Geri Dön

Structure-based drug design and QSAR analysis of candidate drugs for the treatment of cancer

Kanser tedavisi için yapıya dayalı ilaç dizaynı ve ilaçların sayısal yapı aktivite ilişkili analizleri

PDF İndir

  1. Tez No: 216326
  2. Yazar: PELİN ARMUTLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. METİN TÜRKAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyokimya, Endüstri ve Endüstri Mühendisliği, Biophysics, Biochemistry, Industrial and Industrial Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Bölümü
  12. Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 111

Özet

In rational drug design known chemical interactions related to the target disease are exploited to discover novel drugs. By identifying the important reaction pathway and the key enzyme related to a specific disease is the first step in structure-based drug design, then; the active site of the enzyme is analyzed and molecules are designed to competitively bind to that active site.In this study, structure-based rational drug design approach is employed to discover novel inhibitors for two different target proteins. The first target protein is Cytochrome P450 C17, the key enzyme in androgen synthesis and, the second target protein is XPF, a key member of the DNA excision repair system. In designing an inhibitor targeting Cytochrome P450 C17, we aim to prevent the progression of the prostate cancer, and targeting the XPF-ERCC1 pair we aim to design chemotherapeutic agent ?aids? that prevent DNA repair and resistance development in cancerous cells against the chemotherapeutic agents, where as a result we were able to identify several promising candidate drugs.Finally, a novel QSAR approach to predict the activity level of the inhibitors is introduced, since a priori analysis of the activity of inhibitors on the target protein by computational approaches can be useful in narrowing down drug candidates for further experimental tests to save from time and resources. The calculations utilizing the approach presented in this thesis resulted in better accuracies in classifying the activity of candidate drugs among other data mining tools presented in the literature.

Özet (Çeviri)

Yapıya dayalı ilaç dizaynında, hedeflenen hastalikla ilişkisi bilinen kimyasal reaksiyonlarin ozelliklerinden faydalanılır. Hastalıgın gelişiminde rol oynayan kimyasal reaksiyonların ve bu reaksiyonlarda görev alan önemli enzimlerin saptanması yapıya dayalı ilaç dizaynının ilk adımıdır. Daha sonra, hedef olarak belirlenen enzimin aktif bolgesi belirlenir ve bu bolgeye yapışarak enzim çalışmasını engelleyecek moleküller geliştirilir.Bu çalışmada, yeni ilaçlar geliştirilmesi hedeflenerek, yapıya dayalı ilaç dizaynı teknikleri iki farklı hedef proteine uygulandı. Cytochrome P450 C17, androjen sentezinde rol alan en önemli enzimlerden biridir ve bu enzimi hedefleyen bir ilaçla prostat kanserinin gelişimi engellenebilmektedir. Ikinci hedef protein olan XPF, DNA onarım sistemindeki en önemli proteinlerden biridir ve bu çalışmada XPF-ERCC1 protein komplexini hedef alarak DNA onarımını engelleyip kanserli hücrelerin kemoterapik ilaçlara karşı direnç kazanmasını önleyecek moleküller elde etmeyi amaçladık. Her iki çalışmada da umut vaad eden moleküller elde ettik.Çalışmanın son kısmında sunulan yeni bir Sayısal Yapı-Aktivite İlişkisi analizi metoduyla, dizayn edilen ilaçların labaratuar deneyleri yapılmaksızın aktivite seviyelerini öngörebilmeyi amaçladık. Bu çalışmada sunulan method literatürde bulunan diğer methodlardan daha iyi sonuçlar elde etmeyi başardı.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    857941

    Accelerating molecular docking using machine learning methods

    Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması

    ABDULSALAM YAZID BANDE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY

  3. Tez No

    299490

    Computer aided drug design study of cyclin dependent kinase 2 (CDK2) inhibitors

    Siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışması

    ABDULİLAH ECE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SEVİN DÜZ

  4. Tez No

    152077

    Kortikosteroidlerin globuline (CBG) bağlanma eğiliminin üç boyutlu kanitatif yapı aktivite ilişkisi olarak elektron topolojik metodla (ETM) incelenmesi

    Study of the binding affinity of for corticosteroid-binding globulin (CBG) using the electron topolojigalmethot (ETM) as three-dimensinonal quantitative structure-activty relationship

    EMEL ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    KimyaErciyes Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. YAHYA GÜZEL

  5. Tez No

    216298

    Optimization models and algorithms for structure based drug design

    Yapıya dayalı ilaç tasarımı için algoritmalar ve eniyileme modelleri

    PINAR KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Bölümü

    DOÇ. DR. METİN TÜRKAY

Geri Dön