Use of fluorescently labelled oligonucleotide probes for identification and quantification of sulphate reducing bacterial populations in anoxic sediments of the Marmara sea
Marmara denizinin anoksik sedimentlerindeki sülfat indirgeyen bakteriyal popülasyonun floresanlı işaretlenmiş oligonükleotid problar kullanılarak belirlenmesi ve sayılması
- Tez No: 223843
- Danışmanlar: PROF.DR. ORHAN İNCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: FISH, Marmara Denizi, Moleküler Yöntemler, SulfatIndirgeyici Bakterilar, FISH, Marmara Sea, Molecular Methods, Sulfate reducing bacteria
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Bu çalısmada, Marmara Denizi'ndeki farklı noktalardan alınan (Gemlik Körfezizmit Körfezi -Iz17, Iz25- ve Küçükçekmece) anoksik sediment örneklerindekisülfat indirgeyici bakteriler floresanlı yerinde hibritlesme (FISH) ile sayıldı.Ayrıca sediment örneklerinin organik ve inorganik içerikleri arastırıldı vesonuçlar sediment örnekleri bakterilerin topluluk yapısıyla tarıtısıldı.Deniz sedimentlerindeki mikroorganizmaların geçirgen hale getirilmesi zorolmasına ragmen, Gemlik Körfezi, Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) veKüçükçekmece'den alınan sedimentlerdeki DAPI ile boyanmıs toplammikroorganizmaların sırasıyla 67%±8%, 62%±5%, 77%±11% ve 80%±7%'iuniversal prob kullanılarak tespit edildi. FISH sonuçlarına göre Gemlik Körfezi,Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) ve Küçükçekmece'den alınansedimentlerdeki bakteriyal hücrelerin göreceli bollugu sırasıyla 51%±9%,73%±11%, 64%±8% ve 80%±12%'dir. Yine FISH sonuçlarına göre GemlikKörfezi, Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) ve Küçükçekmece'den alınansedimentlerdeki sulfat indirgeyici hücrelerin göreceli bollugu sırasıyla 23%±2%,30%±6%, 22%±3% and 21%±5%'dir. Bu sonuçlar Marmara Denizi'ndekianoksik sedimentlerde aktif bir sulfat indirgeyici bakteri populasyonunoldugunu göstermektir.
Özet (Çeviri)
In this study, sulfate reducing bacteria within the anoxic sediment samples of theMarmara Sea taken from different regions (Gemlik Bay, Izmit Bay -Iz17, Iz25-and Kucukcekmece) were quantified using Fluorescent in situ hybridization(FISH). Organic and inorganic content of the sediment samples were alsoinvestigated and the results were discussed along with the bacterial communitystructure of the sediment samplesAlthough it is difficult to permeabilize microorganisms in the marine sediments,67%±8%, 62%±5%, 77%±11% and 80%±7% of DAPI stained totalmicroorganisms in sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay(Iz25) and Kucukcekmece respectively were detected using universal probe inthis study. According to FISH results, relative abundances of bacterial cellswithin the sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay (Iz25) andKucukcekmece are 51%±9%, 73%±11%, 64%±8% and 80%±12% respectively.According to FISH results, relative abundances of sulfate reducing bacterial cellswithin the sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay (Iz25) andKucukcekmece are 23%±2%, 30%±6%, 22%±3% and 21%±5% respectively.These results revealed that there are active sulfate reducing bacterialpopulations within the the anoxic sediments from the Marmara Sea.
Benzer Tezler
- DNA functionalized nanoparticles in nanobiosensor and sensor array development for molecular diagnostics and in vitro identification of biomolecules
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA SALİH HIZIR
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiUniversity at Albany, State University of New YorkProf. Dr. MEHMET YİĞİT
- Bir seri yeni floren/florenon temelli bileşiklerin sentezi, karakterizasyonu, farklı DNA, RNA ve sentetik oligonükleotidlerle etkileşimlerinin spektroskopik yöntemlerle incelenmesi
The synthesis and characterization of novel compounds based on fluorene/fluorenone ring and determination of their interaction studies with different DNA, RNA and synthetic oligonucleotides by spectroscopic methods
ERGİN YALÇIN
Doktora
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEL SEFEROĞLU
- The synthesis, SLIC based labeling, and characterization of microbial rhodopsins by using custom build spectroscopic methods
Mikrobiyal rodopsin membran proteinlerin sentezi, SLIC yöntemiyle etiketlenmesi, ve spektroskopik yöntemlerle karazterizasyonu
CANSU ÇAVDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL BAYRAKTAR
- Genetik füzyon yoluyla floresan işaretli rekombinant antikorların tanıya yönelik geliştirilmesi
Development of fluorescently labeled recombinant antibodies for diagnostic purposes
ÖZNUR ÖZLEM İBRAHİMOĞLU
- Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology
Floresanlı peptitlerin hücreye alınma mekanizması ve motilite çalışmalarının çip teknolojisi kullanılarak incelenmesi
MERVE YÜCE
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ