Geri Dön

Binding domain analysis of phage display selected peptides

Faj gösterim yöntemi ile seçilmiş peptidlerin bağlanma bölgelerinin analizi

  1. Tez No: 222605
  2. Yazar: ANIL CEBECİ
  3. Danışmanlar: DOÇ.DR. CANDAN TAMERLER BEHAR, Y.DOÇ.DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Biyobenzetim, Peptidler, Genetik Mühendisliği, Fajlar, Mutagenez, Biomimetics, Peptides, Genetic Engineering, Phages, Mutagenesis
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Protein bölgeleri, bağımsız bir şekilde katlanabilen ve istenilen etkileşimi sağlayabilecek özgül 3 boyutlu yapının oluşmasını sağlayan küçük polipeptidleri ifade eder. Gen mühendisliği alanında, bölge içerisinde bulunan ve polipeptidlerin substratlarına doğrudan bağlanmasından sorumlu özel amino asitleri bilmek gereklidir. Amino asitlerin korunmuş pozisyonlarını belirleyerek, stabilizasyon ve fonksiyon için gerekli amino asitler de belirlenebilir. Bu çalışmanın asıl odak noktası site directed mutagenez yöntemleri kullanarak peptidin fonksiyonel kapasitesini değiştirmek ve bu şekilde de seçilmiş belirli bir inorganik yüzeye bağlanmaktan sorumlu amino asit gruplarını bulmaktır. Bu görev, faj gösterim metodu ile seçilmiş platin ve paladyuma özgül olarak bağlanabilen peptidlerin, site directed mutagenez yöntemi ile peptitler faj üzerinde ekspres edildiğinde gerçekleştirilmiştir. Özellikle, serin ve treonin amino asitlerini, bunlara karşılık olarak gelen nötr amino asitler ile değiştirerek, bu amino asitlerin bağlanma üzerindeki etkilerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Değiştirilmiş mutantlar, PCR tabanlı site directed mutagenez prosedürü ile oluşturulmuştur. Klonlanan fajların bağlanma karakterizasyonları florasan mikroskobu (FM) ve enzim-bağlı immün essey (ELISA) yöntemleri ile tayin edilerek asal metallerin bağlanma mekanizmaları anlaşılmaya çalışılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları, inorganik yüzeylere özgül olarak etkileşime geçen peptidlerin bağlanmadan sorumlu bölgelerinin anlaşılması için kullanılabilir. Biyonanoteknolojik uygulamalar için ?seçiciliğe sahip akıllı peptidlerin? oluşturulması ve denenmesi de gerçekleştirilebilir.

Özet (Çeviri)

Protein domains are indepently folding units that represent a small number of polypeptides that creates a specific, 3D structure that leads to a desired interaction. In genetic engineering, it is essential to know the specific amino acid residues within the domain that directly bind polypeptides to their substrates. By identifying the conserved positions of amino acids, those necessary for stabilization and function can be determined. The main focus of this study is to vary the functional capacity of the peptide chain through site directed mutagenesis to determine a core set of amino acids that is responsible for binding to a chosen inorganic surface. This task is accomplished using phage display selected peptides for platinum and palladium via site directed mutagenesis protocols, once they are displayed on phage. In particular, the modification of serine and threonine residues is carried out with respect to their neutral counterparts to reveal a possible role in their binding sequences. Mutants were constructed by a PCR based site directed mutagenesis procedure. Binding characterizations of the cloned phages are assessed by fluorescence microscopy (FM) and enzyme-linked immuno sorbent assay (ELISA) to understand the mechanism of noble metal binding. The consequences of this study can be used in understanding of the binding domain of the peptides in their specific interactions with the inorganic surfaces. Smart peptides with selectivity can also be constructed and practiced in bionanotechnological applications.

Benzer Tezler

  1. Isolation and characterization of nanobodies that bind the BTB domain of PATZ1 transcription factor

    PATZ1 transkripsiyon faktörünün BTB domainine bağlanan nanokorların izolasyonu ve karakterizasyonu

    SARAH BARAKAT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER

  2. Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment

    Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini

    MELİS DENİZCİ ÖNCÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

    DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR

  3. Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi

    Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods

    MURAT KEMAL AVCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

  4. Detection of YvfI-SinR co-regulated genes and the effect of DegU transcriptional factor on the expression of YvfI gene in Bacillus subtilis

    YvfI-SinR proteinleri tarafından birlikte düzenledikleri genlerin belirlenmesi ve Deg-U transkripsiyon faktörünün Bacillus subtilis' deki YvfI gen ekspresyonuna etkisi

    BÜŞRA ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

  5. Investigation of cellular and humoral immune responses induced by SARS-CoV-2 VLP vaccine in pre-clinical and clinical studies

    SARS-CoV-2 VLP aşısına karşı geliştirilen hümoral ve hücresel immün yanıtların klinik öncesi ve klinik çalışmalarda incelenmesi

    KADRİYE TUĞÇE BİLDİK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İHSAN GÜRSEL