Geri Dön

Use of fluorescently labelled oligonucleotide probes for identification and quantification of sulphate reducing bacterial populations in anoxic sediments of the Marmara sea

Marmara denizinin anoksik sedimentlerindeki sülfat indirgeyen bakteriyal popülasyonun floresanlı işaretlenmiş oligonükleotid problar kullanılarak belirlenmesi ve sayılması

PDF İndir

  1. Tez No: 223843
  2. Yazar: CEMİLE AKPINAR
  3. Danışmanlar: PROF.DR. ORHAN İNCE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Environmental Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: FISH, Marmara Denizi, Moleküler Yöntemler, SulfatIndirgeyici Bakterilar, FISH, Marmara Sea, Molecular Methods, Sulfate reducing bacteria
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Bu çalısmada, Marmara Denizi'ndeki farklı noktalardan alınan (Gemlik Körfezizmit Körfezi -Iz17, Iz25- ve Küçükçekmece) anoksik sediment örneklerindekisülfat indirgeyici bakteriler floresanlı yerinde hibritlesme (FISH) ile sayıldı.Ayrıca sediment örneklerinin organik ve inorganik içerikleri arastırıldı vesonuçlar sediment örnekleri bakterilerin topluluk yapısıyla tarıtısıldı.Deniz sedimentlerindeki mikroorganizmaların geçirgen hale getirilmesi zorolmasına ragmen, Gemlik Körfezi, Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) veKüçükçekmece'den alınan sedimentlerdeki DAPI ile boyanmıs toplammikroorganizmaların sırasıyla 67%±8%, 62%±5%, 77%±11% ve 80%±7%'iuniversal prob kullanılarak tespit edildi. FISH sonuçlarına göre Gemlik Körfezi,Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) ve Küçükçekmece'den alınansedimentlerdeki bakteriyal hücrelerin göreceli bollugu sırasıyla 51%±9%,73%±11%, 64%±8% ve 80%±12%'dir. Yine FISH sonuçlarına göre GemlikKörfezi, Izmit Körfezi (Iz17), Izmit Körfezi (Iz25) ve Küçükçekmece'den alınansedimentlerdeki sulfat indirgeyici hücrelerin göreceli bollugu sırasıyla 23%±2%,30%±6%, 22%±3% and 21%±5%'dir. Bu sonuçlar Marmara Denizi'ndekianoksik sedimentlerde aktif bir sulfat indirgeyici bakteri populasyonunoldugunu göstermektir.

Özet (Çeviri)

In this study, sulfate reducing bacteria within the anoxic sediment samples of theMarmara Sea taken from different regions (Gemlik Bay, Izmit Bay -Iz17, Iz25-and Kucukcekmece) were quantified using Fluorescent in situ hybridization(FISH). Organic and inorganic content of the sediment samples were alsoinvestigated and the results were discussed along with the bacterial communitystructure of the sediment samplesAlthough it is difficult to permeabilize microorganisms in the marine sediments,67%±8%, 62%±5%, 77%±11% and 80%±7% of DAPI stained totalmicroorganisms in sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay(Iz25) and Kucukcekmece respectively were detected using universal probe inthis study. According to FISH results, relative abundances of bacterial cellswithin the sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay (Iz25) andKucukcekmece are 51%±9%, 73%±11%, 64%±8% and 80%±12% respectively.According to FISH results, relative abundances of sulfate reducing bacterial cellswithin the sediments from Gemlik Bay, Izmit Bay (Iz17), Izmit Bay (Iz25) andKucukcekmece are 23%±2%, 30%±6%, 22%±3% and 21%±5% respectively.These results revealed that there are active sulfate reducing bacterialpopulations within the the anoxic sediments from the Marmara Sea.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    539748

    DNA functionalized nanoparticles in nanobiosensor and sensor array development for molecular diagnostics and in vitro identification of biomolecules

    Başlık çevirisi yok

    MUSTAFA SALİH HIZIR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiUniversity at Albany, State University of New York

    Prof. Dr. MEHMET YİĞİT

  2. Tez No

    431155

    Bir seri yeni floren/florenon temelli bileşiklerin sentezi, karakterizasyonu, farklı DNA, RNA ve sentetik oligonükleotidlerle etkileşimlerinin spektroskopik yöntemlerle incelenmesi

    The synthesis and characterization of novel compounds based on fluorene/fluorenone ring and determination of their interaction studies with different DNA, RNA and synthetic oligonucleotides by spectroscopic methods

    ERGİN YALÇIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Eczacılık ve FarmakolojiGazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEYNEL SEFEROĞLU

  3. Tez No

    783901

    The synthesis, SLIC based labeling, and characterization of microbial rhodopsins by using custom build spectroscopic methods

    Mikrobiyal rodopsin membran proteinlerin sentezi, SLIC yöntemiyle etiketlenmesi, ve spektroskopik yöntemlerle karazterizasyonu

    CANSU ÇAVDAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HALİL BAYRAKTAR

  4. Tez No

    311216

    Genetik füzyon yoluyla floresan işaretli rekombinant antikorların tanıya yönelik geliştirilmesi

    Development of fluorescently labeled recombinant antibodies for diagnostic purposes

    ÖZNUR ÖZLEM İBRAHİMOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. BERRİN ERDAĞ

  5. Tez No

    577552

    Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology

    Floresanlı peptitlerin hücreye alınma mekanizması ve motilite çalışmalarının çip teknolojisi kullanılarak incelenmesi

    MERVE YÜCE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

Geri Dön