Structure-based drug design and QSAR analysis of candidate drugs for the treatment of cancer
Kanser tedavisi için yapıya dayalı ilaç dizaynı ve ilaçların sayısal yapı aktivite ilişkili analizleri
- Tez No: 216326
- Danışmanlar: DOÇ. DR. METİN TÜRKAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyokimya, Endüstri ve Endüstri Mühendisliği, Biophysics, Biochemistry, Industrial and Industrial Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
In rational drug design known chemical interactions related to the target disease are exploited to discover novel drugs. By identifying the important reaction pathway and the key enzyme related to a specific disease is the first step in structure-based drug design, then; the active site of the enzyme is analyzed and molecules are designed to competitively bind to that active site.In this study, structure-based rational drug design approach is employed to discover novel inhibitors for two different target proteins. The first target protein is Cytochrome P450 C17, the key enzyme in androgen synthesis and, the second target protein is XPF, a key member of the DNA excision repair system. In designing an inhibitor targeting Cytochrome P450 C17, we aim to prevent the progression of the prostate cancer, and targeting the XPF-ERCC1 pair we aim to design chemotherapeutic agent ?aids? that prevent DNA repair and resistance development in cancerous cells against the chemotherapeutic agents, where as a result we were able to identify several promising candidate drugs.Finally, a novel QSAR approach to predict the activity level of the inhibitors is introduced, since a priori analysis of the activity of inhibitors on the target protein by computational approaches can be useful in narrowing down drug candidates for further experimental tests to save from time and resources. The calculations utilizing the approach presented in this thesis resulted in better accuracies in classifying the activity of candidate drugs among other data mining tools presented in the literature.
Özet (Çeviri)
Yapıya dayalı ilaç dizaynında, hedeflenen hastalikla ilişkisi bilinen kimyasal reaksiyonlarin ozelliklerinden faydalanılır. Hastalıgın gelişiminde rol oynayan kimyasal reaksiyonların ve bu reaksiyonlarda görev alan önemli enzimlerin saptanması yapıya dayalı ilaç dizaynının ilk adımıdır. Daha sonra, hedef olarak belirlenen enzimin aktif bolgesi belirlenir ve bu bolgeye yapışarak enzim çalışmasını engelleyecek moleküller geliştirilir.Bu çalışmada, yeni ilaçlar geliştirilmesi hedeflenerek, yapıya dayalı ilaç dizaynı teknikleri iki farklı hedef proteine uygulandı. Cytochrome P450 C17, androjen sentezinde rol alan en önemli enzimlerden biridir ve bu enzimi hedefleyen bir ilaçla prostat kanserinin gelişimi engellenebilmektedir. Ikinci hedef protein olan XPF, DNA onarım sistemindeki en önemli proteinlerden biridir ve bu çalışmada XPF-ERCC1 protein komplexini hedef alarak DNA onarımını engelleyip kanserli hücrelerin kemoterapik ilaçlara karşı direnç kazanmasını önleyecek moleküller elde etmeyi amaçladık. Her iki çalışmada da umut vaad eden moleküller elde ettik.Çalışmanın son kısmında sunulan yeni bir Sayısal Yapı-Aktivite İlişkisi analizi metoduyla, dizayn edilen ilaçların labaratuar deneyleri yapılmaksızın aktivite seviyelerini öngörebilmeyi amaçladık. Bu çalışmada sunulan method literatürde bulunan diğer methodlardan daha iyi sonuçlar elde etmeyi başardı.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Accelerating molecular docking using machine learning methods
Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması
ABDULSALAM YAZID BANDE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY
- Computer aided drug design study of cyclin dependent kinase 2 (CDK2) inhibitors
Siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışması
ABDULİLAH ECE
Doktora
İngilizce
2011
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SEVİN DÜZ
- Kortikosteroidlerin globuline (CBG) bağlanma eğiliminin üç boyutlu kanitatif yapı aktivite ilişkisi olarak elektron topolojik metodla (ETM) incelenmesi
Study of the binding affinity of for corticosteroid-binding globulin (CBG) using the electron topolojigalmethot (ETM) as three-dimensinonal quantitative structure-activty relationship
EMEL ÖZTÜRK
- Optimization models and algorithms for structure based drug design
Yapıya dayalı ilaç tasarımı için algoritmalar ve eniyileme modelleri
PINAR KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. METİN TÜRKAY