Transcription pattern comparison of two ubiquitin specific proteases (USP6 and USP32)
İki ubikuitin?e özgü proteazın (USP6 ve USP32) gen ifade şekillerinin karşılaştırılması
- Tez No: 201818
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Onkogenler, Amplifikasyon, genin fazla ifade edilmesi (overexpression), 17q23, ubikitine özgü proteazlar (USP), Oncogenes, Amplification, Overexpression, 17q23, Ubiquitin Specific Proteases (USPs)
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Meme kanseri kadınlar arasında en yaygın olan kanser türüdür ve her sekiz kadından birinde bu hastalıgın çıkma olasılıgı vardır. Tümör olusumunda genellikle tumor baskılayıcı genlerin kaybı ve/veya proto-onkogenlerin fazla ifade edilmesi rol oynar. USP32 (ubikuitine özel proteaz 32) geni 17q23 kromozomal bandında bulunur ve bu bölgenin meme kanserinde çogaldıgı gösterilmistir. Gen çogalması da meme kanseri hücrelerinde yaygın olarak görülen bir durumdur. Bu durumda proto-onkogenlerin fazla ifade edilip tümor olusumuna yol açtıgı düsünülür. 17q23 bölgesindeki çesitli onkogen adayları da bu bölgenin karakterizasyonunun önemli oldugunu isaret eder. USP32 geninin, 17q23 amplikonunda bulunur, 212 kb'lik yer kaplar ve bir ubikitine özgü proteaz kodladıgı düsünülmektedir. USP32'nin de içinde yer aldıgı USP protein ailesi üyelerinin protein yıkımında çesitli görevleri vardır (hedef proteinlerin deubikitinlenmesi?ubikitinden arındırılması- ve proteazomda gerçeklesecek olası yıkımın engellenmesi gibi). Böylelikle, USPlerin fazla ifadesi hücredeki önemli regülasyon rolleri olan proteinlerin düzeyini degistirebilir. Çesitli kanıtlar, meme kanseri hücrelerinde USP32 geninin fazla ifade edildigine isaret etmektedir. Bu da USP32 geninin meme kanseri olusumundaki olası rolünü akla getirir. Öte yandan, baska bir ubikitine özgü proteaz olan ve bir onkogen oldugu bilinen USP6, USP32'de de bulunan korunmus histidine ve sistein bölgelerini içeren bir deubikitinleyici enzimdir. Bunun yanında USP6'nin 3.197 ve 7.831 nükleotidler arasındaki dizi ile USP32'nin 2.390 ve 7.024üncü nükleotidleri arasında %97lik bir benzerlik gözlenir. Bu çalısmada, meme dokusunda USP6 ve USP32 genleri arasındaki ifade sekillerini (alternatif yazılım ürünlerini de içerecek sekilde) karsılastırmayı amaçladık. ki protein, yüksek oranda benzerlik içerdiginden, ortak görevlerde yer alabileceklerini de göz önüne alarak karsılastırmayı yaptık. Bununla birlikte, USP32 genini, ileride lokalizasyon ve fazla ifade çalısmalarında kullanmak üzere TOPO-TA vektörüne klonladık.USP32 geninin ve proteininin ayrıntılı karakterizayonu meme kanseri olusumunda protein yıkım mekanizmasının rolünün aydınlatılması açısından yararlı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is the most common type of cancer among women worldwide. The incidence of breast cancer is 1 in 8 among women. Usually loss of tumor suppressor genes and overexpression of proto-oncogenes are known to be involved during mammary tumorigenesis. USP32 (Ubiquitin Specific Protease 32) gene is located on chromosomal band 17q23, a region of amplification in breast cancer. Gene amplification is known to be a common mechanism in breast cancer cells, through which proto-oncogenes are overexpressed and contribute to tumor progression. Presence of multiple oncogene candidates on 17q23 requires individual characterization of these genes. USPs (Ubiquitin Specific Protease), have various roles in protein degradation pathways (e.g; by editing the ubiquitin chains, recycling of ubiquitin, deubiquitinating the target proteins and inhibiting their degradation by the proteasome). Deregulated expression of USPs is likely to interfere with the degradation of many key regulatory proteins in the cell. Therefore, USP32 becomes an interesting oncogene candidate that may have roles in protein degradation pathways based on the fact that it is located on an amplicon region and that it is overexpressed in breast tumors. On the other hand, USP6 (Ubiquitin Specific Protease 6), a known oncogene on 17p13, is also a deubiquitinating enzyme, with conserved histidine and cysteine domains, which are also shared by USP32. Interestingly there is a 97% sequence similarity between bases 3,197 to 7,831 of USP6 and 2,390 to 7,024 of USP32 gene. In this study, we aimed to investigate the expression patterns of USP32 and USP6 (including alternative transcripts) in breast tissue to avoid any possibility of overlapping functions of two enzymes due to their high sequence similarity. In addition, we sub-cloned USP32 gene into TOPO-TA vector, so that further functional studies (e.g; localization and overexpression) can be performed. Further characterizations of Ubiquitin Specific Protease 32, may help us understand its importance in the protein degradation pathway during breast tumorigenesis.
Benzer Tezler
- Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi
Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection
MUHAMMED BEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON
- Dîwana Mela Ehmedê Heyderî: Metn û lêkolîn
Molla Ahmed-i Heyderi Divanı: Metin - inceleme
ÖNDER BEYTER
Yüksek Lisans
Kürtçe
2013
Doğu Dilleri ve EdebiyatıMardin Artuklu ÜniversitesiKürt Dili ve Kültürü Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDURRAHMAN ADAK
- Metabolism-oriented multiomics data integration
Farklı omı̇k verı̇lerı̇n metabolı̇zma odaklı entegrasyonu
AYCAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. ALİ ÇAKMAK
- Dutar icrasında sağ el teknikleri
Right hand techniques in dutar performance
ENGİN ÇALIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MüzikANKARA MÜZİK VE GÜZEL SANATLAR ÜNİVERSİTESİÇalgı Eğitimi Ana Sanat Dalı
DOÇ. DR. SİNAN AYYILDIZ