Geri Dön

Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology

Floresanlı peptitlerin hücreye alınma mekanizması ve motilite çalışmalarının çip teknolojisi kullanılarak incelenmesi

  1. Tez No: 577552
  2. Yazar: MERVE YÜCE
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 178

Özet

Bakteriyel patojenlerin direnci, yüksek mortalite ile ilişkili dünya çapında bir sorundur. Bu çalışmanın amacı bakteri direnciyle mücadelede mikroakışkan teknolojisini iki farklı uygulamada kullanmaktır. Tezin ilk aşamasında hücreye nüfuz eden peptitlerin hücreye alınması incelenmiştir. Tezin ikinci aşamasında amiloride ile inkübe edilen basil hücrelerinin motilitesindeki değişimler incelenmiştir. Bakterilerin dış membranı mevcut antibiyotiklerin periplazmaya girişini yavaşlatmaktadır. Hücreye nüfuz eden peptitler geleneksel antibiyotiklere umut verici alternatiflerdir. Oligopeptit permeaz sistemi, peptit alımında önemli bir rolü olan protein taşıma sistemidir. Hücreye nüfuz eden pVEC peptidi ile kimerik P4 ve P2 peptitlerin floresan yoğunlukları mikroakışkan sistemiyle incelendiğinde ve konfokal mikroskobuyla doğrulandığında, peptitlerin yabanıl tip hücrelerde iç zardan geçtiği ancak mutant hücrelerde periplazmada biriktiği görüldü. Bu sonuçlar Opp sisteminin antimikrobiyal peptitlerin sitoplazmaya geçişini kontrol etmek için bir hedef olarak kullanılabileceği gözlemlendi. Bakterilerin virülans etkisi, hücresel zarı üzerindeki kamçı yapıları ile kısmen kontrol edilir. Bu çalışmada kullanılan mikroakışkan sistem ile amiloride varlığında nötrofilik basil hücrelerinin motilitesi hafifçe düşerken, alkalifilik basil hücrelerinin motilitesinin tamamen engellendiği görülmüştür. Reaksiyon ve rombik hazneler (zeonor), hücrelerin sürekli görüntülemesini ve peptit/ilaçların bakteri hücreleri üzerindeki etkilerini büyüme, peptit alımı ve kamçısal hareketlilik açısından incelememizi sağlamıştır.

Özet (Çeviri)

Bacterial resistance in bacterial pathogens is a worldwide challenge associated with high mortality. The aim was to use microfluidic technology for two different applications in the fight with bacterial resistance. In the first part of the thesis the bacterial uptake of cell penetrating peptides (CPPs) was investigated with the motivation of following the internalization of peptide-based antibacterial drugs. In the second part, the changes in bacterial motility of different Bacillus strains was investigated upon treatment of the cells with amiloride, with the motivation of live monitoring of drug effects. The outer membrane slows down the entry of available antibiotics into the periplasm. In this regard, CCPs are considered as promising alternatives to conventional antibiotics. Oligopeptide permease (Opp) is a transport system, which has an important role in peptide uptake. By following fluorescence intensity of pVEC and chimeric P4 and P2 peptides, the constructed microfluidic system, confirmed by confocal microscopy, has shown that the peptides were able to pass through the inner membrane in wild type cells, while they are accumulated on the periplasm in mutant cells. This result suggested that Opp system can be used as a target to control delivery of antimicrobial peptides into the cytoplasm. Bacterial virulence is in part controlled by the flagellar structures on cellular membranes. The microfluidic system has shown confirmed that the swimming rate of neutrophilic Bacillus cells slightly decreased, while the alkaliphilic Bacillus cells were totally immotile with amiloride treatment. Reaction and rhombic chambers (zeonor) enabled continuous live cell imaging of the bacterial cells and to study the effects of the peptides/drugs in terms of growth, peptide uptake and flagellar motility.

Benzer Tezler

  1. Investigation of antibacterial properties of novel cationic bodipy derivatives

    Yeni katyonik bodipy türevlerinin antibakteriyel özelliklerinin araştırılması

    HALUK SAMET KOÇAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaKonya Gıda ve Tarım Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ

  2. Sıçanlarda adenin nükleotidi ile zenginleştirilmiş diyetle beslemenin barsak obstrüksiyon modelinde bakteriyel translokasyona olan etkisinin 99mTc-E. coli kullanılarak incelenmesi

    Investigation of the effect of feeding rats with adenine nucleotide supplemented diet on bacterial translocation using 99mTc labeled E. coli in an intestinal obstruction model

    UĞUR OFLAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Nükleer MühendislikEge Üniversitesi

    Nükleer Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA YURT LAMBRECHT

  3. Ekstrem şartlardan izole edilen Pseudomonas extremorientalis 'in fosfor çözme potansiyelinin araştırılması ve bu uygulamanın soğan bitkisinin fosfor alımı üzerine etkisi

    Investigation of phosphorus dissolving potential of Pseudomonas extremorientalis isolated from extreme conditions and the effect of its application on phosphorus uptake in onion plant

    NECMİYE ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDOĞAN EŞREF HAKKI

  4. Salinomisin ve BnHAp yüklü doku iskelelerinin antikanserojen ve antibakteriyel etkinliğinin araştırılması

    Investigation of anticancerogen and antibacterial effectiveness of salinomycin and BnHAp loaded tissue scaffolds

    MELTEM GAMZE ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyomühendislikHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MENEMŞE GÜMÜŞDERELİOĞLU

  5. Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells

    Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi

    IŞILAY AKDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN