Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology
Floresanlı peptitlerin hücreye alınma mekanizması ve motilite çalışmalarının çip teknolojisi kullanılarak incelenmesi
- Tez No: 577552
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 178
Özet
Bakteriyel patojenlerin direnci, yüksek mortalite ile ilişkili dünya çapında bir sorundur. Bu çalışmanın amacı bakteri direnciyle mücadelede mikroakışkan teknolojisini iki farklı uygulamada kullanmaktır. Tezin ilk aşamasında hücreye nüfuz eden peptitlerin hücreye alınması incelenmiştir. Tezin ikinci aşamasında amiloride ile inkübe edilen basil hücrelerinin motilitesindeki değişimler incelenmiştir. Bakterilerin dış membranı mevcut antibiyotiklerin periplazmaya girişini yavaşlatmaktadır. Hücreye nüfuz eden peptitler geleneksel antibiyotiklere umut verici alternatiflerdir. Oligopeptit permeaz sistemi, peptit alımında önemli bir rolü olan protein taşıma sistemidir. Hücreye nüfuz eden pVEC peptidi ile kimerik P4 ve P2 peptitlerin floresan yoğunlukları mikroakışkan sistemiyle incelendiğinde ve konfokal mikroskobuyla doğrulandığında, peptitlerin yabanıl tip hücrelerde iç zardan geçtiği ancak mutant hücrelerde periplazmada biriktiği görüldü. Bu sonuçlar Opp sisteminin antimikrobiyal peptitlerin sitoplazmaya geçişini kontrol etmek için bir hedef olarak kullanılabileceği gözlemlendi. Bakterilerin virülans etkisi, hücresel zarı üzerindeki kamçı yapıları ile kısmen kontrol edilir. Bu çalışmada kullanılan mikroakışkan sistem ile amiloride varlığında nötrofilik basil hücrelerinin motilitesi hafifçe düşerken, alkalifilik basil hücrelerinin motilitesinin tamamen engellendiği görülmüştür. Reaksiyon ve rombik hazneler (zeonor), hücrelerin sürekli görüntülemesini ve peptit/ilaçların bakteri hücreleri üzerindeki etkilerini büyüme, peptit alımı ve kamçısal hareketlilik açısından incelememizi sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Bacterial resistance in bacterial pathogens is a worldwide challenge associated with high mortality. The aim was to use microfluidic technology for two different applications in the fight with bacterial resistance. In the first part of the thesis the bacterial uptake of cell penetrating peptides (CPPs) was investigated with the motivation of following the internalization of peptide-based antibacterial drugs. In the second part, the changes in bacterial motility of different Bacillus strains was investigated upon treatment of the cells with amiloride, with the motivation of live monitoring of drug effects. The outer membrane slows down the entry of available antibiotics into the periplasm. In this regard, CCPs are considered as promising alternatives to conventional antibiotics. Oligopeptide permease (Opp) is a transport system, which has an important role in peptide uptake. By following fluorescence intensity of pVEC and chimeric P4 and P2 peptides, the constructed microfluidic system, confirmed by confocal microscopy, has shown that the peptides were able to pass through the inner membrane in wild type cells, while they are accumulated on the periplasm in mutant cells. This result suggested that Opp system can be used as a target to control delivery of antimicrobial peptides into the cytoplasm. Bacterial virulence is in part controlled by the flagellar structures on cellular membranes. The microfluidic system has shown confirmed that the swimming rate of neutrophilic Bacillus cells slightly decreased, while the alkaliphilic Bacillus cells were totally immotile with amiloride treatment. Reaction and rhombic chambers (zeonor) enabled continuous live cell imaging of the bacterial cells and to study the effects of the peptides/drugs in terms of growth, peptide uptake and flagellar motility.
Benzer Tezler
- Investigation of antibacterial properties of novel cationic bodipy derivatives
Yeni katyonik bodipy türevlerinin antibakteriyel özelliklerinin araştırılması
HALUK SAMET KOÇAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ
- Sıçanlarda adenin nükleotidi ile zenginleştirilmiş diyetle beslemenin barsak obstrüksiyon modelinde bakteriyel translokasyona olan etkisinin 99mTc-E. coli kullanılarak incelenmesi
Investigation of the effect of feeding rats with adenine nucleotide supplemented diet on bacterial translocation using 99mTc labeled E. coli in an intestinal obstruction model
UĞUR OFLAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Nükleer MühendislikEge ÜniversitesiNükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA YURT LAMBRECHT
- Ekstrem şartlardan izole edilen Pseudomonas extremorientalis 'in fosfor çözme potansiyelinin araştırılması ve bu uygulamanın soğan bitkisinin fosfor alımı üzerine etkisi
Investigation of phosphorus dissolving potential of Pseudomonas extremorientalis isolated from extreme conditions and the effect of its application on phosphorus uptake in onion plant
NECMİYE ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatSelçuk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
- Salinomisin ve BnHAp yüklü doku iskelelerinin antikanserojen ve antibakteriyel etkinliğinin araştırılması
Investigation of anticancerogen and antibacterial effectiveness of salinomycin and BnHAp loaded tissue scaffolds
MELTEM GAMZE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MENEMŞE GÜMÜŞDERELİOĞLU
- Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells
Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi
IŞILAY AKDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN