Polimerik yüzey aktif maddeler ile plazmid saflaştırılmasının araştırılması
The investigation of plasmid purification by using polymeric surfactants
- Tez No: 213508
- Danışmanlar: PROF.DR. İNCİ ARISAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Gen Tedavisi, DNA Aşıları, p(DNA) Saflaştırma, Peg-10 tallow, PEG 600, Gene Therapy, DNA Vaccination, p(DNA) purification, Peg-10 tallow, PEG 600
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Non viral gen tedavileri ve infeksiyöz hastalıklara yönelik DNA aşıları gibi moleküler tedavi yöntemlerinin son yıllarda gelişimi çok miktarda ve yüksek saflıkta plazmid DNA üretimi ihtiyacını arttırmıştır. Plazmid DNA saflaştırılması için standart moleküler biyoloji protokolleri mevcuttur ancak bu protokollerde kullanılan çözeltiler uygun değildir. Tedavi amaçlı ürünlerde kullanılacak protokollerde kullanılan çözeltilerin toksik olmaması ve fazla miktarda üretim için uygun olmaları gerekmektedir. Bu tez çalışmasında plazmid DNA'sının polimerik maddelerin kullanımı ile saflaştırılması amaçlandı. Birinci yöntemde N,N',N'- Polioksietilen (10)-N tallow- 1,3-di amin propan (Peg-10 tallow) katyonik yüzey aktif madde kullanılarak plazmid DNA'nın çöktürülerek saflaştırıldı. Peg-10 tallow bileşiğinin yapısal analizi, elementel analizi, FT-IR, UV-VIS, NMR (1H, 13C) alınarak yapıldı. pDNA'nın peg-10 tallow yüzey aktif maddesi ile çöktürme işleminin çalışma koşullarının iletkenlik değerleri belirlendi. Geliştirilen Alkali liziz metodu ile plazmid DNA ve RNA'dan oluşan lizat örneği elde edildi. Bu aşamada Peg-10 tallow yüzey aktif maddesi ile plazmid DNA'nın lizat örneğinden çöktürülerek saflaştırılmasına farklı asid (HCl), farklı tuz (NaCl) ve farklı lizat konsantrasyonlarının etkisi incelendi. DNA saflığı %1'lik agaroz jel elektroforeziyle kontrol edildi. İkinci yöntem olarak biyomoleküllerin ve partiküllerin ayrılmasında kullanılan ?Aqueous Two Phase? (ATPS) iki fazlı ayırma sistemi kullanıldı. PEG 600 ile Amonyum Sülfat tuzunun sulu ortamda karışımından oluşan ATPS sisteminin bileşimi %35 PEG 600 ve %6 (NH4)2SO4'dir. Geliştirilen alkali liziz işlemi ile plazmid DNA ve RNA'dan oluşan lizat örneği elde edildi. %35 PEG 600 ve %6 (NH4)2SO4 bileşimli ATPS sisteme %100(v/v) oranında lizat örneği uygulandı. Ayırma işleminin daha iyi olması için lizat örneği ATPS sisteme uygulandıktan sonra isopropanol çöktürülmesi işlemi ile integre edildi. p(DNA) saflığı %1'lik agaroz jel elektroforeziyle kontrol edildi. Sonuç olarak PEG 600 ile yapılan saflaştırmanın daha başarılı olduğu saptandı.
Özet (Çeviri)
The development of molecular therapies such as non-viral gene therapy and DNA vaccination for infectious diseases have increased the need for high quantities of highly purified plazmid DNA (pDNA). Although standard molecular biology protocols are available ,these are not suitable. In addition they frequently use toxic reagents that should not be used in the purification of therapeutic products. In this study, the polymer compounds were used to develop purification methods for pDNA. In the fırst method N,N?,N?- Polyoksietylen (10)-N tallow- 1,3-di amine propane ( Peg-10 tallow) surfactant was used as a precipitation agent . Stuctural analysis of Peg-10 tallow was determined by Elementar analysis, FT-IR, UV-VIS, NMR (1H, 13C ).The conductivity of conditions of precipitation method was determined. A modified alkaline lysis method was used for cell lysis to obtain pDNA and RNA solution. Precipitaion of the pDNA by Peg-10 tallow cationic surfactant was determinated in different acid, different salt and different lysate concentrations. The results were realized by 1% agarose gel analysis. Aqueous two phase systems (ATPS) is used as a system for seperation of biomolecules and particles. In the second method was presented partitioning of the plasmid DNA in polyetylene glycol(PEG) / salt (NH4)2SO4 aqueous two phase systems (ATPS). %35 PEG 600 - %6 (NH4)2SO4 ATPS system was selected .A modified alkaline lysis method was used for cell lysis to obtain pDNA and RNA solution.100% mass of lysate was loaded to the system. In addition the bottom phase of ATPS systems was integrated with isopropanol precipitation step. The results were realized by %1 agarose gel analysis. Finally PEG 600 system provides plazmid purification better than peg-10 tallow precipitation system.
Benzer Tezler
- Kozmetik amaçlı çoklu emülsiyon formülasyonları üzerinde çalışmalar
Studies on multiple emulsion formulations for cosmetic purposes
FAHRİYE BİNNUR SOYTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER TARIMCI
- Emulsion polymerization of vinyl acetate by urethane based surfactant and high solid content water-based emulsion polymerization of acrylic monomers
Vinil asetatın üretan esaslı surfaktan ile emülsiyon polimerizasyonu ve akrilik monomerlerin yüksek katı içerikli su bazlı emülsiyon polimerlerinin sentezlenmesi
ÖZLEM YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHİRE FİLİZ ŞENKAL
- Kürküminin yüzey aktif maddeler yardımıyla suda çözünürlüğünü arttırma
Improving water solubility of curcumin with surface active substances
SEHER YÖNEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ÖZKAN ZAYİM
- New surface active compounds containing sugar moieties
Şeker kısımları içeren yeni yüzey aktif maddeler
HASAN SARIKAHYA
- Synthesis of polymeric cationic surfactant for emulsion polymerization of methyl methacrylate and vinyl acetate
Metil metakrilat ve vinil asetatın emülsiyon polimerizasyonu için polimerik katyonik yüzey aktif maddenin sentezlenmesi
MURAT YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHİRE FİLİZ ŞENKAL