Geri Dön

Metagenomik yaklaşım ile Tuz gölündeki alg, bakteri ve arke çeşitliliğinin araştırılması

The investigation of algal, bacterial and archaeal diversity in Salt lake with a metagenomic approach

PDF İndir

  1. Tez No: 725731
  2. Yazar: SUZAN ŞAHİN DOĞAN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYTAÇ KOCABAŞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 202

Özet

Tuz Gölü %32 (a/h) tuz oranına ve yaklaşık nötral pH'a sahip olan, Türkiye'nin ikinci büyük gölüdür. Bu çalışma ile Tuz Gölü'nde metagenomik yaklaşım ile geleneksel kültür yöntemleriyle incelenemeyen ekstrem ortamlara uyum sağlamış mikrobiyal toplulukların kültüre edilmeksizin incelenerek bakteriler, arkeler ve algler gibi mikrobiyal çeşitlilik ve fonksiyonel genlerin belirlenmesi, biyoçeşitlilik ve metabolik fonksiyonlarının nasıl değiştiği ve çevresel faktörlerle ilişkisinin araştırılması amaçlanmaktadır. Tuz Gölü'nde belirlenen istasyonlardan 13 ay boyunca su örnekleri alınıp membran filtrasyon cihazıyla filtre edildikten sonra fenol-klorofom yöntemi ile DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA örneklerinin yeni nesil sekanslaması sonucu elde edilen 16S ve 18S rDNA okumalarının QIIME2 aracı kullanılarak biyoinformatik analizleri gerçekleştirilmiştir. Ayrıca PICRUSt2 aracı ile dizilerin fonksiyonel profili çıkarılmıştır. Metagenomik analiz sonucu Tuz Gölü'ndeki tüm arke popülasyonun Euryarchaeota ve Nanoarchaeaeota filumlarına ait olduğu görülmüştür. En bol ve çeşitli bakteriyel filum Bacteroidetes ve Proteobacteria olarak bulunmuştur. Yaygın arke türleri olarak Haloquadratum (%34), Haloparvum (%31), Halonotius (%7), Halorubrum (%3), Halapricum (%2), Halobellus (%3), Natronomonas (%1), Halococcus (%1) ve Halobacterium (%1) bulunmuştur. Salinibacter (%3), kültüre edilmemiş mikroorganizma (%1), Pseudomonas (

Özet (Çeviri)

Tuz Lake, which has a salt rate of 32% (w/v) and around neutral pH, is the second largest lake in Turkey. The aim of this study is to determine the composition of microbial diversity and their functional genes living in extreme environments such as bacteria, archaea, and algae, to investigate how biodiversity as well as functional metagenome changes and their relationship with environmental factors by metagenomic approach in Tuz Lake. Hence, next-generation sequencing and then bioinformatic analysis was used to investigate the microbial structure of halophilic microorganisms in Tuz Lake. After taking the water samples from the stations determined in Tuz Lake for 13 months, the water samples were filtered with a membrane filtration device, and DNA isolation was performed with the phenol-chloroform method. Bioinformatics analyses of 16S and 18S rDNA reads, which were obtained as a result of next-generation sequencing of DNA samples, were performed by the QIIME2 tool. In addition, functional profiles of the sequences were analyzed with the PICRUSt2 tool. Metagenomic analysis of reads revealed that all the archaeal populations in Tuz Lake belonged to the Euryarchaeota and Nanoarchaeaeota phyla. The most abundant and diverse bacterial phyla were Bacteroidetes and Proteobacteria. Haloquadratum (34%), Haloparvum (31%), Halonotius (7%), Halorubrum (3%), Halapricum (2%), Halobellus (3%), Natronomonas (1%), Halococcus (1%), and Halobacterium (1%) were found as the dominant archaeal genera. Salinibacter (3%), uncultured microorganisms (1%), Pseudomonas (

Benzer Tezler

  1. Tez No

    334839

    Tuz Gölü viral çeşitliliğinin araştırılması

    Investigation of viral diversity in Tuz Lake

    ECE ALBAYRAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiAnadolu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. M. BURÇİN MUTLU

  2. Tez No

    688848

    Recombinant production and characterization of serine protease enzyme from Virgibacillus sp. AGTR strain using site directed mutagenesis

    Virgibacillus sp. AGTR suşundan izole edilen serin proteaz enziminin bölgeye yönelik mutagenez yöntemi kullanılarak rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    EVRİM KAPUCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  3. Tez No

    467721

    Zeytin fermantasyonunda mikrobiyal çeşitliliğinin metagenomik yaklaşımla araştırılması

    Investigation of microbial biodiversity in olive fermentation by metagenomic approach

    HURİYE KARAÇAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EMEL ORDU

  4. Tez No

    310458

    Construction of pre-enriched metagenomic libraries for isolating novel hydrolase enzymes for liquid/supercritical CO2

    Sıvı/superkritik CO2 ortamına uygun yeni hidrolaz enzimlerinin izolasyonu için ön-zenginleştirme uygulanmış metagenomik kütüphane kurulması

    HAVVA ESRA BIYIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  5. Tez No

    582620

    Tuz gölü sedimentlerindeki prokaryotik çeşitliliğin metagenomik, tek hücre genomiği ve kültür bağımlı yaklaşımlarla belirlenmesi

    Detection of prokaryotic diversity in tuz lake sediments by metagenomics, single cell genomics and culture dependent

    SEVAL ÇINAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiEskişehir Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU

Geri Dön