Investigation of archaeal and bacterial diversity in anoxic marine sediments from the Marmara sea
Marmara denizinden alınan anoksisk sedimentteki arkeal ve bakteriyel çeşitliliğin incelenmesi
- Tez No: 223092
- Danışmanlar: PROF.DR. ORHAN İNCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: Anoksik deniz sedimenti, Marmara Denizi, DGGE, 16S rDNA, Anoxic marine sediments, the Marmara Sea, DGGE, 16S rDNA
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Bu çalısmada, ?denaturant gradient gel electrophoresis? (DGGE) yöntemi kullanılarakMarmara Denizi'nin farklı noktalarından alınan anoksik sedimentlerdeki mikrobiyalkomünite incelenmistir. Marmara Denizi'nin 6 farklı noktasından alınan numunelerdenönce genomik DNAlar çıkartılmıs, ardından DNA'ların 16S rDNA'ları polimeraz zincirreaksiyonu (PCR) yardımıyla çogaltılmıstır. Son olarak DGGE yöntemi kullanılarakMarmara Denizi'nin farklı noktalarından alınan sediment örneklerindeki bakteriyal vearkeal komünitelerin benzerlikleri incelenmistir. En son adım olarak da Quantity Oneprogramı kullanılarak bir filogenetik agaç çıkartılmıstır. Bu çalısmanın sonucundaMarmara Denizi'ndeki anoksik sedimentlerde 26 farklı bakteriyal ve 27 farklı arkealtür tespit edilmistir. Moleküler çalısmalara ek olarak, sedimentler kimyasal açıdan daincelenmis ve agır metal, toplam karbon (TK), toplam organik karbon (TOC), toplamkatı madde (TKM) ve toplam uçucu katı madde (TUKM) analizleri yapılmıstır.
Özet (Çeviri)
In this study, microbial community in anoxic marine sediments which were taken fromdifferent six regions of the Marmara Sea was analyzed using the ?denaturant gradientgel electrophoresis? (DGGE). Firstly, genomic DNAs of microorganisms were extractedfrom the sediment samples and 16S rDNAs were amplified via polymerase chainreaction (PCR). Then, similarities of archaeal and bacterial diversities in anoxic marinesediments which were taken from six different points from the Marmara Sea wereinvestigated using DGGE. Finally, a phylogenetic tree was drawn via Quantity One. Inconclusion, 26 different bacterial species and 27 different archaeal species were found.In addition of molecular studies, sediment samples were analyzed chemically. Heavymetal, total carbon (TC), total organic carbon (TOC), total solid (TS) and total volatilesolid (TVS) contents of sediments were examined.
Benzer Tezler
- Metagenomik yaklaşım ile Tuz gölündeki alg, bakteri ve arke çeşitliliğinin araştırılması
The investigation of algal, bacterial and archaeal diversity in Salt lake with a metagenomic approach
SUZAN ŞAHİN DOĞAN
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYTAÇ KOCABAŞ
- Investigation of microbial communities in sanitary and bioreactor landfills
Düzenli ve biyoreaktör depo sahalarındaki mikrobiyal toplulukların incelenmesi
BÜLENT MERTOĞLU
Doktora
İngilizce
2005
BiyoteknolojiMarmara ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER AKGİRAY
- Yüksek azot içerikli organik atıkların havasız arıtımı: Biyogaz potansiyeli ile mikrobiyal türlerin araştırılması
Anaerobic digestion of organic wastes with high nitrogen contents: An investigation on biogas potential and microbial communities
TUĞBA SAPMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM GÖMEÇ
- İlaç sanayi atık sularının anaerobik arıtımı ve reaktördeki mikrobiyal çeşitliliğin araştırılması
Anaerobic treatment of pharmaceutical industry wastewater and investigation of microbial diversity in reactor
BURCU AKÇAL ÇOMOĞLU
Doktora
Türkçe
2014
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA İLHAN
DOÇ. DR. CANSU FİLİK İŞÇEN
- Farklı antibiyotik gruplarını içeren sentetik atıksuların anaerobik arıtımı ve mikrobiyal komünitenin belirlenmesi
Anerobic treatment of synthetic wastewater containing different antibiotic groups and determination of microbial community
DİLEK MALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CANSU FİLİK İŞÇEN