve fizyolojik analizi

    ALİCAN TOPALOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  5. Tez No

    400446

    SRC kinase activation investigated by computational methods

    Başlık çevirisi yok

    ELİF ÖZKIRIMLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Histoloji ve EmbriyolojiPurdue University

    Kanser Epidemiyolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. CAROL BETH POST

Geri Dön