Geri Dön

Derivation of pair potentials for optimal folding of secondary structures

Protein ikincil yapılarını optimal olarak katlayan amino asit çiftleri arasındaki potensiyellerin hesaplanması

PDF İndir

  1. Tez No: 220698
  2. Yazar: SEFER BADAY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN, PROF. DR. YAMAN ARKUN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyoloji, Biophysics, Biochemistry, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mühendislik Bilimleri Bölümü
  12. Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Tezimizde, protein ikincil yapılarını optimal olarak katlayan amino asit çiftleri arasındaki potensiyelleri hesaplama metodu sunmaktayız. Bu metodun ilk bölümünde çiftler arası potensiyelleri hesaplamak için gerekli olan veriler üretilmektedir. Bu nedenle optimal katlanma yollarını hesaplamak icin Go-modeli ve dinamik optimizasyon kullanılmıştır. Herbiri 12 amino asit içeren bir heliks ve bir beta- tabakalı yapı oluşturuldu. Bu şekilde, her amino asidi bir boncuk ile gösterilen kaba ölçekli yapılar elde edildi. Dinamik optimizasyon, proteinin bir başlangıc konfigurasyonundan onun doğal haline katlanmasını sağlayan her boncuk uzerindeki toplam kuvveti bulmaktadır. Sonraki adımda bu veriden amino asit çiftleri arasındaki kuvvetler çıkartılmaktadır. Bu da şöyle yapılmaktadır: ilk olarak optimal kuvvetlerin amino asit çiftleri yönünde izdüşümleri alınr ve sonra bu ortalama kuvvetler amino asit çiftleri arasındaki uzaklığın doğrusal olmayan bir fonksiyonuyla ifade edilir. Bu ortalama kuvvetlerden amino asit çiftleri arasındaki kuvvetlerin nasıl hesaplandığını göstermekteyiz. Sonra çıkardığımız çiftler arası potensiyelleri dinamik modelimize eklemekteyiz. Böylece, verilen herhangi bir başlangıç konfigurasyonu icin, önceden tahmin edici bir yol olarak benzetim yolu ile katlama başarılmıştır. Bu modelde optimizasyona ihtiyaç kalmamaktadır. Ayrıca, bu basit modelle oluşturulan katlanma yollarının dinamik optimizasyon sonucu elde edilen katlanma yollarıyla benzer olduğunu gostermekteyiz. Bu katlanmalar arasındaki benzerliği göstermek icin çok boyutlu temel bileşen analizi kullanmaktayız. Ek olarak, amino asit çiftleri arasındaki ortalama kuvvetler gösterilip analiz edilmektedir.

Özet (Çeviri)

We present a method to calculate the pair potentials for folding of protein secondary structures. In the first part of the method necessary training data are generated to compute the potentials. For this purpose a Go-type model and dynamic optimization is used to compute the optimal folding trajectories. A coarse-grained model for a helix and a beta sheet, each consisting of 12 residues has been constructed by representing each amino acid as a bead. The dynamic optimization gives the total optimal force acting on each residue (bead) to fold the protein from an initial configuration to its native state. Next, forces between pairs of residues are derived from this data. This is done by first projecting the optimal residue forces onto the pair-wise directions between residues and expressing these mean forces as (nonlinear) functions of pair-wise distances. We show how to compute the forces between pairs from the mean forces. We next incorporate the derived pair forces into the dynamic model. Thus, for new initial conditions folding is achieved in a predictive way by simulating this model without any need for optimization. We further show that the folding pathways obtained by such ?simple? simulation are similar to folding pathways which can be obtained by the rigorous dynamic optimization. To measure similarity between folds we use MPCA (Multi-way Principal Component Analysis). In addition, mean forces between pairs are presented and analyze

Benzer Tezler

  1. Tez No

    46106

    Yapay sinir ağları ve genetik algoritmaların uçuş kontrol sistemlerine uygulanması

    Başlık çevirisi yok

    ALİ MOUMİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. RAMAZAN TAŞALTIN

  2. Tez No

    252155

    Yeni pirazinoporfirazinlerin sentezi ve özelliklerinin incelenmesi

    Synthesis of new pyrazinoporphyrazines and investigation of their propertiies

    RABİA ZEYNEP USLU KOBAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET GÜL

  3. Tez No

    752058

    Minisuperspace models: Universe and Antiuniverse Pair Creation and Annihilation

    Minisuperuzay modelleri: Evren-antievren çift yaratımı ve yok edilmesi

    ELSAD CUKALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Fizik ve Fizik MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DÜNDAR TEKİN DERELİ

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FETHİ MÜBİN RAMAZANOĞLU

  4. Tez No

    39485

    Biyotelemetri sistemi

    Biotelemetry systems

    SÜLEYMAN ÖZKAPTAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. MEHMET KORÜREK

  5. Tez No

    895978

    Kolektif eylemlere 'ikili süreç' yaklaşımı: Sosyal kimlik modeli ve rasyonel seçim değişkenlerinin kolektif eyleme katılım niyetini açıklamaya katkıları

    A 'dual-process' approach to collective action: Contributions of social identity model and rational choice variables to explain the intention to participate in collective action

    DENİZ BİLGER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    PsikolojiBursa Uludağ Üniversitesi

    Psikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEMAN PINAR TOSUN

Geri Dön